植物缺锰的症状有早期和后期两个阶段。在早期缺锰阶段，叶片的主脉和侧脉附近呈深绿色、带状，叶脉间则为浅绿色，到了中期叶片的主脉和侧脉附近的带状区域变成暗绿色，叶脉间为浅绿色的失绿区，并且逐渐扩大。到后期严重缺锰的阶段，叶脉间的失绿区变成灰绿到灰白色，叶片薄，枝条有顶枯现象，长势很弱。禾本科植物则出现与叶脉平行的失绿条纹，条纹呈浅绿色，逐渐变成灰绿色、灰白色、褐色和红色。
对锰敏感的小麦、玉米和甜菜更有特殊的缺锰症状。小麦叶片出现与叶脉平行的失绿条纹，由黄色到黄绿色，叶脉仍为绿色，黄色条纹扩大成杂色斑点，叶尖也会变成黑色。玉米叶脉间出现黄绿色条纹，与叶脉平行，长度与叶长相同。甜菜初期在叶脉间出现小的失绿叶斑，随着缺锰的程度加剧，失绿的叶斑由黄绿色变成浅黄色或浅绿色，叶脉和叶脉附近仍然保持绿色，称为“黄斑病”。失绿叶病斑逐渐增多，扩大而合并，逐渐蔓延到全叶。叶缘向上卷曲而高出叶面，叶片呈三角形。最后变成褐色而坏死，严重时坏死部分脱落穿孔，叶片呈直立状。出现叶斑的同时，植株生长缓慢或停滞。
我国缺锰土壤主要为北方的石灰性土壤，尤其是那些质地轻、有机质含量低的土壤，这些土壤包括绵土、蝼土、黄潮土、棕壤、砂姜黑土、钙质土等。
锰对豆科植物生长有较为重要的关系，大豆、花生、豌豆、豆科绿肥等对锰肥有良好反应。此外，在缺锰土壤上，对小粒谷物、烟草、棉花、油料、甜菜等施用锰肥，效果也很好。