2．第十一航空舰队（十一航舰）负责协同陆军航空兵对菲律宾、马来进行空袭。这个十一航舰的名字有点怪，这是海军陆基航空兵组织，虽然叫“舰队”，其实没有船。
3．第二舰队负责夺取菲律宾海面及南海的制海权，确保陆军兵力的运输。
4．第三舰队负责掩护进攻菲律宾的陆军部队，小泽治三郎指挥的原驻印支的南遣舰队负责掩护进攻马来的陆军部队，对文莱、荷属东印度（现在的印度尼西亚）的苏拉威西的进攻掩护由这两支舰队完成。
5．进攻香港由第二遣支舰队负责。
6．第四舰队负责掩护进攻关岛和拉包尔，组建陆战队，开战时必须首先占领威克岛。
7．由潜水艇组成的第六舰队负责在开战之前监视夏威夷，向联合舰队通报美国太平洋舰队的变化，在太平洋舰队逃出珍珠港时负责突袭。
8．第五舰队在小笠原群岛附近警戒，负责本土近海守卫。
9．如果美军舰队进攻，则除去第三和南遣两舰队之外，联合舰队全体转入邀击姿态，如果敌军进攻在日军进攻马来之前发生，则联合舰队全体转入邀击姿态。
第二阶段作战：
第二舰队回内地进行补给修理，第三舰队负责菲律宾、荷属东印度方面防卫，南遣舰队负责新加坡、苏门答腊防卫，其余舰队任务不变。第三舰队、南遣舰队和联合舰队的水雷部队负责保卫海上交通。潜水艇部队负责破坏敌人海上交通。
这里说明一下“水雷部队”的意思，中文中的“鱼雷”在日语中也叫“鱼雷”，“鱼型水雷”的缩写，但更多的时候是叫“水雷”。所以“水雷部队”的意思是“用鱼雷做进攻武器的部队”，主要指鱼雷艇和驱逐舰，有时候轻型巡洋舰也算到里面来。“水雷战专家”的意思就是此人是从驱逐舰长爬上来的，会玩鱼雷，并不是说此人是布雷专家。
中文里的“水雷”在日语中是“机雷”。“机械式水雷”的简写。
山本五十六的这个计划，尤其是第一阶段最后得到了几乎100%的成功，所以山本五十六被抬到了神乎其神的地步，其实这个计划是很有问题的。
首先第一阶段的第一条中的作战目标中列出了航空母舰、战列舰和作战飞机，但没有明确写明巡洋舰也是必须消灭的目标，“任务完成后立即撤退”也是在后来引起争议的一句话，后任一直把突袭珍珠港不彻底的责任归结到这种措辞。
再者这只是一个相当于“年度作战计划”的东西，仅仅是详细地说明了第一阶段进攻的方向、任务、兵力分配和目的，在第一阶段作战完成以后怎么办则是泛泛的含糊其辞。
第三，山本的作战计划中没有第一舰队的使用，这个“第一舰队”在日本海军中是一个特别的存在，从日俄战争开始第一舰队就直属联合舰队，日本海军最强的舰队就是第一舰队，第一舰队司令部就是联合舰队司令部，这两个司令部的分离还是在临开战前的1941年8月，当时隶属第一舰队的主要舰只是战列舰长门、陆奥、伊势、日向、扶桑、山城、金刚、榛名、比叡、雾岛这10艘日本全部的战列舰，重型巡洋舰青叶、衣笠、古鹰、加古，轻型巡洋舰北上、大井、阿武隈、川内和航空母舰凤翔、瑞凤。直到1944年丰田副武大将在联合舰队司令长官的任上被美国人逼着不准在海上混事，从军舰上搬家到了地上的防空洞里，这样联合舰队没有了旗舰，同时也就没有了第一舰队。
但现在如此强大的第一舰队，除了抽出了战列舰比叡和雾岛以及第一水雷战队旗舰阿武隈带着第十一驱逐队的谷风、浜风、浦风、矶风这四艘驱逐舰加入一航战参加突袭珍珠港之外居然没有具体动作安排。
这是因为山本五十六虽然想出了用舰载飞机攻击珍珠港，但山本五十六本人不是一个航空主兵者。日本海军军人不是巨舰大炮主义者的人不多，其实可以说当年全世界的海军军人几乎全都是巨舰大炮主义者，海军兵32期次席入学，最后吊床号第七名的山本五十六当然也不例外，第一舰队是准备与美国进行舰队决战而保存起来的。
山本五十六和军令部的分歧不在这个舰队决战，而在这个偷袭珍珠港上面。
日本海军花了30年绞尽脑汁制定的《海战要务令》被山本五十六一下子推翻了，山本上任时带去当参谋长的福留繁这时已经是军令部的中将作战部长了，当年山本对他说“能不能用飞机轰炸珍珠港”的时候，福留繁的意见就是“那还是全体舰队出击更有把握些”，现在当然也不会同意山本五十六的意见。
但山本五十六的理由有一定的说服力：首先在美国太平洋舰队健在的时候南进，战线拉得太长，美国随时可能在战线中间发动进攻从而把日本一刀两断或者多断，从而使日本军队在南方的作战本身就变得不可能，而突袭珍珠港虽然困难到了几乎不可能的地步，但并不是绝对不可能，有赌一把的必要。
那万一不成功怎么办？
不成功的概率太大了，主要的困难是：
如何进行海上燃料补给？统计资料表明夏威夷的12月只有7天风平浪静，其余24天都是浪大风高。
如何保持机密？航母倾巢出动，内部空虚，被美国人反过来偷袭怎么办？
会不会拖累正在进行的日美最后交涉？
所以军令部的意见是美国海军不可能一下子在日军战线的中间发动攻击，得一站一站地来，首先必须占领马绍尔群岛，这样日本海军还有集结兵力，和美国进行舰队决战的时间。其次是本来就不充足（山本五十六本人就说了飞机还差一半）的航空兵力再分为南方和夏威夷作战两部分，如果夏威夷作战失败（从上面夏威夷作战的不利因素来看，这种失败的可能性比成功的可能性要大得多），该如何处理？
山本五十六的回答非常简单，也很山本五十六：“如果日本有天佑，夏威夷作战肯定成功，如果中途失败，也就是说没有了天佑这一条，放弃整个作战就行了。”
这句话是开战前的10月31日说的，“放弃整个作战”究竟是什么意思？放弃偷袭夏威夷的企图，还是放弃整个南进计划，只有山本五十六本人才知道。
九十
参加过日俄战争的山本五十六当然知道，日本海军在数量和质量上都不如美国海军，哪怕仅仅是美国的太平洋舰队；参观过底特律和得克萨斯的山本五十六当然也知道，日本的物资生产能力不如美国，所以战胜美国是不可能的，甚至在美国人那里争取到像日俄战争似的停战条件都不可能，山本五十六对战争结果的期望留到以后再谈，现在来谈山本五十六为了实现那个期望准备怎么干。山本五十六准备的是开战初期就必须突然袭击，消灭掉美国太平洋舰队。甲午战争、日俄战争日本海军都是这么干的，现在必须，也只能这么干，而且必须干得比甲午战争和日俄战争更加彻底。
这已经不是什么“进攻式防御”的问题了，去考虑在爪哇或者菲律宾附近和美国太平洋舰队展开决战本身就太荒唐了，要和美军作战，只有这一条路可走。山本五十六是这样想的，现在回头来看也只有这么一种选择。
但坚持“政治上正确”的军令部不同意也很正常。如果同意山本五十六的作战方案的话就等于承认整个大日本海军这30年来就是在瞎混，这简直是反“皇军”的行为，当然不能予以同意。
但山本五十六也不是混的，派出心腹的联合舰队先任参谋黑岛龟人大佐携带自己的亲笔信赴东京军令部，言明如果不同意他的作战方案，就挂乌纱帽，谁有能耐打英美谁去打，本老爷不伺候。
军令部总长已经从皇族的伏见宫换成了永野修身大将，永野在山本的威胁下屈服了：“如果山本有这种自信就照他说的去做吧。”
可能是出于因循守旧的原因，日本人特别喜欢看统计数字，看历史资料，这次他们忘记了看统计数字和历史资料。甲午战争和日俄战争在开战之前都发生过军令部和联合舰队司令长官意见不一致，结果是用伊东祐亨换下了中牟田仓之助，用东乡平八郎换下了日高壮之丞。这次又在军令部和联合舰队之间出了矛盾，按历史规矩应该是撤换山本五十六的联合舰队司令长官才对，可是这次的军令部对自己的作战方案没有任何自信，不敢坚持，海相岛田繁太郎更是由已经退休了的伏见宫一手栽培起来的，完全是傀儡。本来岛田对在这个时候当海军大臣就不感兴趣，刚上任时还想反对开战，后来被伏见宫骂了几句又赶快表态，说“如果是因为我海军大臣一个人反对而贻误了战机就太对不起了”。到了后来又成了东条英机的傀儡，被人讥笑为“东条英机的副官，东条英机的裤腰带”，战后岛田被作为甲级战犯抓了起来，当时人人都认为作为开战海相，岛田这次肯定逃不了绞刑，最后在法官投票时，11个法官他拿了5票，这一票帮他逃脱了绞刑。所以岛田对怎么打法根本没主意，随便你们怎么办。
军令部到最后算是同意了，但统一联合舰队内部的思想花了好大一番周折。1941年山本找来当时第十一航空舰队参谋长大西泷治郎少将，秘密交待了研究用舰载机攻击珍珠港的任务。大西领命而去后找来了海大35期次席毕业的军刀组，刚刚晋升中佐的源田实来一起研究。源田实当时刚刚从驻英武官卸任，亲眼看到了不列颠空战，是坚决主张航空主兵论的有名人物。源田实当时的名气是原自其飞行技巧，当时日本到处都搞什么“献纳航空机”的捐献活动，每次都是源田实少佐带人出席这种集会，驾驶捐献来的飞机表演特技飞行，“源田实特技飞行队”在日本很有人气。
“不能把所有的鸡蛋放在一个篮子里”是一句有名的西方谚语，这句谚语对当时的航空母舰的使用也产生了很大影响。航空母舰是进攻性武器，但是航空母舰最大的弱点就是防御性能差，一旦航空母舰被击沉，篮子里所有的鸡蛋都完了，所以当时世界海军的常识就是航空母舰是单独行动的，相互之间的距离在50到100海里。
如果进攻夏威夷的6艘航空母舰之间一定要保持这个距离的话，夏威夷周围甚至都没有足够的海面来容纳进攻部队，进攻是不可能的。
一次在看新闻电影的时候，源田实无意中看见美国航空母舰列克星顿、萨拉托卡、企业号和黄蜂号在编成一字纵队航行，虽然没有进行起飞降落的飞行动作，但这个镜头给了源田实一个新的思路：航空母舰能不能和战舰一样的编队行动？
1941年2月，源田实的第一份研究报告《用舰载战斗机加强母舰的防卫能力》是在进攻珍珠港的可行性研究上迈出的第一步。
1941年4月，大西带领的源田研究组把突袭珍珠港的草案交给了山本五十六，山本五十六又把这个草案交给联合舰队先任参谋黑岛龟人大佐最后定型。这个被人称作“仙人参谋”的怪物黑岛，把自己关在舱房内几乎整整一个月，最后交给了山本五十六一份详细的作战方案。