应该说这个大本营是非法的。因为根据《战时大本营条例》，大本营的设置应该是在发布宣战布告，进入战争状态后，可是6月5日时日本还没有向大清宣战。可是谁又会去管这些呢？两天后的6月7日，陆军大臣大山岩和海军大臣西乡从道分别发表布告：禁止报纸杂志刊登一切与陆海军行动有关的新闻。同一天，日本还设置了“陆军中央金柜部”，实行与立法、司法独立的战时财政——军部可以随心所欲地动用所有财政资源。
自“金玉均事件”后就以“休假”名义一直留在日本国内的驻朝公使大鸟圭介，就是在大本营成立的6月5日，乘坐“八重山舰”，在200名海军陆战队员护送下前往朝鲜归任的。与此同时，日本海军的5艘军舰也慢慢从釜山开往仁川。同一天，第九旅团旅团长大岛义昌少将也率领刚刚从第五师团编成的第一混成旅团先头部队，从广岛宇品港出发，在海军舰艇的护卫下驶向大清。
电闪雷鸣之势，距离韩国正式向清廷照会请求出兵只有5天！
李鸿章、袁世凯又怎么看这件事呢？
在日本驻清代理公使（公使是同时兼任驻朝公使的大鸟圭介）小村寿太郎向在天津的李鸿章通报日本出兵时，李鸿章还不解地问小村，朝鲜没有向日本请兵而日本何故出兵。小村的回答是：“根据《天津条约》，日本有在事先通报的前提下向朝鲜出兵的权利。”
当时已经71岁的李鸿章还没有意识到事态的严重性。继续以“朝鲜乃蕞尔小国，弹丸之地，聚两国大军，纵非有心生事，亦恐擦枪走火”之类的道理向年仅39岁的小村寿太郎施压。
李鸿章的对日判断完全失误。失误不仅表现在对日军实力的估计还停留在10年以前，对日本政治局势的判断也完全失误。当时日本政局相当不稳，由于伊藤内阁在和英国进行的修改不平等条约的谈判上没有进展，而被舆论和国会激烈攻击为“软弱无能的内阁”。议会甚至还提出了对内阁的弹劾议案，伊藤内阁看起来处于内外交困，风雨飘摇之中，随时可能垮台。
李鸿章确实是在操办洋务外交，可是李鸿章对这个世界是缺少了解的。曾任沙俄交通大臣和财政大臣的维特（Sergei Yulyevich Witte）在回忆录中提到过一次和李鸿章的会谈。那是在1896年李鸿章参加俄国沙皇尼古拉二世的加冕式，谈到前来祝贺的百姓因为互相推挤而造成踩死3000余人的大惨剧时，李鸿章说：“陛下是不知道这些的，对不对？”
维特很肯定地对李鸿章说：“沙皇尼古拉二世陛下一切都知道。”据说李鸿章听后十分吃惊：“我弄不懂这么做的意义，我做总督的时候有1000万人死于瘟疫，但我国的皇帝陛下什么都不知道，你们怎么能拿这些无足轻重的小事去让皇帝陛下劳神呢？”
维特在回忆录中写道：“就是说，我们比中国人文明开化。”
李鸿章只是老佛爷的奴才，荣辱仅仅取决于老佛爷的喜怒哀乐。他不能理解议会制度下内阁的运作方式，也不能理解舆论的重要。在李鸿章等看来，伊藤内阁自顾不暇，完全无力腾出手来和大清争夺朝鲜。可李鸿章并不清楚，其实伊藤博文不需要时时刻刻对挂在口中的“天皇陛下”负责，挑起对外战争是现代政府转移民众视线、缓和国内矛盾的常用手法。
现在伊藤博文就在采取这个手段。
李鸿章和袁世凯只知道乘坐八重山舰去朝鲜归任的大鸟圭介随身带了20名警视厅的巡查，但并不知道八重山舰上还有200名海军陆战队员。他们更不知道，大鸟圭介随身带有陆奥宗光外相“可见机灵活行事，不拘于和平解决”的训令。大鸟不是来归任的，他是到现场来指挥如何制造开战口实的。
9日，八重山到达仁川港。在此之前，日本常备舰队司令海军中将伊东祐亨率松岛、千代田、高雄三舰从福建马祖岛急驶釜山，然后直行仁川。此时，泊仁川港的日本军舰有松岛、千代田、八重山、筑紫、大和、赤城6艘，而中国仅有济远、扬威、平远3舰。日本海军力量远远在中国海军之上。
十五
伊东祐亨抵仁川后，即至八重山舰会见大鸟圭介，商讨进军计划。当时决定，除了大鸟随身带的海军陆战队之外，伊东还从各舰抽调人员编成联合陆战队登陆护卫。联合陆战队由松岛副舰长、海军少佐向山慎吉任指挥官兼大队长，海军大尉中川藤次郎为大队副官，海军大尉岛村速雄、井上保为大队参谋，共计士兵400余人。当天晚上10时许，陆战队全部上岸，驻扎于仁川日租界。然后第二天10日凌晨从仁川出发，下午进入汉城，于午后6时45分抵公使馆。
同时第五师团长野津道贯陆军中将在接到参谋本部的命令之后，将驻宇品现在的广岛。附近的第九旅团两个联队，加以骑、炮、辎重、卫生等兵力编为混成旅团，合计7600多人。旅团长为大岛义昌陆军少将，佩了两个参谋，一个是日本陆军谍报工作的鼻祖福岛安正中佐，另一个则是在山县有朋以后君临日本陆军十几年的元帅陆军大将上原勇作少佐。本来应该是等旅团全部编制完成后一起出发，可是之前几天，日本驻天津公使馆武官神尾光臣少佐来电报说，清廷第一批派遣军定于6日由山海关出发。这才不等混成旅团编制完毕，先派第十一联队第一大队长一户兵卫少佐带了他的大队于12日在仁川登陆，13日进汉城以后接受大鸟的直接指挥。
大鸟是外交官，能指挥军队？能。那年月日本还没有国家公务员制度，这些人都是从倒幕前后的内战中打出来的。但大鸟有点特别，他不是明治政府的，他是幕府那边的，还是死硬派，带着一支叫“传习队”的队伍从江户逃出去以后，屡战屡败，屡败屡战，一直退到了北海道，直到带的兵全输没了以后才在箱馆（现在的函馆市）向明治军队投降。
明治政府倒也没有怎么为难他，反而派他去欧美考察，回来以后当了工部大学校（现在的东京大学工学部的前身）校长，搞实业去了。日本的科学技术，人才的培养，包括水泥、玻璃、造船、纺织、石油、铁道、矿业等重要行业的发展，都有他一份功劳。其实派他出任驻清公使兼驻朝公使，就在很大程度上反映了日本产业界向外扩张的要求。
为什么大鸟圭介离开军界呢？据说此人兵学学得不错，但实际操作不行，打仗老是输，没赢过，大鸟自己解嘲说“虽然没有将才，但有将器，本官怎么输也始终面不改色”。他虽然不是将才，但暂时指挥一下先遣队对付袁世凯估计也还问题不大，再说大队人马马上就要来了。
大队人马确实马上就来了。到6月16日，大岛少将已经带着近3000人马在仁川登陆了，加上一户少佐的先遣队，第一混成旅团已经来了一半左右，有4000人，加上海军的松岛、吉野、千代田、八重山、筑紫、大和、高雄、赤城八舰，兵力远在中国军队之上，已占有绝对优势。6月27日整个混成旅团8000人登陆仁川，这时日军军力在汉城方面已经全部展开，随时可以投入战斗。
这一来，朝鲜政府和李鸿章、袁世凯都傻了。一开始就没有想到日本会派兵，而且派出重兵的李鸿章居然到此时还没有认真地想过，日本是不是有向中国开战的可能。李鸿章能想到的仅仅是日本出兵朝鲜妨碍了他进一步直接控制朝鲜。在日本大军登陆的时候他还在做着中日联合撤军的美梦。
其实发了傻的还有大鸟圭介：东学党动乱居然平息了。
原来朝鲜朝廷上下和东学党一看日清两国大兵压阵，一副要在朝鲜国土上开战的架势，阶级矛盾立即就让位于了民族矛盾。政府和东学党谈判成功，签订了《全州和约》，内容包括：“停止迫害起义者和东学道徒，合力维持社会秩序；严惩贪官污吏，横暴富豪，不良儒林两班；烧毁奴婢文书；改善贱民待遇；许青年寡妇再嫁；废除一切扰民的苛捐杂税；打破门阀界限，登用人才；严惩私通日本者；取消一切公私债务和平均分配土地。”东学党义军也退出了全州，动乱结束了。
东学党动乱既已平息，外国军队就毫无继续在朝鲜半岛上羁留的理由。如果李鸿章、袁世凯能够看到这一点，主动从朝鲜单方面撤军的话，这是全身而退的一个最后的机会。并不是说日本会由于清廷撤军，而打消对朝鲜进而对中国大陆的侵略野心，而是因为当时的日本确实只是一个小国，想干什么坏事也必须找一个冠冕堂皇的借口。如果大清撤兵，则日本由于其外交上的孤立只能撤出朝鲜而等待以后的机会。所以大鸟当时的全部精力就是防止大清从朝鲜撤军。为了把水搅浑，大鸟干脆提出了一个“清日共同促进朝鲜内政改革”这么一个明知道大清根本没有可能接受的提案来争取时间。
话说回来，就算李鸿章当时撤了兵也没有什么用处，大清不会励志图强，而日本却在图谋崛起，再过几年日本照样找得到机会，大清也照样败。
而李鸿章所做的，正是日本所期望的。李鸿章一开始是想双方同时撤军，6月22日，日本政府发出“第一次绝交书”，强硬地表示：“设与贵政府所见相违，我断不能撤现驻朝鲜之兵。”李鸿章这一幻想破灭以后还不进行决一死战的军事准备，而是幻想依靠列强调停来使日本打消染指朝鲜的阴谋。
对于李鸿章的幻想，日本的回复是，第一混成旅团的第二批部队6月27日在仁川登陆。7月14日，刚刚从临时公使升格为日本驻清公使的小村寿太郎向总理衙门送达了日本政府的“第二次绝交书”。绝交书中称：“查朝鲜屡有变乱之事，从其内治纷乱而来。我政府因念今俾该国能更正内治，绝变乱于未萌，莫善于两国戮力同心者，缘两国之与该国所有关系原常吃紧也。乃将此意提出清国政府，讵料清国政府定然不依，惟望撤兵，我政府实深诧异。近闻驻京英国大臣顾念睦谊，甚愿日清两国言归于好，出力调停等语。但清国政府仍惟主撤兵之言，其于我政府之意毫无可依之情形。推以上所开，总而言之，清国政府有意滋事也。则非好事而何乎？嗣后因此即有不测之变，我政府不任其责！”日本不肯撤军，反而倒打一耙，把开战的责任推给中国。
1894年7月19日，根据军令部官房主事山本权兵卫大佐提出的方案，将已经改名为“西海舰队”的警备舰队和常备舰队组成“联合舰队”。这是日本海军第一次组建联合舰队，伊东祐亨海军中将为首任司令长官，首任参谋长为鲛岛员规大佐。
7月23日联合舰队从佐世保起锚出发，24日晚到达仁川。7月23日晚上，在大鸟圭介公使指挥下的混成旅团第一大队袭击了朝鲜王宫，又重新迎回大院君执掌政权。大院君所发的第一个命令就是任命大鸟圭介为朝鲜国王政治顾问。
接下来，大院君又于7月25日更换了内阁，向清廷驻朝鲜公使唐绍仪通告朝鲜单方面废弃与清朝之间存在的所有外交条约，并且要求在牙山驻扎的所有清军和丰岛海面上的北洋水师所有舰只立即撤退。
大院君的身后站着日本公使大鸟圭介，站着日本陆军和海军联合舰队，这是日本帝国在向清朝宣战，但不是正式的。
这时，战争其实已经开始了。