以往的机构改革，从机构数量上看确实是大减，但从财政供养人的数量上看并没有大的减少，从政府机关“精简掉的人员”只是转移到了事业编制的单位，仍然吃财政饭；如果从行政支出看，不仅没有压缩反而与日俱增。2000年，全国财政供养人口4290万人，其中行政人员988万人，事业人员3292万人，按该年党政机关10043元的平均工资计算，一年的人头费就是4300多亿元，占当年财政收入13380亿元的32％。更严重的是，乡镇政府在国家编制规定外，还聘用了数百万公务人员，而他们全靠农民负担养活。如果再算上公款吃喝、公费旅游、公车私用及各项会议活动的铺张浪费，行政成本是相当惊人的。因此降低行政成本的问题，已经到了非痛下决心解决不可的时候，否则，政府职能转变和行政改革将会变得毫无意义。
十六大提出了通过改进管理方式、推进电子政务来提高行政效率、降低行政成本，这是十六大提出的一个新的思路。推行电子政务是适应信息化时代政府管理活动的需要。电子政务是政府管理方式的革命，其对政府管理的影响首先表现为具有生产力性质的政府管理工具的创新，政府利用现代信息技术和网络环境可以提高办公室工作效率和生产力，精简机构和人员，降低管理成本。其次，这种新的生产力工具的使用将不断改变政府管理结构和方式，重塑政府业务流程。而这种从管理工具的创新到管理结构改善到管理方式的变革，将极大地改变现有政府的管理观念，最终将不可避免地建构出适合信息时代社会发展所需要的政府组织形态。实施电子政务不仅能够提高政府管理的效率，提高政府工作的透明度，推进廉政、勤政建设，使政府利用信息化手段更好地为公众服务。更为重要的是，这场由新的管理手段所带来的管理方式上的革命将最终改变我们久已习惯的政府管理环境，引导我们逐步走向一个全新的政府管理世界。
依法规范中央和地方的职能权限
长期以来，中央和地方的职能权限关系问题一直陷入“一放就乱，一乱就收，一收就死，一死就放”的怪圈。中央与地方的权限缺乏明确的法律规定，上下级行政机关之间的事权不清，导致权限不明、职能交叉，既影响了行政效率，也损害了行政职能的发挥。十六大提出必须按照既有利于国家政权的统一，又要充分调动中央和地方两个积极性的原则，依法明确划分中央与地方的行政管理权限，这是行政管理体制改革的一个新思路。依法明确规定中央与地方的职责权限，包括中央政府的专有权、地方政府的专有权、中央政府与地方政府的共有权、禁止中央政府行使的权力，使中央与地方的权限划分有法可依。中央与地方合理分权体制应作为我国的一项基本政治制度和行政制度，用宪法的形式固定下来，非法定理由不得随意变更。借鉴发达国家的有益做法，确定我国中央与地方关系的法定程序，依法维护中央与地方关系的基本结构和秩序，对违反者，要依法予以纠正。
按照决策、执行、监督相协调的要求，继续推进机构改革
从市场经济发展的基本要求来看，政府决策、执行和监督相分离是推动政府科学规范部门职能，合理设置机构的必然趋势。这方面，发达国家政府已经积累了大量的经验和教训。十六大提出按照精简、统一、效能的原则和决策、执行、监督相协调的要求，继续推进政府机构改革。这就要求政府行政管理的改革必须逐步实现行政决策权与执行权相对分离，实行政府决策职能的核心化和集中化。通过科学规范部门职能，按综合职能设置政府机构，将相同或者相近的职能交由一个行政部门承担。同时要改革行政执行体制，建立综合执行机构，推行政府事务综合管理，将分散到部门的行政权原则上收归同级人民政府。改革行政执法体制，设置精干、统一的行政执法队伍，实行综合执法。在调整职能、合并机构的基础上，进一步完善组织立法，制定《政府机构定员法》，机构的设立、变更、撤销和行政级别调整，都必须履行规范的法律程序，实现政府机构设置、职能、编制和工作程序的法定化。总之，政府行政管理体制改革要按照决策、执行、监督相协调的要求，通过各方面的改革，切实解决层次过多、职能交叉、人员臃肿、权责脱节和多重多头执法的现象。
政事分开，改革事业单位管理体制
目前全国共有130万个事业单位，人员规模达到2900多万人，广泛地分布在我国教科文卫体等12大行业、100多个小的类别中。虽然国家有诸多涉及事业单位的法规，但不同法规对事业单位概念和范围的规定并不统一。而且实际应用中的事业单位仍然范围过宽，涉及面广，类别过多。许多事业单位名不副实，政事不分和事企不分的现象普遍存在。事业单位可谓是我国各类法人中最不规范的社会组织。
按照政事分开的原则，改革事业单位管理体制是我国今年机构改革的重点。有学者研究表明，我国政府改革的重点是遵循着“政企分开-政事分开-政社分开”的历史进程不断向前推进的。十六大将政事分开作为深化行政管理体制改革的重点，符合我国政府改革的历史逻辑。根据十六大的精神，政事分开必须以推进经营性事业单位改革和机关后勤服务社会化为突破口，加快事业单位体制改革步伐。要将承担部分行政管理职能或者行政执行职能的事业单位，改组为行政执行机构。对承担政府交办任务、提供公共产品的事业单位，实行宏观调控。对一般带有开发经营性的事业单位，实行企业化管理，逐年裁减财政拨款，逐步推向社会。同时，要加快机关后勤保障体制改革的步伐，把各部门所属的经营性后勤服务机构推向市场，依法改制为自主经营、自负盈亏的独立法人实体和竞争主体。
政事分开的核心是减少政府部门的直接干预，下放权力，让事业单位有更大的自主权和灵活性，不再成为政府部门的附属机构。与政企分开模式所不同的是，事业单位的经营自主权必须依据其公共性的程度和受政府监管的程度，以及对政府资源的依赖程度来界定。公共性程度越高，政府监管力度就越强，市场信号相应就越弱，资金来源就越需要政府保障，公共服务的提供就越具有强制性。如国民义务教育、卫生防疫、科学普及、文物保护、新闻舆论等公共事业，管理自主权应与政府的监管权协调一致起来，两个方面都需要强调，不可偏废；反之，对那些公共性较低、市场信号较强的事业单位，如文化娱乐、职业教育、技术研发、体育场馆、图书出版等事业，应尽可能地扩大经营自主权，减少政府干预。
西部大开发战略
我国地域辽阔，各地条件差异很大。由于自然、历史等原因，我国西部地区的经济要远较东部地区落后，地区发展很不平衡。早在20世纪80年代，邓小平就提出了“两个大局”的战略思想。其核心就是先让各方面条件和基础较好的东部沿海地区加快改革、开放和发展步伐，中西部要服从这个大局。在实现第二步战略目标的时候，突出地提出和解决支持中西部地区发展、缩小地区发展差距的问题，东部地区要服从这个大局。当前，我国在总体上已经达到小康水平，加快中西部地区发展的条件基本具备，时机已经成熟。为此，必须不失时机地推进西部大开发。江泽民同志总揽中华民族发展的全局，着眼于实现第三步战略目标，提出实施西部大开发战略。他号召通过几十年乃至整个21世纪的艰苦努力，建设一个经济繁荣、社会进步、生活安定、民族团结、山河秀美的西部地区。
这是邓小平“两个大局”思想的发展和实践。
实施西部大开发战略，关系全国发展的大局，关系民族团结和边疆稳定，是振兴中华的宏伟战略任务。这是推动国民经济快速健康发展和经济结构战略性调整的需要。改革开放以来，东西部地区经济发展差距甚至有不断扩大的趋势。这一状况严重制约着整个国民经济的健康发展，不利于实施可持续发展战略，迟滞中国体制改革长期战略目标的实现，推迟完善社会主义市场体系的进程。实施西部大开发战略，在发挥各地区优势，使东、中、西地区经济都能得到更好发展的同时，更加重视支持中西部地区的发展，促进区域经济协调发展，有利于提高资源配置效益和效率，保证国民经济发展有序运行，促进经济、社会可持续发展。同时，西部大开发对于实现各民族生活的共同富裕，以及维护整个社会和边疆稳定，都具有重要意义。