食用菌是腐生型真菌，有的为兼性寄生，可在纤维素材料上生长发育。菌丝体分泌各种分解纤维物质的酶，能将复杂的纤维素（包括木质素和半纤维素）大分子分解成结构较简单的小分子化合物，供菌丝细胞吸收。这些纤维素物质多为农林业的废弃物，利用植物纤维性废弃物如农作物秸秆、棉籽皮、树枝叶等，按一定比例粉碎混合，可用来栽培食用菌，栽培效果好，营养价值高。
食用菌的种类不同，栽培方法也不同。现以双孢蘑菇为例：将马粪、牛粪、猪粪、鸡粪等收集后晒干、粉碎，选择未发霉的干沼气渣、稻草、麦秆、玉米芯、玉米秆等植物纤维性废弃物，按粪草6：4配料、堆制。堆制时先在地面上铺一层宽165厘米、厚16厘米左右的草料，再铺6.5厘米左右的粪肥，洒水使其湿润。按此法层层加高至1.65～1.74米。一般经3～4天，料温可达70℃左右。当堆温上升到最高点并开始下降时，进行第一次翻堆，加入0.1%～0.5%的过磷酸钙。此后每隔6天、5天、4天各翻堆一次。待堆料呈褐色、无粪臭、草茎柔软而富有弹性时，即形成腐熟的粪草培养料。在此基础上再进行双孢蘑菇的接种、覆土及生长期管理等工作。
此外，采用木质素、纤维素作为原料时亦可用生料进行栽培。