严肃处理“四将军叛乱”后，内外形势骤紧。
阿尔及利亚宣布独立，戴高乐成为秘密军队组织的谋杀目标。
极端分子15次谋杀戴高乐，均以失败告终。
粉碎四将军叛乱后，为扩大战果，削弱反对派和加强对阿尔及利亚的控制，戴高乐下令组成一个最高军事法庭，于5月29日开庭审理此案。3天后，法庭宣布：判处夏尔和泽勒各15年徒刑，剥夺军衔和勋章；判处古罗10年有期徒刑。萨朗和儒奥两将军及参与叛乱的阿尔吉、布鲁瓦扎、加尔德、戈达尔、拉歇鲁瓦5名上校被缺席判处死刑。有150名军官分别被判有期徒刑，1000名军官被剥夺军衔。与此同时，在阿尔及利亚有近200名军官被捕，140名文官被撤职，第1伞兵团被解散，阿尔及尔各报刊被勒令停刊。显然，戴高乐在实现其阿尔及利亚自决政策的道路上又扫除了一大障碍。
但是，阿尔及利亚战争仍然折磨着法国，尽管戴高乐执政已经3年。戴高乐决心向既定目标继续前进。1961年5月20日，法阿双方在埃维昂正式恢复谈判。谈判中，法国代表团试图“少给多要”，特别坚持要把撒哈拉石油分离出来。谈判进行了3个星期没有结果。而且埃维昂市长卡米勒·布朗因同意把该市作为谈判地点而被极端分子用炸弹炸死。6月13日，戴高乐中断了谈判。7月20日，在勒格伦恢复谈判，但到7月28日谈判又告中断。到1961年夏，戴高乐的阿尔及利亚政策似乎陷入了绝境。
与此同时，他的对内政策也遇到严重困难。由于在农业政策上有分歧，议会内部也发生了冲突。米歇尔·德勃雷要求埃德蒙·米什莱辞职，说他是民族解放阵线在政府里的代表。德勃雷坚决要求在阿尔及利亚推行强硬政策，主张要在阿尔及利亚建立某种“阿尔及利亚人的”政权，以同民族解放阵线抗衡。不过，这种企图未获得如期的结果。戴高乐感到越来越难以同德勃雷进行合作。的确，总理已10次要求辞职，但是将军不愿放他。“法国的阿尔及利亚”的拥护者德勃雷当政府首脑，可帮总统安抚阿尔及利亚的欧洲居民，特别是军队。1961年秋，尚很年轻的戴高乐国家面临空前危机。罢工运动比去年增长1倍。全国许多广大地区的农民频频闹事。秘密军队组织的活动日益猖獗。据统计，从1961年初到11月，在法国本土共发生爆炸案件350起，秘密军队组织人员在阿尔及利亚胡作非为。形势极度恶化，直接导致1961年10月巴黎股票暴跌。
9月5日，戴高乐宣布承认撒哈拉属阿尔及利亚。9月8日，发生第一次谋杀戴高乐将军未遂案。大家都知道，随时都可能发生谋杀事件。戴高乐成了秘密军队组织暗杀的主要目标。而且，企图谋杀将军的还不只是这一个组织。10年后报上有消息说，还有一个极端秘密的由一些原戴高乐分子，现身居高位的军政官员、将军、元老和议员组成的组织——“老参谋部”。
“老参谋部”和“秘密军队”分子都认为戴高乐已“罪该万死！”“杀死戴高乐不存在道德问题”。杀死戴高乐可为“死难兄弟”复仇。为此，他们制定了一个谋杀戴高乐的“Z行动计划”。
据记载，秘密军队组织对戴高乐行刺至少有15次之多，其中特别危险的有三次：一次发生在1961年9月8日；另一次发生在1962年8月8日；还有一次发生在1962年8月22日。这几次行刺都令人感到惊心动魄，他们险些得逞，但戴高乐却都幸免于难，可以说是死里逃生。戴高乐一生遭敌暗杀的次数仅次于历史上的亨利四世，比亨利四世少两次，但亨利四世在敌人对他进行第18次行刺时死于非命，而戴高乐却始终安然无恙。
1961年9月5日，戴高乐宣布承认阿尔及利亚对撒哈拉的所有权。1961年9月8日，星期五，晚8时45分，戴高乐照例从巴黎爱丽舍宫去科隆贝度周末。当时总统携夫人伊冯娜由副官泰塞尔上校陪同，乘坐一辆“雪铁龙”牌轿车，另有一辆警卫车和两辆摩托车护送。平常从爱丽舍宫去科隆贝总有4条行车路线可供选择。为了安全保密考虑，总统总是每次临时从中选择一条。但是，这次仍未逃脱暗害分子的暗算，因为根据总统的行踪规律，他们仍很快判断出总统的行车路线。
总统的车队高速行驶在第19号国家公路上。当时总统的座车走在最前面。当车队离巴黎20公里越过塞纳河，行至距河桥600米的彭絮附近的一个大沙堆旁时，忽然从沙堆里发出一声巨响，顿时浓烟冲天，“火焰窜得像两旁的树一般高”。情况十分危急，但被火光刺得两眼发花的司机临危不惧，非常沉着。他在浓浓的火光下，猛踩油门，神话般地穿过火光，总统安然无恙，只是座车的右前灯，遭到严重破坏。后面的警卫车和两辆摩托车随后一拥而过。车队急行数百米后就地停下。总统从容下车，关切地询问后面车上有无人员受伤。当得知大家都平安无事后，他轻蔑地骂那些匪徒说：“一群十足的笨蛋！”接着，总统偕夫人迅即换乘另一辆轿车继续前进。
事后查明，原来是“秘密军队”把一颗装有45公斤炸药的炸弹埋在了那个沙堆里。由于法国保安机关预先发现后对炸弹做了安全处理，所以爆炸时只爆炸了一个装有凝固汽油的油筒。否则，戴高乐在这次谋刺中的命运真不堪设想。
戴高乐与罗斯福会晤事发后，有一个嫌疑犯维尔芒第当场被捕。据他交代，参与此次谋杀的疑犯还有6人，其中5人先后被捕。惟一漏网的一人就是善于神出鬼没的巴斯蒂安·蒂里。他当时化名热尔曼，是“老参谋部”的主要谋士之一。
1961年9月底，戴高乐宣布重新恢复同民族解放阵线接触。“秘密军队”对此不满，更加肆无忌惮地制造恐怖活动。1962年2月8日，在巴黎发生了大规模抗议示威游行。警察驱散游行示威的人群时，有9个游行示威者死亡。次日，有200万巴黎人宣布罢工。这时，已不允许再拖延法阿谈判了。无奈，戴高乐给法国代表团团长路易·若克斯打电话要求尽快完成谈判。他说：“只要坚持基本原则就行。您明白吗？”
1962年3月7日，法国政府代表同阿尔及利亚临时政府代表在埃维昂举行第二轮谈判。经过11天艰苦谈判，于3月18日，双方就停火、移交主权条件，今后法国同独立后的阿尔及利亚的关系问题，签署了法阿协议。次日，战争结束。4月8日，在法国举行全民投票公决，有91％的法国选民投票赞同埃维昂协议。这样，戴高乐就对国家完成了一个最重要的责任。
1962年4月15日，内阁会议讨论了同阿尔及利亚的协议。安德列·马尔罗忠心欢迎这个协议，并将其称之为真正的胜利。总理德勃雷则坚决反对，他说：“这是对我们自己的胜利。”实际上，他们两个都对。将军做结论时说：“我们试图在阿尔及利亚竭尽所能。这些协议是一个长期危机的终结。这是个惟一的出路，我们必须接受。根据民族运动的情况看，这条出路是不可避免的。这是个体面的出路，没有必要再讨论我们过去做过哪些和没做过哪些。人就是人，不是神，他们犯错误是可能的。必须使法国摆脱只给它带来不幸的处境……现在我们必须回到欧洲。有组织的大陆的世纪必将取代殖民地世纪。”
1962年4月15日，蓬皮杜取代德勃雷出任内阁总理。这反映出戴高乐同德勃雷在重大政策问题上的矛盾已难以协调。蓬皮杜出身语文教师，此前任洛希尔银行总裁，与任何组织都没有瓜葛，在第五共和国危急时刻，曾任总统办公厅主任半年，深得总统赏识。总统曾罕见地偕夫人亲往蓬皮杜家，把蓬皮杜作为私人客人看望。如今，蓬皮杜一跃而成为法国第二号人物。然而，蓬皮杜政府的宣言在议会表决时仅得259票的多数支持，这与德勃雷1959年1月8日在议会得到453票的多数支持相比相差甚远。这不是因为两个总理本身的差别所致，而是因为国内政局已发生复杂变化，戴高乐在国内外政策上有许多问题早已引起多方不满。
1962年5月4日，“秘密军队”头目“独眼龙”被捕后，执行“Z行动计划”的“秘密军”各行动队开始各自为战，各显神通，都想争头功，抢先把戴高乐干掉。
1962年5月17～22日，“秘密军”预先在利摩日通往巴黎的铁路上埋下10个丁烷气体瓶，并接上一根长达500米的电缆，准备到时引爆，把戴高乐所乘专列炸掉。
所幸，戴高乐23日乘专列路过该处时，没有发生爆炸。据事后查明，可能因保安部门事先捕获行动队头目让路易·布朗希，并采取了一系列严密防范措施，使得匪徒们在埋气瓶和电缆时未及装上引爆雷管。
不过，此后匪徒们的暗算活动丝毫没有收敛。他们反而变本加厉，更加猖獗。似乎不杀死戴高乐，他们誓不罢休。一计不成，又施一计。他们又于5月23日实施“岩羚羊计划”，企图当总统在爱丽舍宫大院的台阶上出现时，以埋伏在周围的多名枪手对他射击，但是仍未得逞。
1962年7月1日，阿尔及利亚举行公民自决权的投票，结果有99％以上选民投票赞成独立。阿尔及利亚共和国宣布正式成立。两天后，戴高乐正式宣布“法国承认阿尔及利亚独立”。
阿尔及利亚问题的妥善解决，结束了持续8年之久，给法阿两国都带来沉重灾难的阿尔及利亚战争。阿尔及利亚共和国的成立标志着戴高乐自决政策的辉煌胜利。这不仅证明了戴高乐的明智、胆略，同时也证明了第五共和国政治体制的优势。但是，戴高乐的这一伟大胜利是来之不易的。即使在四将军政变被粉碎以后，他前进的道路上也不是一帆风顺的。他又经历了许多风风雨雨，甚至惊涛骇浪。
此后，戴高乐更成了一些极端分子的眼中钉、肉中刺。这时，残酷的内讧在法国频频不断。其情况类似反革命暴乱的旺代时期和朱安党人暴乱的情况。表现最突出的是秘密军队组织。这个组织企图在阿尔及利亚给阿拉伯人留下“一片焦土”，同时让欧洲居民垂死挣扎。于是，成千上万的法国人惶恐地从阿尔及利亚逃回法国，到南部的一些省份定居。这些心怀怨恨的人为秘密军队组织和皮杜尔为首的“民族抵抗委员会”的活动提供了有利的土壤。后来，“秘密军队”又多次预谋刺杀戴高乐。
“极端分子”的传单说：“今天或明天，叛徒戴高乐必将像疯狗一样被消灭。”而将军却冷静自若地对待这些威胁，对保安部门的要求也不太在意：“我做我的事，你们干你们的事好了。”然而，他这时回科隆贝时多坐直升机，而且常改变到机场的路线。
1962年8月22日星期三，“秘密军队”又一次对戴高乐进行暗杀活动。这天，巴黎天气酷热。市民多外出到海滨或山间别墅避暑。戴高乐照例由科隆贝去巴黎主持内阁会议。这次，戴高乐已改变过去乘汽车往返于科隆贝和爱丽舍宫之间的习惯，而是先乘直升机由科隆贝飞往巴黎郊区的维拉库布莱机场，然后由夫人、女婿陪同换乘一辆“雪铁龙”牌轿车，在另一辆轿车和两辆摩托车掩护下前往爱丽舍宫。
当他们在维拉库布莱机场走下飞机，换乘上汽车，准备启程时，因考虑到时间较紧，德布瓦西厄临时决定走一条需经马恩大道的近路进城。谁料，那天上午，“秘密军队”有一个由3辆“雷诺”组成的别动队早已准备到马恩大道靠近雷蒙·洛斯朗街的路口对戴高乐下手。但是不巧，由于途中车多路堵，只差几分钟的时间，当那3辆杀手车赶到时，戴高乐的车已飞驰而过，使杀手们大失所望。不过，更危险的场面还在那天傍晚。
这天傍晚7时30分，内阁会议结束。7时45分，戴高乐和夫人、女婿及随员在部长们之后，走出爱丽舍宫，准备返回科隆贝。虽然内政部长弗雷在会上刚刚汇报过一些谋杀戴高乐的最新情报，但未引起总统的特别警觉，没有特别加强防范措施。总统仍登上那辆“雪铁龙”牌轿车，车号为DS5243HU75。总统坐在后排座左边，夫人坐在后排座右边。女婿德布瓦西厄在前排右边同司机马鲁并肩而坐。另有两辆摩托车在前面开道，一辆轿车在后面保镖。约7时50分，总统的车队出发了。
临出发前，女婿德布瓦西厄因考虑到副官德博纳瓦尔的意见，决定仍沿当天早上来这里的路线行进。总统车队出林阴大道，奔驰在第306号国道上。忽而，总统专车加快车速，把两辆在两侧开道的摩托车甩到了后面。晚8时5分钟后，总统车队竟落入巴斯蒂安·蒂里预先策划的埋伏圈。原来巴斯蒂安·蒂里根据情报早在勒泊蒂·克拉马交叉路口附近，以一辆“雷诺”牌轿车、两辆“雪铁龙”牌轿车和一辆“标致”牌轿车，对戴高乐布下了一个极为周密的伏击圈。巴斯蒂安·蒂里估计，戴高乐绝对逃不出今天的这个伏击圈。可是，巴斯蒂安·蒂里高兴得又太早了。
当总统车队快到勒泊蒂-克拉马交叉路口时，埋伏在正前方离路口300米处的那辆“雷诺”上的匪徒突然以轻机枪和冲锋枪对总统座车开始扫射。德布瓦西厄临危不惧，非常机智，当即令司机开足马力，向前直冲。被超过的那辆“雷诺”立即对总统专车穷追不舍，并对总统座车的背后又齐射了一阵。接着，埋伏在前面不远处的“雪铁龙”轿车上的匪徒又对总统座车的左侧猛烈开火。德布瓦西厄转身拼命叫总统和夫人立即趴下。当总统刚弯身趴下，一颗子弹穿过车窗上的防弹玻璃，从总统的头顶擦过。接着，夫人刚趴下，又一颗子弹也从她的头顶飞过。但两人都神奇般地脱险。匪徒们这次共发射了150发子弹，其中有14发击中总统的座车。虽然总统座车严重受创，但总统车队仍通过勒泊蒂-克拉马交叉路口，开到了维拉库布莱机场。
到机场后，戴高乐拍净身上的玻璃碴，若无其事地从容检阅了空军仪仗队。他对空军官兵说，匪徒们“枪法不准”。他率随员登上直升飞机飞回科隆贝。关于这次历险的情况，总统在《希望回忆录》里写道：这真是“令人难以置信的侥幸——我们没有人被击中。既然如此，那就让戴高乐继续走自己的路，履行自己的职责吧！”