正当太平洋舰队积极筹划和演练马里亚纳作战计划的时候，日本联合舰队统帅人物古贺峰一在美第五十八特混舰队进攻帕劳群岛时，与其随员以及参谋长一行分乘两架大型水上飞机由帕劳岛起飞，欲飞往菲律宾的达沃。
古贺一行在飞行途中遭到暴风雨冲击，参谋长福留繁的座机拼力挣扎，终于在菲律宾的宿务岛附近海面迫降，幸免一死；而古贺的座机却杳无音讯，附近驻防的日机、舰艇全力搜索，结果一无所获。
古贺的参谋长被菲律宾抗日游击队俘获，其随身携带的一箱绝密文件被送交美军。在缴获的文件中，有一份称为“Z行动”的提纲，显然是日本海军的作战计划。
该计划最终被送往珍珠港太平洋舰队总部，莱顿和他的日文专家们连夜把文件翻译出来。日本海军把这个作战计划看作是对日军具有决定性意义的行动，计划作战的地区一直延伸到马里亚纳群岛-加罗林群岛-新几内亚一线。
1944年5月5日，日本广播电台宣布丰田贞次郎为联合舰队司令长官。
为挽救危局，大本营向丰田发布了“阿号作战”命令，企图集中大部分兵力，再次决战，一举歼灭美舰队。
此时，珍珠港方面已获悉，“阿号作战”计划只不过是“Z行动”的具体翻版。尼米兹看了“Z行动”的译文后，便下令把文件发给集结在马里亚纳群岛附近的所有舰长。
美军一直期望同日军航空母舰舰队交战，并将其彻底歼灭。这一时刻终于要来临了。尼米兹得知日军舰队中有偷袭珍珠港的“翔鹤号”和“瑞鹤号”航空母舰时，心中顿感振奋。他对史密斯将军说：“有朝一日，当我在办公桌上看到击沉日军这两艘航空母舰的电报时，那就是我一生中最高兴的一天。”6月，美军向马里亚纳群岛发起了进攻。美军尽管存在不利条件，但尼米兹以及太平洋舰队的领导人对即将来临的决战还是充满了必胜的信心。有新闻记者问：“日本广播电台宣称，‘一场大海战即将开始’，你对此有何看法？”尼米兹回答：“我希望他们讲的是真话。我真不知道怎样才能把他们引出来打一场大仗。”
18日黄昏，美舰队在西南355海里处发现了日本舰队。米切尔建议连夜把舰队开到西面靠近日军舰队的地方，以便在19日凌晨与日舰交战。
然而，斯普鲁恩斯在与参谋们讨论了一个小时之后，决定不去迎击日舰队。他向部队下达的命令只提出“攻占并守住塞班岛、提尼安岛和关岛”，而没有提到连续进攻日军的舰队。
米切尔和他的飞行员为此大失所望，认为斯普鲁恩斯使他们坐失良机，米切尔痛苦地抱怨道：“敌人跑了，它曾一度处于我攻击范围内。”飞行员普遍埋怨：“这是非飞行员指挥飞行员带来的结果。”
直至第二次世界大战结束，才证明斯普鲁恩斯的战术是完全正确的。
从缴获的日军档案来看，6月19日那天，斯普鲁恩斯凭他的运气或直觉把第五十八特混舰队部署在最理想的位置上。
马里亚纳海战不失为一场意义重大、战果辉煌的战役。经此一战，美海军掌握了马里亚纳的制海权和制空权，为美军最终战胜日军奠定了良好的基础。
至8月中旬，宽阔的马里亚纳群岛终为美军所有。在攻占塞班、提尼安岛和关岛的战役中，美军死亡约5000人，而消灭日军近6000人。美军最终突破了日军最后一道防线，夺得了下一步作战的后勤基地、潜艇基地和将轰炸东京工业设施的轰炸机基地。
在尼米兹司令部里，那幅太平洋海图上，进攻日本本土的指示箭头正从硫磺岛上划过。只是由于气候恶劣等原因，尼米兹才不得不将进攻硫磺岛的日期由1945年1月20日推迟至2月19日，进攻冲绳岛则由3月1日推迟至4月1日。
为了使美国各战区总司令的军阶与盟邦相对应，美国国会制订了一项可授予陆军和海军将领为五星上将新军阶的法令。12月19日，授予4位陆军上将和3位海军上将新的军阶。
总统命令授予马歇尔、麦克阿瑟、艾森豪威尔和阿诺德为陆军五星上将，莱希、金和尼米兹为海军五星上将。
尼米兹接受五星上将军衔时，心情十分激动。爱戴他的水兵们专门推举金属专业毕业的战士为他准备了一副新的领章，他们把旧领章上的星摘下来，把五颗星排成了一圈。
尼米兹无法掩饰兴奋的心情，佯装眼花，开玩笑地说：“好大一会儿，我才看见了星星。”
为了在战区附近建立一个新指挥部，尼米兹决定将总部移至关岛，向前进驻可使他朝战区推进1000海里。
此时，太平洋美军总部的编制和人数大增，他已不可能无拘无束、称心如意地办事。尼米兹宁愿带一个精干的参谋班子，而且尽可能只要那些公认的与作战计划和指挥有关的人员随行。他还希望在个人行动及战争决策上，由自己去承担一些风险。
尼米兹于1945年1月27日抵达关岛新指挥部，斯普鲁恩斯也于同日在乌里锡走马上任。
2月2日，尼米兹自关岛总部飞抵乌里锡，登上第五舰队旗舰“印第安纳波利斯号”，与斯普鲁恩斯将军商讨即将开始的硫磺岛战斗。
尼米兹所以决定放弃日军重兵防守的台湾，而攻占硫磺岛和冲绳岛，是因为这两岛离日本本土很近，可以作为直捣东京的战斗机、轰炸机的出击基地和紧急降落基地。
硫磺岛是小笠原群岛中硫磺列岛的主岛，位于东京以南700余海里的洋面上。
空中侦察表明，这个由熔岩和火山灰烬形成的、整日弥漫雾气和硫黄气体的荒岛是个易守难攻之地。由于该岛为日军“内防御圈”上关键性的链环，日军在此精心营造了极为坚固的海上堡垒。
霍兰·史密斯将军在研究了空中摄影的照片后，宣称“此处是我们最难攻占的地方”，并忧心忡忡地预计美军要伤亡20000人。
自1944年8月对此岛开始的空中目标袭击并未取得明显成效，日军的防御设施有增无减，已由原来的450处发展到700多处。岛上原有2个机场，现已扩增为3个。显然，日军把防御工事筑到火山熔岩中去了，工事上覆盖的黑色火山灰层减弱了炸弹和炮弹的破坏力。无论未来的战斗将如何艰巨，攻占该岛的意义已经十分明确，问题在于进攻将怎样实施。
斯普鲁恩斯决定用第五十八特混舰队的飞机摧垮东京地区的航空基地网，以保护硫磺岛外的美国舰只不受日机空袭。这是自1942年4月杜立特的“东京上空10分钟”行动以来，第一次用航空母舰袭击日本。
斯普鲁恩斯计划用两天多的时间来完成这次袭击。快速航空母舰可在乌里锡完成补给，2月16日驶到日本外海。尼米兹同斯普鲁恩斯商讨之后飞抵塞班岛，视察进攻硫磺岛的部队进行最后一次登陆演练。陆战队有3个师执行这次作战任务：第四师、第五师担负进攻，第三师为后备师。巡视结束后，尼米兹飞返关岛。1945年2月16日黎明，尼米兹焦急地期待着轰击硫磺岛和空袭东京的消息。上午7时，尼米兹从东京广播电台获悉：美军袭击了东京机场。几乎在同一时间，尼米兹得到报告，海军已开始对硫磺岛发起炮击，轰炸机正飞往北面，向硫磺岛做日常空袭。2月19日，斯普鲁恩斯向尼米兹报告了两天来袭击东京的战果：空中击落日机332架，地面击毁177架，摧毁许多机场和航空站的机库、机棚和设施。同一天上午11时，美军开始发起进攻硫磺岛的战斗。美军原计划5天拿下硫磺岛，结果整整打了36天。直到3月25日，美军才将岛上的残敌基本肃清。硫磺岛一役中，登陆一方的伤亡人数超过了抗登陆一方。美军在陆上和海上作战的人员中，约有7000人战死，19000人负伤。尼米兹称：“在硫磺岛参战的美军中，非凡的勇气成为共同的美德。”硫磺岛据称是太平洋战争中，美军付出最大代价才获得的岛屿，它的价值不应夸大也不应低估。
在该岛被宣布已完全占领的12天前，第一架美轰炸机即在该岛作紧急降落；占领该岛不到3周，“野马式”巡逻战斗机于该岛跑道上起飞，为白天轰炸东京的轰炸机护航。
3个月内，850架轰炸机在该岛做紧急降落。这就证实了占领该岛的必要性。无疑，如果没有这个胜败攸关的基地，这些飞机大部分会葬身海底。
新任海军部长福雷斯特尔亲临硫磺岛视察，回国后上报了他亲自掌握的战场第一手材料。在关岛，福雷斯特尔海军部长还向尼米兹祝贺他60岁生日。
福雷斯特尔离去后不久，尼米兹决定返回华盛顿述职。
3月1日，尼米兹由谢尔曼将军和拉马尔中校陪同动身启程，经珍珠港和旧金山前往华盛顿。
在旧金山，尼米兹又一次领略到那些正被发表并在全国广泛传播的新闻报道的作用。《旧金山调查者报》在头版发表社论，暗示硫磺岛损失惨重，原因是领导无方。它以明确的语言声称，只有麦克阿瑟才具备赢得战争胜利的才智，他不会像其他的司令官那样损兵折将、丢弃装备。华盛顿应让麦克阿瑟担任太平洋的全面指挥。海军和陆战队人员领导乏术。社论还指出，他们现在的领导，显然正在用美国子弟的生命做不必要的冒险。
这种说法使尼米兹大为不满，同时也使陆战队队员们怒不可遏。在旧金山休假的多位陆战队队员涌进《旧金山调查者报》的大楼，当着总编辑威廉·雷恩的面，要求他道歉或作出答复。
雷恩推托说，这不过是上级的指示而已。这引起了尼米兹的注意。从此，尼米兹对批评他领导和指挥艺术与麦克阿瑟在战略方面是相违背的一类攻击性文章有所防备了。
尼米兹和谢尔曼向参谋长联席会议汇报了下一步进攻冲绳岛的作战方案。进攻部队包括陆军第二十四军，这个军自进攻莱特湾以来已扩编为4个师；两栖作战部队第三军团，包括陆战队第一师、第二师和第六师。
这些部队合在一起组成第十集团军，由美国陆军的巴克纳中将指挥。第五十八特混舰队在冲绳和九州之间的海面上进行掩护，英国太平洋舰队则在冲绳和台湾间的海面负责掩护。
本次会议还通过了陆军提出的进攻日本本岛的作战计划。登陆九州的代号为“奥林匹克行动”，预计于1945年11月实施；进攻东京平原的代号为“王冠行动”，预计于次年3月实施。尼米兹将指挥所有海上部队建立滩头阵地，麦克阿瑟则负责指挥地面部队。
在华盛顿期间，尼米兹去白宫谒见了罗斯福总统。他是顶着对硫磺岛战役的各种指责和谩骂而来的，在内心深处，他渴望得到罗斯福总统的理解和支持。
尽管尼米兹并不计较个人威望，但是他重视人的尊严。尼米兹最终获得了罗斯福批准的向冲绳岛进攻的主攻任务。望着罗斯福苍白的面容，尼米兹心中隐隐产生了一种愿望：1945年将结束太平洋战争，让罗斯福活着看到这一胜利。
尼米兹一行飞越太平洋时，在珍珠港稍事停留，于1945年3月15日回到关岛。此时，他的注意力已完全集中在即将开始的战事上。
在制订冲绳岛作战计划时，尼米兹最为担心的问题是，美军在岛上建立起机场之前，日军空中力量对美方参战部队究竟有多大危害。
在东北方向，九州有55个机场；在西南方向，台湾有65个机场；在它们之间，沿着包括冲绳岛在内的琉球群岛还有许多飞机跑道。因此，日军可能动用在本土的3000或4000架飞机，运用致命的“神风式”自杀战术以抗击美军的进攻部队。
为了阻止可能出现的危险形势，尼米兹命令第五十八特混舰队对九州各机场发动一系列袭击。
第一特混舰队于3月18日和19日，对九州地区的机场、日本本土南部地区和停在濑户内海的日本舰队的残余舰艇，多次进行大规模空袭。
日军飞机进行了反击，击伤“企业号”、“约克城号”等航空母舰。“富兰克林号”遭到重创，800多名舰员丧生。
尼米兹又令轰炸机编队袭击九州的航空设施和基地。尼米兹还下令在下关海峡一带布雷。
在上述空袭活动中，美军虽然损失116架舰载机，但是击伤数艘日舰，并破坏了九州地区日军的各种设施及交通枢纽，使日军在此后的3周内几乎未能进行反击。
第五十八特混舰队补充油料后，于3月23日开始对冲绳岛实施猛烈轰炸。
包括步兵第七十七师在内的两栖进攻部队，攻占了冲绳岛西南15海里的庆良间列岛。这是整个登陆作战计划的一个组成部分，它为美军提供了一个隐蔽的锚地，这是一个不可多得的水上飞机基地和补给基地。
4月1日，即复活节清晨，特纳指挥的登陆大军开始在冲绳岛的白沙滩头登陆。登陆进行得异常顺利，当天，有5万名陆军部队和海军陆战队士兵登陆，先头部队夺取了两个机场。
4月2日中午，部分登陆部队已经横跨该岛，进至东海岸。此后，第二十四军的大部分兵力从右侧迂回，向南推进，海军陆战第一师向登陆地域以东前进。日军在冲绳岛的抗登陆兵力约有10万人，其中67000人是日本陆军的精锐部队。
日军部队为何没有抵抗呢？原来，守岛部队采用的战术是允许美军“充分登陆”，将美军“诱至于得不到海、空军火力掩护和支援”的地方，再一举歼灭其登陆部队。
没有在陆地上出现的殊死苦战却在冲绳海面展开了。
4月6日至7日，大约700架日机从九州起飞，袭击了第五舰队的舰只。这即是日军蓄谋已久的“菊水特攻”。
在两天的闪电式空袭中，美军有3艘驱逐舰和1艘登陆舰被击沉，2艘军火船被击爆炸，1艘扫雷舰和12艘驱逐舰受重创。日军飞机还撞入航空母舰“汉科克号”和战列舰“马里兰号”，美军数以百计的水兵死亡，剩下的许多人被严重烧伤，场面惨不忍睹。
这时，战斗在冲绳东北面半岛的陆战队以及在冲绳南部的陆军部队也遭到了日军的顽强抵抗。日军利用洞穴、堑壕、掩蔽火力点袭击登陆美军，致使美军的推进严重受挫。
尼米兹认为，陆军的缓慢推进，使海军支援部队遭到巨大损失，大量海军水兵被日机杀伤。但他又感到很为难，是下令调查损失惨重的原因，还是强制自己不去干扰战场上的指挥，他一时拿不定主意。尼米兹每天都写信给夫人提到这种痛苦的心情。有一天他还向她承认，他为每个牺牲的官兵深感痛惜。
4月13日早晨，罗斯福总统逝世的消息传到太平洋指挥总部，这使得尼米兹的心情更为沉重：“就我来说，我深深感到这是我个人的损失。”他写给夫人的信中说，“无论我们是否喜欢他的全部言行和主张——他始终主张建立强大的海军，他始终对我十分亲切、友好。我刚发出一份唁电，代表太平洋海区的全体官兵向罗斯福夫人表示哀悼。”
4月16日，海军陆战队司令、四星上将范德格里夫特和他的两名参谋来到关岛指挥部，请求去视察他在冲绳岛的部队，亲自去解决那里伤亡严重的问题。尼米兹没有批准他的要求。尼米兹解释说，他自己也想去，但战斗在激烈进行，危险性极大，因而不能派任何高级官员前往。
但是第二天，尼米兹突然改变主意，表示愿和范德格里夫特一同前往冲绳前线，这使得范德格里夫特大感惊讶。尼米兹改变主意的原因也许是迫于战局构成的“非常局势”，不得不进行直接干预了。
尼米兹抵达的次日，即与斯普鲁恩斯等人视察了美军占领的部分冲绳地区。
尼米兹针对地面行动停滞不前的状况，强烈要求陆战部队加速推进，以便尽早解脱支援舰队。巴克纳陆军中将声称，这不过是一次地面作战。言下之意是，冲绳岛作战是陆军的事，海军最好不要插手。
“这确实可能是一次地面作战，”尼米兹冷冷地扫了巴克纳一眼，“但我却每天损失一艘半军舰，它们受到‘神风’飞机的沉重打击，或被击沉，或失去战斗力。所以，这条战线5天内不能突破，我们将调别的部队来突破它。这样，我们就可以从这些可怕的空袭中抽身了。”
这样，巴克纳才勉强同意调陆战第五师和第六师来南部战场。范德格里夫特建议采用迂回进攻的战术，以打开局面。巴克纳仍然认为，在南部或东南部海岸采取何种登陆方式都将付出巨大代价，最好的办法是用大规模的舰炮火力将日军从据点中轰出来。尼米兹答应给予更强的火力支援。
为了顾全大局，尼米兹忍受来自各方面的批评，尽可能弥合海、陆军种之间的矛盾。在一次破例举行的记者招待会上，尼米兹对海军作出的牺牲只字不提，而是赞扬陆军非凡出众的作战表现，并指出陆军的战术是正确的，若从侧翼发起两栖登陆，将付出更大代价且浪费时间。
在这段时间里，尼米兹心情很不好，他的判断和决定受到最坚定的拥戴者的怀疑。但是，尼米兹坚持认为，首要的前提是保持军种间的和谐一致。
6月21日，美军宣布占领了冲绳岛。在炮声最后停息、支援舰只从冲绳海岸撤出时，对这一具有历史意义的战役也做出了统计。日军死亡约15000人，被俘7400人；美军阵亡约7600人，伤30000余人；有26艘舰只被击沉，360艘被击伤，大部分因日军“菊水特攻”行动所致。
此外，巴克纳将军阵亡，这是美军在太平洋战争中战死的最高级别的一位将领。
尼米兹指挥的中路部队浩浩荡荡地向日本本土推进，付出了惨重代价换来的辉煌犹如金色的光环带来了令人振奋的希望和信心。
而此时，麦克阿瑟的部队从新几内亚方向的进攻并未达到预期的效果，占领吕宋之后，他的部队仍在西南太平洋地区作战，只能南进到菲律宾南部和婆罗洲。
于是，军种间的内部争斗又展开了。麦克阿瑟责怪华盛顿束缚了他和整个陆军的手脚。他绝对无法容忍的是，当尼米兹指挥的以海军为核心的各级司令部进攻日本本土的同时，让他在南边“坐冷板凳”。
因此，麦克阿瑟把建立一个由他指挥的统一司令部的观点再度提出来。但他的观点遭到了来自海军的难以辩驳的反对。
1945年4月3日，参谋长联席会议颁布了一项折中方案：在进攻日本时，麦克阿瑟将指挥太平洋地区的全部陆军地面部队和航空兵；尼米兹指挥太平洋的全部海军。这一方案意味着将进一步分裂被尼米兹称之为“不能团结工作”的联合指挥部；同时，任何陆军部队将来都难以听从海军将领的指挥。
尼米兹的耐心已经到了极限，他感到不能再次退让，否则，他将沦为麦克阿瑟的部属，而丧失自己的权力和责任。他以不容置疑的语言向麦克阿瑟的特使萨瑟兰亮出了自己的观点：“我现在不能答应把对于太平洋海区防务和作战计划不可或缺的陆军部队的作战指挥权交给他。”
然而，尼米兹也认识到，早日结束战争，比起两人的不和以及武装部队中两个局部的冲突来说，要重要得多。基于这一考虑，他还是决定去马尼拉与麦克阿瑟会谈，以取得双方的某种一致，尽早结束战争。
在两天的会晤中，两位高级将领尽可能以理智的态度去争取相同的目标，以谋求双方会谈的基点和最终从海、陆、空三方逼近日本的战略。
会谈解决了一些存留的问题，奠定了进攻日本九州、本州及其他岛屿的合作基础。按照双方达成的协议，在两栖进攻中，以海军将领为主、陆军将领为辅进行指挥。
尼米兹答应将进攻整个琉球群岛的任务移交给麦克阿瑟，并保证一如既往地为西南太平洋部队提供海上掩护。
这次会谈，使尼米兹意识到，他的统一指挥陆、海军的愿望是非常不现实的，他将再也不会提及全国范围的武装部队实行统一指挥的建议了。
一天，一位年轻的海军中校来到太平洋舰队总部，捎来金上将带给尼米兹的一份绝密文件。文件告知，当量为20000吨TNT的原子弹已经研制成功，将于1945年8月1日在太平洋战场使用。
一颗炸弹就能毁灭一座城市，全部或几乎全部杀死其居民，尼米兹对此深为惊讶。此时，7月的“奥林匹克行动”计划和“王冠行动”计划已由继任总统杜鲁门批准在8月实施。尼米兹则继续实施对日本本土的袭击，携带水雷的潜艇和飞机把日本对各岛屿的攻势压了回去。1945年5月8日，德国宣告投降，这标志着欧洲轴心国的最后失败。在欣喜的同时，尼米兹也感到德国的顽固抵抗使欧洲的胜利来得太迟了，已经基本上不会对太平洋战场产生直接的支援和影响了。
他确信，在盟军部队从欧洲调来之前，靠封锁和轰炸，即可迫使日本投降。
6月底，尼米兹飞赴旧金山，与金上将进行战争年代的最后一次会晤。这次会议为时仅一天，因为两位高级将领已经充分确信，“奥林匹克行动”与“王冠行动”都将不会付诸实施了。
破译的日本电讯表明，日本正试图通过苏联政府，伸出求和的触角。于是，尼米兹、斯普鲁恩斯着手将工作重点从制订“奥林匹克行动”方案转到为日本可能投降作准备上。
有关建立民事政府、处理战犯，直至战后重建工作方面的专家等事宜，都成了太平洋舰队参谋部讨论的话题。
海军武器专家带来了在新墨西哥州阿拉莫戈多爆炸的第一颗原子弹的资料影片。尼米兹认为使用原子弹违背人道主义精神和道德准则，这不是一种合法的战争手段。
但他又同意日本问题专家莱顿的看法，日本人的武士道精神是难以通过常规手段摧毁的。作为美军统帅，尼米兹还必须考虑另一个实际的问题，即他不想牺牲更多的美国人。
7月26日，美、英、中政府发布“波茨坦公告”，公告指出：日军必须无条件投降；除本国四岛外，日本应从其占领的一切领土上撤出，否则，只有“自取灭亡”。
这时，美军“印第安纳波利斯号”巡洋舰已将次临界铀235和两枚原子弹的组成部件运到了位于马里亚纳群岛中的提尼安小岛上。
日本政府对“波茨坦公告”所列条文未做出任何反应。
8月6日清晨，一架轰炸机装载着第一颗原子弹从提尼安岛起飞。8时15分整，死亡之神在广岛上空降落，不到15分钟，白色烟云便将全城卷入一片恐怖的火光之中。9时20分，美空军从1500海里外的日本上空向提尼安岛传来清晰明确的消息：“任务顺利完成！”负责“原子弹计划”的法雷尔将军迅速将此情向尼米兹报告，并由具体负责该计划的另一将军格里夫斯转报正从波茨坦会议返国的杜鲁门总统。
同盟国又向日本发出了波茨坦会议议定的最后通牒，重申波茨坦会议精神，要求日本放弃一切领地属权，并由盟军占领日本本土，直至建立一个和平、负责的日本政府为止。
全世界都在拭目以待。尼米兹对日本政府愚顽不化的态度颇为吃惊。此刻日本人也很清楚，他们已绝无获胜的可能了，理应作出明智的反应。然而，日本政府继续保持沉默。8月8日，苏联向日本宣战，并出兵中国东北。8月9日凌晨，又一架携带原子弹的飞机从提尼安岛起飞。11时零1分，原子弹炸毁了九州的长崎市。这大概是临近战争结束的最后一声巨响了。战火硝烟即将散去，和平的捍卫者和奋斗者们将开始赢得他们应有的荣誉。
8月10日，英国王室决定授予尼米兹将军“巴斯骑士大十字勋章”，授勋仪式在英国海军上将布鲁斯·弗雷泽将军的旗舰“约克公爵号”战列舰上举行。一条紫色绶带从尼米兹肩上披挂到胸前。
11日清晨，尼米兹收到金将军的一份电报，宣告了日本已停止抵抗的消息。对尼米兹而言，这个消息实现了他对崭新明天的向往。这也是许许多多作出了崇高牺牲的勇士们的愿望。在尼米兹看来，胜利早已是预料之中的事情，这一天，不过是如期来临而已，就好像是再一次证明了尼米兹的坚定信念和准确判断一样。尼米兹起身下令实施新的战术手段。他向空中巡逻的飞行员发出信号：“查明并击落一切偷袭者——尽可能不要采取报复手段。”当欢庆胜利的声音激荡在美利坚上空时，杜鲁门总统在电台宣布，他已委托麦克阿瑟将军作为盟军最高司令，由他负责安排和主持日本投降仪式，并签署和平文件。尼米兹顿感愤懑，他认为这是对海军将士的极大不公。在太平洋的历次战斗中都是海军身负重任，出生入死，而到了胜利时刻，却让一位陆军将领担当主角，摘取果实。这种任命说明全世界的目光将再次集中于麦克阿瑟身上，似乎主要是由他的部队把日本打败了。
尼米兹将此种情况报告金上将，并表达了自己的强烈不满。金立即向总统提出，如果由一名陆军将领主持和平协议，那么仪式应在一艘海军舰只上而不是在陆上举行。
海军部长福雷斯特尔还从国务卿处赢得一项协议：如果麦克阿瑟代表盟军在投降书上签字，尼米兹将代表美国签字。29日，尼米兹也乘水上飞机抵达东京湾，把将旗升在“南达科他号”上。
9月2日8时，尼米兹一行乘专艇赶到签字地点，舰上哨声大作，扩音器响起了“海军上将进行曲”。又过了一段时间，麦克阿瑟与参谋人员也抵达了。麦克阿瑟和尼米兹相互握手，共同庆祝这一难忘的时刻。
军中牧师祈祷后，乐队高奏美国国歌。麦克阿瑟和尼米兹一起走上露天甲板，哈尔西紧随其后。麦克阿瑟站在桌后发表了令人难忘的和平讲话，然后他请日本政府的代表走上前来签字。
麦克阿瑟代表盟军在日本受降书上签字时，美陆军的乔纳森·温赖特将军和英国陆军中校亚瑟·珀西瓦尔站在他的身后，这二人都曾是战俘，刚从日本战俘营乘飞机赶来。
切斯特·尼米兹海军五星上将接着走上前来，代表美利坚合众国签字。麦克阿瑟五星上将和哈尔西上将、谢尔曼少将站在他的身后。
几天以后，尼米兹登上一架飞机飞返珍珠港，然后去旧金山。
这是举国欢庆的时刻，也是欢迎英雄荣归故里的时刻。海军部长福雷斯特尔认为，太平洋美军总司令像陆军领袖们一样为胜利创立了殊功，理应享受同样的待遇。他准备在10月初为尼米兹举行一次抛彩带的夹道欢迎。
尼米兹一向不是追名逐利的人，他起初反对这种煞费苦心的安排。但是，他必须面对这样一种事实：他是全国海军的代表，海军和陆战队员在太平洋战争中作出了突出贡献，可以说，是海军真正赢得了这场太平洋战争的胜利，应该使人民了解这一点。他所接受的将是全体海军的荣誉，他没有权利，也没有理由拒绝这一荣誉。
事实上，海军是无法被忽略的。来自民间邀请尼米兹参加庆祝活动的请柬，像雪片一样从各处飞来。那些留有尼米兹成长足迹和业绩的城市更是无法忘记这位海军的杰出人物为他们付出的一切。旧金山、纽约以及得克萨斯州的达拉斯市、奥斯汀市、克维尔和弗雷德里克斯堡的市政当局及普通群众以无法拒绝的盛情向尼米兹伸出了热烈欢迎之手。
在福雷斯特尔的努力下，华盛顿官方决定将10月5日定为“尼米兹日”，将组织3000米长的游行庆功队伍。届时，尼米兹将在两院联合大会上发表演讲，并由哈里·杜鲁门授勋。
在赴华盛顿出席盛典的路上，尼米兹在旧金山稍事停留。这里是他经常造访的城市，战争期间，他和金上将曾在这里多次举行军事会议，他的妻子和小女儿也在这里长期生活。此次，代理市长丹·加拉菲尔邀请他去市政厅以表示特殊敬意。
市政厅没来得及组织正式的游行，但尼米兹的行车路线早已家喻户晓。当汽车经过时，成千上万的人们自发地聚集在街道两旁欢迎凯旋的将军。在市政大厅，丹·加拉菲尔当众把旧金山市的一把钥匙送给尼米兹。尼米兹将军说：“为了这把钥匙，山本五十六可是付出了他的一切啊！”
人群爆发出阵阵欢呼之声。旧金山的每个市政官员和公民都为他的话而感动。这座地处太平洋东岸、易受敌人袭击的城市，对这位来自海上的坚定沉着、敏锐睿智、足可信赖的将军始终充满着敬意和亲切感。
次日晨，尼米兹及其夫人、拉马尔中校和谢尔曼少将一行人抵达华盛顿。他们没有时间休息，直接从机场乘车到国会大厦，尼米兹将在那里向国会议员们发表演讲。
这是绝无仅有的时刻。在两院联席会议上发表演讲，所有议员都到了会。通道上坐满了人，楼道里也挤满了人。这是一种特殊荣誉，人们愿意把掌声和鲜花给予这位来自前线的默默奋斗的将领。
尼米兹着重讲了4个问题。这些问题成为他在战后反复演讲的中心：海军在打败日本的战争中起了主要作用；日本提出求和要求是在投掷原子弹之前；必须研制新武器；保持一支强有力的海军是当务之急。
他说：“像原子弹这类新武器可以改变战争的特点，但不能改变我们必须获得制海权的现实。我们现在已经获得了制海权，我们有力量和资源把它保持住。”
尼米兹热情地呼吁在座的参议员们，要维持一支强大的海上力量，并且在需要时准备使用这支力量。
在雷鸣般的掌声欢送下，尼米兹离开国会大厦，坐在汽车高高的后座上，沿着宾夕法尼亚大街和宪法大街驶向华盛顿纪念碑。
50万华盛顿市民从商店、学校、政府机关涌向大街向他欢呼。在橱窗、电线杆、广告栏上到处张贴着尼米兹的宣传画。1000架海军战斗机和轰炸机在游行队伍上空掠过，有的机尾拖着红、白、蓝三色烟雾，一些飞机还组成了“尼米兹”英文字的字形。
在游行队列中，牵引车拖着缴获的日本飞机。队伍中有大量海军学员、陆战队员、海军护士、海岸警卫队妇女后备队员、海军妇女队员以及参加过南太平洋各次海上战役的老兵。
尼米兹到达华盛顿纪念碑后，发表了当天的第二次演讲。在这篇演讲词中，他说：“也许，无须更多的预示，人们即可明白，历史将认为现阶段不仅是一场大战的结束，而且是新的原子时代的开始。”
他希望原子能将被驾驭和使用在“工业和对人类有益的事业上”。
尼米兹一行接着驶抵白宫玫瑰花园，杜鲁门总统在这里授予他殊勋勋章。尼米兹表示，他是代表战斗在太平洋的200多万名官兵接受这枚勋章的。他希望借此机会向水兵、士兵、陆战队员和海岸警备队员致以敬意。
他向总统说：“我接受这项荣誉也像你‘圆满完成’一项工作而接受荣誉一样，工作是他们完成的。”