曾国藩认为，要想保全自己，就必须走功成身退的路子。他熟悉历史，害怕自己也遭遇"飞鸟尽，良弓藏：敌国破，谋臣亡；狡兔死，走狗烹"的命运。
因此，曾国藩运用自己的智慧走出了一条保全之路。
一八六○年，清军江南大营被再度摧毁之后，清朝绿营武装基本垮台，黄河以南再没有什么军事力量足以与太平军抗衡，因而不得不任命曾国藩为两江总督，依靠他镇压太平天国革命。慈禧上台之后，又采取更加灵活的政策，让他督办四省军务，身负昔日五位钦差大臣的职权，其目的不过是为了调动他的积极性，事权归一，易于成功。
但是，自从进军雨花台以来，曾国藩兄弟迅速扩军，使曾国荃所属由二万余人增至五万人，曾国藩指挥的部队由几万人扩大为十二万人，除了赣、皖厘金和数省协饷外，增辟粤厘和湖南东征厘金，这就使清政府不能不渐生疑惧，感到这对他们是一种潜在威胁。湘军攻陷九浯洲，尤其苏、杭各城相继克复后，清政府的这种感觉与日俱增，隐隐感到自己的最大威胁已不再是行将失败的太平天国，而是手握重兵、广揽利权的曾国藩了。
一八六二年，曾氏家族处于鼎盛时期。曾国藩身居将相之位，曾国荃统领的人马达两万之众，曾国华统领的人马也达五千之多，曾国荃在半年之内，七次拜受君恩。尽管这还不是曾氏家族最为辉煌的时期，但面对如此浩荡皇恩，曾国藩早已心满意足，甚至有点喜出望外，他禁不住骄然慨叹："近世似此者曾有几家？近世似弟者曾有几人？"曾国藩之所以被重用，关键是太平天国运动的存在。如果没有太平天国运动，清政府就不会依赖曾国藩。他们不想在消灭了太平军之后，又有湘军谋反。一八五四年，曾国藩攻陷武昌后，咸丰皇帝对他的封赏一再迟疑，正是考虑到这些。当时，捷报传来，咸丰皇帝很高兴，立即下旨，封曾国藩为湖北巡抚，并且夸奖曾国藩，说他虽然是一介书生，却能够立下大功。咸丰皇帝身边的一位大臣却劝他，说曾国藩虽然是一个普通人，但是他振臂一呼，四面八方的人都会Ⅱ自应，聚集在他的周围。虽然有了功劳可以得到奖赏，但给他权势，却不一定是国家的福气。成丰皇帝揣摩过后，就改变了主意。
曾国藩以其敏锐的洞察力意识到了危机，心中不免矛盾。因为要想做到精忠报国又要功成身退，的确是一件很困难的事情，古今能做到这点的人寥寥无几。
曾国藩功成身退的想法在他的日记中屡屡表露："日内因户部奏折似有意与此间为难，寸心抑郁不自得。用事太久，恐人疑我兵权太重、利权太大。
意欲解去兵权，引退数年，以息疑谤，故本日具折请病，以明不敢久握重柄之义。""是日，接奉廷寄，因十二月十八日秦兵之败，霞仙革职。业经告病开缺之员，留办军务，致有此厄，宦途风波，真难测矣！然得回籍安处，脱然无累，尤为乱世居位者不幸中之幸。"在给李鸿章的信中，曾国藩也提到："仆辛苦多年，何必于晚节恋此一官，从此不居权要之任，或可保全末路耳。"另外，清政府对曾国藩的态度也逐渐变得冷淡起来。其第一个表现，就是在曾国藩与沈葆桢争饷时，有意偏袒沈葆桢，裁抑曾国藩。最后虽然以轮船退款解决了曾国藩的乏饷问题，但从此曾、沈不和，使清政府基本达到了分而治之的目的。与此同时，各省督抚也不像前几年那样对他热情支持了，江西争厘，他省协饷停解，就是明证。
清政府知道，虽然湘军总数有三十万人，仅曾国藩直接指挥的部从就有十二万人，但内部派系复杂，各树一帜，他的嫡系部队亦不过曾国荃的五万之众。所以，清政府迅速提拔和积极扶植曾国藩部下的湘军将领，使之与曾国藩地位相近，感情疏远，渐渐打破其从属关系。清政府还对曾国藩的部下和幕僚，实行拉拢和扶植政策，使他们渐渐与曾国藩分庭抗礼，甚至互相不和，以便于控制和利用。而对于曾国藩的胞弟曾国荃则恰恰相反。一八六三年五月曾国荃升任浙江巡抚之后，虽仍在雨花台办理军务，未去杭州赴任，亦本属清政府的意旨，照例是可以单折奏事的。曾国藩遂让曾国荃自己上奏军情，以便攻陷天京后抢先报功。不料，奏折刚到立遭批驳。清政府以其尚未赴巡抚任，不准单折奏事，以后如有军务要事，仍报告曾国藩，由曾国藩奏报。
曾国藩恐曾国荃心情抑郁，言辞不逊，在奏折中惹出祸来，特派颇有见识的心腹幕僚赵烈文迅速赴雨花台大营，专门负责草拟章奏咨察事项。
曾国荃攻陷天京后，当天夜里就上奏报捷，满心以为会受几句赞扬，不料又挨当头一棒。上谕指责曾国荃破城之日晚间，不应立即返回雨花台大营，以致让干余太平军突围，语气相当严厉。事情发生后，曾国荃部下各将都埋怨赵烈文，以为是他起草的奏折中有不当言辞引起的。赵烈文则认为，这与奏折言辞无关，而完全是清政府节外生枝，有意苛求，否则，杭州城破时陈炳文等十多万人突围而去，左宗棠为何不受指责，幸好有人将李秀成捆送到营里，否则曾国荃更无法下台。
但是，清政府并不就此了结，而是步步进逼，揪住不放。数日之后，清政府又追查天京金银下落，令曾国藩迅速查清，报明户部，以备拨用。尤其严重的是，上谕中直接点了曾国荃的名，对他提出严重警告。上谕暗示说，曾国藩兄弟如不知禁忌，就难以"永保勋名"，"长承恩眷"了。寥寥数语，暗伏杀机。
曾国藩具有丰富的政治经验和历史知识，熟悉历代掌故，当然能品出这些话的味道，掂出它的分量。何况，曾国荃确实非常骄傲，以为攻陷天京全是他一人的功劳。因而，攻陷天京前后，就成为曾国藩思想上最紧张的时期。
曾国藩时常提醒自己要注意"富贵常蹈危"这一残酷的历史教训，尤其注意回避历史上那些顾命大臣常遇到的功高震主的问题。因此，他在攻破天京后，虽然位列三公，权倾当朝，得到了一个汉族官吏前所未有的名利和权势，但是，他深刻地认识到，清政府是在八旗兵和绿营兵已腐败不堪的情况下，才不得不依靠汉族地主和汉族官僚来对付太平天国的。当太平天国已除，卧榻之侧，岂容他人鼾睡？数十万湘、淮军的存在，对曾国藩本人来说，当时简直不是福，而是祸。曾国藩经过周全的考虑，最终决定采取裁军而不辞官的保全方案。
关于曾国藩裁军的情况，我们在前面已经做过介绍。比较有趣的是，曾国藩在裁军的同时却坚持不辞官，这其中是有一定深意的。曾国藩在领兵作战时，一再请求回家为父母服丧终制，而战事终了后，何以不再提及此事，这点仍和他的忧畏有关。
曾国藩在剿平太平天国之乱后，皇帝封他为一等毅勇侯，世袭罔替。他是事实上的湘军领袖，凡是湘军出身的将领，无论是执掌兵权抑或出征疆场，都视他为精神上思想上的领导者，而湘军在裁遣之后，被藏者多至数万，功名路断，难免有很多人感到不满。
曾国藩如果在此时请求解官回籍终老，皇帝当然不能不接受他的要求。
但他若在回到乡间之后，以一个在籍乡绅的地位，忽然为一群图谋不轨之人所挟制，并奉之为领袖人物，即使曾国藩知所自处，而对清朝政府来说，也仍然不是保全功臣之道。如果清政府怀有过人的恐惧，曾国藩之辞卸官职，正表示他有不愿继续为朝廷效力的意愿，那就更容易发生不必耍的猜忌了。
所以，曾国藩在此时一方面自动解除兵权，一方面更留在两江总督任上继续为清政府效力，决不轻言去留，无疑正是使清政府感到放心的最好办法。
试看他在两江总督任内因奉旨剿捻而不以劳苦为辞，逢到军事失利，立即趁机推荐李鸿章自代，亦无非仍是远权势而避嫌疑的做法，不过在表面上不太显露痕迹而已。至此，我们当然要相信曾国藩之功成不居与远嫌避位，正是他的一贯作风了。所以曾国藩大刀阔斧裁撤湘军，高官却仍然要做，这也是消除清廷疑忌的一种高明手段。