所罗门战役结束后，哈尔西并没有使自己闲下来，他开始策划下一步的作战计划。
但这时在指挥关系上出现了一种错综复杂的情况：哈尔西既要自行制订周密的作战计划，又要接受来自两个方面的领导。一方面，在全局性的战略问题上，要接受麦克阿瑟将军的领导；另一方面，执行作战计划所需要的舰船、地面部队和飞机等，又必须请求尼米兹将军予以调遣。这一双重身份给哈尔西的日后工作带来了麻烦。
很快，哈尔西和倔强的麦克阿瑟就发生了冲突。
事情的经过是这样的：
哈尔西在制订下一步作战计划时，因攻占新几内亚和菲律宾的需要，要在靠近新几内亚的马努斯岛上开设海军基地。
尼米兹知道这一情况后，便草拟一份电文发给海军作战部，建议把哈尔西的作战区域适当扩大，使马努斯处于哈尔西的直接指挥下。发文前，尼米兹以副本形式通知了麦克阿瑟。
在权力问题上格外敏感和计较的麦克阿瑟因此得出了这样的结论：哈尔西和尼米兹等人篡取了他的权力。于是他下令：在马努斯的管辖权确定之前，工程只限于他直接指挥下的部分舰只所必需的设施。
麦克阿瑟的话音刚落，哈尔西就断然地说：“你错了，将军，我不同意你的意见！不仅如此，我还要告诉你，如果坚持你的命令，那将阻碍战争的进程！”
在进一步阐述自己的观点后，哈尔西这样结束了发言：“我对马努斯的指挥权并不在意，我所关心的只是迅速地建好那个基地。我只要求，当我的部队开始进攻新几内亚或菲律宾时，这个基地业已竣工并交付使用！”
哈尔西的态度如此直率不仅使麦克阿瑟一怔，也使其他参谋人员感到惊讶。随后，哈尔西与麦克阿瑟还发生了激烈的争论，但哈尔西仍寸步不让。面对比自己更为倔强的哈尔西，麦克阿瑟也只有认输了。
1944年6月15日，哈尔西接收了斯普鲁恩斯指挥下的第五舰队，使之并入自己的第三舰队，从而将第三舰队的阵容大大扩展，成为一支以4艘航空母舰群为主体的拥有500余艘舰船的庞大舰队。
虽然这时他和尼米兹都主张直接进攻菲律宾，但他们的主张没有被接受。尽管如此，哈尔西还是在8月24日率领他的第三舰队浩浩荡荡地开向加罗林群岛。
加罗林战役中，哈尔西的部队在很短的时间里就歼灭日机约480架，击败日舰近百艘，炸毁了许多岛上设施，而美军只损失39架飞机。美军已以压倒优势的海空军兵力，使加罗林群岛成了囊中之物。
哈尔西用事实证明了他的想法，美军可以迅速直捣菲律宾的心脏地区。
这时，哈尔西还发现，日军在菲律宾西岸的防务十分薄弱。于是，他再次提出进攻菲律宾的建议。此时，英美两国参谋长正在魁北克开会。他们讨论哈尔西提出的建议，又用无线电征求麦克阿瑟的意见，哈尔西的建议最终得到批准。
参谋长会议决定：10月20日在莱特岛登陆，这样比原定计划提早了两个月。
1944年10月，哈尔西率领第三舰队开赴菲律宾战场。在战役打响之前，哈尔西不遗余力地进行了大规模的空中轰炸，致使马尼拉当地的日军基地和港口瓦砾飞扬，火光冲天，日军损失惨重。
10月12日，日美双方爆发了一场“台湾近海航空战”，日本飞机遭到重创。10月14日，哈尔西亲自挥师南下菲律宾。10月20日，美军大举登陆莱特岛。
对日本来说，菲律宾至关重要。一旦失守，日本与东南亚各地的海上交通线路将被切断，所以为了保住菲律宾，日本决定孤注一掷。
但日军航渡组织不严密，空中掩护无力，突击也没有做到出其不意，而且各舰队之间的通讯联络也很差，因此日军的各编队在海空战中被各个击破。
20日黄昏，6万名美军官兵和10多万吨物资已经上岸。莱特湾海战大捷，在第二次世界大战中具有深远的战略意义，因为美军占领莱特，意味着向菲律宾的大门已经打开，而日本从海上通往东南亚的通道被切断。太平洋战争已接近尾声了。
莱特湾海战虽然取得了重大胜利，但也暴露了很多问题，美军由于没有组成统一的作战指挥部，参战的两个舰队仍属两个战区统辖，因此协调很差。战斗中出现了一些险情，而这种状况几乎使美军处于不利态势。
这种态势的造成在某种程度上说也与哈尔西作出的决定有直接关系。海战结束后，哈尔西为此遭到激烈批评。但尼米兹和金上将拒绝对哈尔西作出处分，并以哈尔西在这次大海战中获得的战果为其辩解。当时麦克阿瑟也起劲为哈尔西辩护，他说：“不要对‘蛮牛’再说长道短了。在我的名册上，他仍然是一个善战的海军将领。”罗斯福在1945年1月的国情咨文中也这样说：
哈尔西将军报告说对莱特岛的直接进攻……加速了菲律宾的解放和最后的胜利，同时也保住了许多人的生命。否则，为了攻占那些现在已被占领的和留在我们战线后方的岛屿就要死不少人。
由于这么多头面人物的支持，才使风波平息下来。而且，为了表彰哈尔西在菲律宾战役中的贡献，罗斯福总统还亲自将第三枚“优异服务勋章”挂在哈尔西的胸前。
1945年1月26日，哈尔西一度把指挥权交给斯普鲁恩斯。5月18日，哈尔西又披挂上阵，以“密苏里号”为旗舰。7月1日，哈尔西率舰从莱特湾启程，发动了太平洋战争中最后的海军攻势。8月6日，美军在广岛投下第一颗原子弹。
8月15日，日本宣布投降。9月2日，举行日本投降签字仪式。签字仪式在哈尔西的旗舰——一艘以海军部长福莱斯特家乡命名的战列舰——“密苏里号”上举行。哈尔西费尽心思安排了这次举世瞩目的仪式。尼米兹代表美国政府签字时，哈尔西站在他的身后，并得到尼米兹签字的3支笔中的一支。至此，第二次世界大战结束。10月15日，哈尔西回国受到举国上下的热烈欢迎。一位战地记者报道：
“战争中最著名的海军部队哈尔西的第三舰队，今天回家了！”回国后，哈尔西官升五星上将，并且获得第四枚“优异服务勋章”。哈尔西在第二次世界大战中的经历令世人瞩目，他从“密苏里号”开始他的海军历程，至第二次世界大战结束，他的事业达到了顶峰，代表美国政府参加了日本政府的投降签字仪式，与历史一起定格在带给他起点又带给他辉煌的“密苏里号”战舰上。