1938年1月8日，国民政府军事委员会参谋总长何应钦正式核定新四军编制为第一、二、三、四支队及各支队司令员。后又陆续核准项英为副军长，张云逸为参谋长，周子昆为副参谋长，袁国平为政治部主任，邓子恢为政治部副主任。在中共中央的领导下，叶挺迅速整编了南方8省13个地区的红军游击队，形成了一支统一的抗日武装。从此，叶挺率领新四军驰骋疆场，纵横南北，沉重地打击了日本侵略者。逐渐发展壮大起来的新四军，使国民党中的顽固派坐卧不宁。国民党蓄意扼杀新四军，于1941年1月，制造了震惊中外的“皖南事变”。
“皖南事变”后，叶挺先后被囚禁于上饶、恩施、桂林、重庆等地，长达5年又50天。在狱中，他坚贞不屈，一次次断然拒绝蒋介石高官厚禄的引诱，表现了一个无产阶级革命家的浩然正气。
1946年3月4日，在我党的多次交涉下，叶挺出狱。就在出狱的第二天，叶挺在重庆致电毛泽东转中共中央，“决心实现我多年的愿望，加入伟大的中国共产党，在你们的领导下，为中国人民的解放事业贡献我的一切。”
3月7日，中共中央复电叶挺，同意接受他入党。复电全文如下：
noindent亲爱的叶挺同志：
五日电悉。欣闻出狱，万众欢腾。你为中国民族解放与人民解放事业进行了二十余年的奋斗，经历了种种严重的考验，全中国都已熟知你对民族对人民的无限忠诚。兹决定接受你加入中国共产党为党员，并向你致热烈的慰问与欢迎之忱。