保护区也是甘肃省珍稀濒危动植物分布集中的地区，大部分地区保存着第四纪冰川期留下来的原始次生林，是生物多样性的避难所。生物特有现象十分明显，地球上的许多特殊孑遗种在这里都有分布，有起源古老的水青树，对研究植物区系演变有重要价值，有单种属植物独花兰、香果树，东亚成分的连香树、鹅掌楸，中国特产的珙桐、金钱槭等，还有名贵药材杜仲、天麻等。动物特有种方面，有国家重点保护动物67种，保护区和四川省的青川、平武、北川、九寨沟、茂县的大熊猫栖息地联片，有大熊猫500 多只，占中国大熊猫总数的约50% ，是大熊猫最大的一个种群区域。其中白水江区有大熊猫100多只，占中国大熊猫总数的10%。区内的金丝猴、扭角羚种群大，数量十分可观。有珍稀濒危植物38科60属67种及变种，各种国家珍稀保护动物52种，其中国家一级保护植物有珙桐、水杉、银杏、香果树、南方红豆杉6种，二级保护植物19种，三级保护植物25种，省级重点保护植物17种。有国家一级保护兽类5种，国家二级保护兽类16种。有国家一级保护鸟类4种，二级保护鸟类24种。有国家二级保护两栖动物2种。保护动物中有大熊猫、小熊猫、金丝猴、羚牛、黑熊、云豹、豹、斑羚、林麝、雉鹑、绿尾虹雉、玉带海雕、金雕和大鲵等。这些都是生长在白水江区内具有特殊科学研究、物种保存价值的物种，具有特别重要的遗传学意义和生态学意义，是全球研究古生物的“活化石”，它们和区内的多种生物物种一起，拥有着特别重要的社会和经济意义。
第二节 现状与问题
保护区管理局设在文县县城，下设12个职能科室，7个保护站和1个大熊猫驯养繁殖中心。管理局的任务集中在林政执法、宣传教育和科学研究三个方面，同时在项目的支持下，管理局与李子坝村、阳尕山村和跌堡寨村建立了社区共管制度。社区共管制度安排包括：（1）宣传制度。（2）社区项目发展制度。通过项目促进发展社区，以减少社区对森林资源的依赖，缓解保护压力。（3）薪柴节省制度。修建节柴灶，社区共管项目准备了一部分资金，专款专用，根据社区实际情况，对居民购买节柴灶给予全额或比例补助。鼓励使用多种能源，促使生产和生活能源结构由单一的柴薪型向柴电混合型、烧煤型、用电型、液化气型转变。
通过保护区管理局的积极宣传、管理及社区共管，社区对管理局的角色认可不断强化，对森林资源保护也有了全新的理解，并逐渐参与到社区共管资源行列中来。社区的参与形式主要有被动参与和主动参与两大类，被动到主动的参与转变，促进了经济发展，保护了生态，提高了居民的参与积极性，促进了当地的民主政治建设。
管理局虽然在管理理念上有所转变，社区共管也取得了一些成效，但是保护区仍面临一些问题和风险，存在很多限制性因素：
（一）潜在森林火灾风险大
保护区村社分散火源管理比较困难，社区居民防火意识不强，通讯瞭望设施落后，潜在火灾风险很大，加之道路差、交通工具少，万一发生火灾很难及时进行扑救，隐患很大。多年来，核心区内共发生两起森林火灾，造成的直接损失不大。这两起火灾是社区居民进入林区采集林产品或狩猎时取暖、吸烟引起的。实验区每年都有森林火警，均为社区居民烧荒积肥引起。
（二）社区生产、生活对保护区依赖性较大
薪柴消耗和砍伐树木是社区利用森林资源的主要方式，对生物多样性威胁严重。生活用柴主要用来取暖、做饭和煮猪食，生产用柴主要用于炒茶、酿酒、加工药材和野菜等。社区居民节能意识差，替代能源成本高。砍伐树木主要用于建造房屋和圈舍，打制家具，或出卖木材取得收入。砍伐树木大部分发生在核心区，对生物多样性威胁很大。2001年发生的林政案件共282起，与砍伐树木直接相关的有167起，占全部林政案件的59.2%。2002年发生的林政案件与砍伐树木直接相关的有162起，占全部林政案件的51.1%。2003年发生的林政案件与砍伐树木直接相关的有169起，占全部林政案件的61.37%。
（三）社区人口压力大
保护区内人口众多，人口结构属于“高出生、低死亡、高增长”类型，1964年第二次人口普查时总人口为51721人，2002年为108684人，2003年为112338人，2004年为24万。众多的人口每年要从保护区索取大量资源，耕地人口密度高达986人/km2。保护区社区居民承袭着传统生产方式，农业人口占90%以上，农业生产技术落后，单位面积产量低，靠广种薄收来增加粮食产量。另外，保护区社区居民还有撂荒的习惯，毁林开荒现象严重，造成植被丧失，野生动植物的栖息地缩小，生物多样性下降，水土流失严重。
（四）狩猎和捕捞
由于保护区管理机构巡护力量薄弱、装备落后、相邻省区协调不够、跨省区侦破及查处案件难度大、野生动物补偿政策未落实，狩猎现象在全区范围内时有发生，在川甘两省交界处最为严重，狩猎人员有保护区内的居民，也有邻省居民。狩猎者多以获利为目的，造成个别种类如林麝等在保护区濒于灭绝。
另外，由于水生生物管理机制不健全，归属不明确剧毒农药和炸药管理不严，巡护力量薄弱，对其保护不足，捕捞现象较多，且大多采用炸、毒、电击等方式，对生物多样性威胁较大。
（五）开矿和环境污染
保护区矿种主要有岩金矿、砂金矿、硅铁矿、铜矿和煤矿。开采沙金使河流改道，河床中大量堆积沙石，淤塞河道，致使水生动物栖息环境遭受破坏，数量锐减。岩金矿的开采对生物多样性保护的威胁极其严重，开采时需要木材作支撑，这些木材大多数来自保护区；岩金提取、提炼过程中所需的水银、******等物质，大量流入沟溪造成水体污染，致使大量水生生物死亡，直接影响社区居民的生产生活；生产过程中产生的矿末和堆集的尾渣对环境造成了污染，对植被造成破坏。
经过保护局管理机构监督及执法，沙金开采已得到有效遏制，但是出于利益的动机，仍存在着程度不同的采矿活动，不同利益群体关注的重点不同，在区域经济发展和社区居民脱贫致富层面上，保护区管理机构正在承受着越来越大的压力。
（六）限制因素
管理局人员不足，素质有待进一步提高，经费和设备不足。管理局有保护人员152人，管辖范围面积223671hm2，平均每人管理1471.5hm2，任务艰巨。管理、专业技术和巡护人员没有经过系统、专业化的培训，每年管理局事业费（含管理人员的工资）约为175万元，平均每平方千米的费用仅为7.82 元，经费严重不足极大地制约了保护区的保护工作。管理局办公设备陈旧，基层站无交通工具，缺少野外巡护装备，通讯工具落后，防火设备不足，扑火工具少，每站仅有2～3台风力灭火机。森林警察装备差，案件侦破手段落后，科研设备、野生动物救护设备、宣教设施几乎没有。
管理局缺乏完善的监测体系，数据管理系统不完善，保护区自建立以来，受财力、物力、设备、仪器短缺的影响，没有建立相关的监测体系，监测全靠人力不定期地进行，致使数据收集不完整、不全面。管理局也没有信息、数据管理系统和GIS 系统，不能满足白水江区管理的需要。
（七）补偿机制缺失
近些年来，毁林开荒压缩了保护区动物生存的空间，造成了动物和人类活动空间的重叠，处于保护区周边的农田遭到野生动物的毁坏，导致庄稼减产，甚至出现负产出，野生动物造成的庄稼增加了成为林缘社区村民的负担。我国野生动物保护法规定，“因保护国家和地方重点保护野生动物，造成农作物或者其他损失的，由当地政府给予补偿。补偿办法由省、自治区、直辖市人民政府制定”。甘肃省政府目前尚未制定相关补偿办法，当地政府与保护区管理局也无相应的补偿办法和补偿能力。补偿机制的缺失，致使社区村民的利益遭受损害而得不到补偿，村民对野生动物保护的认同度自然也不会很高，社区对自然资源的掠夺式利用，难以得到根本解决。
（八）植物应用型研究相对贫乏
保护区拥有多种应用型资源植物，如淀粉类、油脂类、药物类，而科研技术人员对应用型资源的研究开展得很少，社区经济发展缺少科技支撑，对于如何改变社区居民传统的生产生活方式，增加生产中的科技含量这样一个兼顾保护和发展的课题，目前仍鲜有科研人员进行研究。从严格意义上来说，保护区并未摆脱“就保护论保护”的模式，因为目前只是在强调保护保护区的生物多样性，但是忽略了这些生物多样性的开发研究价值，如果只是一味地保护，而不注重对应用型资源的利用，不仅失去了保护的价值，而且也是一种对潜在资源的浪费。因此，开发研究应用价值大、市场前景好的动植物资源，为当地经济发展提供科技支撑是增加居民的经济收入，减少资源破坏的有效手段，是一项很有意义的活动。