又因当时阿里和卫藏地区的佛教修行情况很是混乱，有的人信奉戒律而轻毁密法，有的尊崇密法却又轻视戒律，还有人以修密法之名杀生、蹂躏妇女，或杜撰经典、任意行事，又有修“炼尸成金”等邪术的情况，为此益西沃又发布了一道禁令禁止这些行为。
同时，为了澄清在佛法认识方面的错误，传播纯净而正统的佛法，他一方面从东印度请来了著名的戒律大师达摩波罗及其三位上首弟子来到阿里地区讲授戒律，由此形成了阿里地方的律学传承——“上部律传”；另一方面，他又派遣青年才俊赴印度、克什米尔等地留学深造，并造就了大批佛学人才，还促成了当时极为盛大的译经活动。
在啦喇嘛益西沃派去克什米尔求法深造的人中，象雄的拉索·仁钦桑波和布让的勒贝喜饶二人圆满完成学业，携带佛经返藏，成为了颇有名气的藏地大、小译师。
如果说藏传佛教的下路复兴是以继承佛教戒律传承为其主要特色，那么上路宏传则是以翻译佛经为其主要特色。根据《佛教史·大宝藏论》中的统计，在这一时期，后弘期的译师从仁钦桑波算起共有137名。在他们当中，有开宗立派的大师，有学识丰富的班智达，有精修密法的大成就者，并且很多人都曾赴印度等地学过佛法。其中，最著名的是四大译师：仁钦桑波、卓弥·释迦益希、玛尔巴和桂·厍巴拉孜，此外，热·多杰扎、纳措·慈城嘉哇、巴曹·尼玛扎、俄·勒贝喜饶、俄·罗丹喜饶等多人也非常著名。众多的译师为求法译经而付出了毕生心血，经过他们的努力，当时流传于印度的显密经典基本上都被翻译了过来。
啦喇嘛益西沃还曾派嘉哇·尊追僧格携带黄金前往印度迎请佛学大师阿底峡，没有成功。后来，在为这件事而征收黄金的过程中，啦喇嘛益西沃被克什米尔地区的葛逻禄国所捕，并向古格索要与他等身的黄金作为赎金。他的侄孙绛曲沃收集好了赎金前去营救，但因为还缺少了头部重量的黄金，未能将他救回。借着见面的机会，啦喇嘛益西沃对绛曲沃再三嘱咐说：不要为了赎取年事已高的他而浪费黄金，要用这些黄金去迎请阿底峡尊者等大班智达来藏弘法。不久之后，他就死在了狱中。绛曲沃遵照其遗愿，继续邀请阿底峡大师入藏传法，几经周折，终于如愿请来了阿底峡大师。
阿底峡到藏地以后，先在阿里驻锡3年，在卫藏及其他地方驻锡4年，在聂塘驻锡6年。在藏地弘法利生达13年。于1054年圆寂。他弘法的足迹，到过阿里、聂塘、拉萨、桑耶、叶巴、连巴、塘波且、日喀则等，所到之处，讲经、译经、修订经典、传法授徒，掀起了藏传佛教复兴的高潮，并且他还推动了重振藏传佛教正统的历史进程，对西藏后弘期佛教的兴盛起到了举足轻重的作用。
第五节，百花齐放的黄金时代
正如后世人所说，下路弘传点燃了藏传佛教后弘期的复兴之火，上路弘传使藏传佛教后弘期的火焰冉冉升起。这一时期的藏传佛教与前弘期的藏传佛教相比，其传播的规模的以及信佛群众对佛教的信仰程度，都远远超过了前弘期。佛教在雪域藏地再度复兴之后，从10世纪末算起，至15世纪初格鲁派创立之前，经过了一段非常繁荣，可以说是自由发展、百花齐放、名家辈出的黄金时期。
一，教派林立
在这一时期，藏传佛教的许多大大小小的宗派，除了格鲁派之外，都相继形成并纷纷发展了起来。
最古老的教派是宁玛派，其次是噶当派，除了这两者之外，萨迦派和噶举派也是大的教派，并且都分别曾在地方政权中享有很大的权力，盛极一时。至于希解派、觉域派、夏鲁派和觉囊派，则是较小的教派，它们之中除了觉囊派至今还在流传之外，其余的几个都已经湮没在历史的长流之中了。
这诸多教派，绝大多数是从11世纪到13世纪之间产生或建立起来的，这说明了这一段时期是藏传佛教后弘期中的一段大发展或大繁荣的时期，而且此时各教派中人才辈出，各显身手，争奇斗艳，宗教活动十分活跃。
至于各教派的具体情况，将在后文中单独详述。
二，萨迦派的盛极一时
在藏传佛教各教派中，萨迦派是与蒙元政权走得很近、曾盛极一时的一个教派，而这一切要归功于萨迦四祖萨班·贡嘎坚赞和萨迦五祖八思巴。
萨迦四祖萨班·贡嘎坚赞生活的时代，正好是蒙古军事力量在中国北方崛起之时。1239年，蒙古汗王的宗王阔端派军入藏，在藏北的热振寺杀死了500名藏族僧人，与此同时，他也意识到对蒙古人来说，想要征服藏地，在藏地用军事手段逐个降伏每一个割据势力是不可想象的。经过思虑和权衡，阔端在公元1242年致函萨班·贡嘎坚赞，邀请他到自己的驻地凉州（今甘肃武威）商谈乌斯藏地区归顺蒙古的问题。于是在这一年，萨班带领着他的侄子八思巴和恰那多杰以及其他随从，远赴凉州，于1246年到达了该地。
1247年，萨班与阔端进行了著名的“凉州会谈”，会谈结束后，萨班写了《萨迦班智达贡噶坚赞致乌斯藏善知识大德及诸施主的信》，在信中劝服地方僧俗势力归顺蒙古，并取得了成功。萨迦派也从此取得了西藏地方行政事务和宗教事务的统治权。
同时，萨班的东行也意味着藏传佛教文化走出雪域，开始大规模地向东传播。当时萨班在凉州四寺为众人讲经传法，藏传佛教在河西一带呈现出非常兴盛的局面，阔端等蒙古贵族也对藏传佛教产生了浓厚的兴趣，这为藏传佛教在元朝皇室的传播奠定了很好的基础。
1251年，萨班在凉州圆寂。1253年，蒙古忽必烈派人去凉州邀萨班会面，因为当时萨班已经离世，所以由八思巴代为前往。忽必烈夫妇及其子女以世俗人拜见上师的礼节拜见了八思巴。之后，八思巴以上师的身份给忽必烈传授了萨迦派的喜金刚密法灌顶。1258年，佛教与道教在上都进行了一场辩论，在这次辩论会中，以八思巴为首的佛教一方获胜。
1260年，忽必烈称帝，建立元朝，封八思巴为国师。1272年，元朝设了掌管全国佛教和藏族地区事务的总制院，而八思巴以国师的身份兼管总制院事务。八思巴又依照藏文创造了蒙古新字，深得元朝皇帝的器重。后来，他又被晋升为帝师，又称“帝师大宝法王”。
在八思巴之后，萨迦派中又先后出现了十几位帝师，这个教派在元代可谓盛极一时。到了元朝中后期，随着蒙古统治势力的削弱，萨迦派的势力也日渐衰落。到了元朝末年，噶举派中的帕竹噶举一派的势力逐渐强大，最终将萨迦派在西藏的统治权取而代之。
三，活佛转世制度的出现
“活佛”一词的藏语原词音译为“朱古”或“祖古”，“朱字有幻化之意，“古”字之意是身体，“朱古”的本意就是“化身”——根据大乘佛教中关于“法身、报身、化身”三身的理论，藏传佛教认为，十地菩萨为了普渡众生而变现出有形的色身，一个有成就的修行证悟者，当他活着的时候利济众生，而在他圆寂之后，可以有若干个“化身”或“转世身”。因此，作为“朱古”的汉语译名，“活佛”一词虽然由来已久，使用频繁，但确实是不太准确的译名。然而因约定俗成，为了阅读方便，在此还是暂时使用这个译名。
活佛转世制度可以说是藏传佛教的一个创举，由噶举派中噶玛噶举一支中的黑帽系于13世纪开创。开创这一制度者名叫嘎玛拔希（1204-1283年），他生于康区，本名叫做却吉喇嘛，其名号中的“拔希”一词是蒙古语的音译，是“法师”的意思。据说嘎玛拔希在去往前藏求法的途中，遇见了噶玛噶举派的创始人都松在经过数年的学习与修行之后，嘎玛拔希在当时的藏传佛教界中有了很高的声望，被视为是不可多得的大成就者。1256年，蒙哥汗赐给他一顶金边黑色僧帽，还包括了金印、白银等贵重物品，后来这顶黑帽就成为了这一活佛世系传承的标志。
后来，在忽必烈和阿里不哥的汗位之争中，嘎玛拔希受到牵连，忽必烈对嘎玛拔希曾拒绝他的邀请而到了蒙哥汗那里的事感到不快，因此将他投入狱中施以各种刑法，后来又把他流放到大海边上，住了3年。据说嘎玛拔希示现了许多神通，身体并未受到伤害，最后他于1264年获释，返回藏区。
返回后，嘎玛拔希在康、青一带传教8年，最后回到了楚布寺。1284年，嘎玛拔希在圆寂前，将弟子邬坚巴叫到面前，嘱咐他说：“从遥远的拉堆地方，必出一继承黑帽系密教的传人，你就暂时作为他的代理吧。”说完从自己的头上摘下金边黑帽，将它戴在了邬坚巴的头上，旋即就圆寂了。根据这一指示，噶玛噶举派后来认定了绕迥多吉为嘎玛拔希的转世。
从那以后，转世修行者在临终时遗留遗嘱成为了噶玛噶举黑帽系朱古的一种传统，这也成为了认定转世朱古的主要依据。由此藏传佛教的活佛转世制度得以开创。
四，中观、因明学与辩经之学风
佛教传入藏地之后，寺院既是佛教的宗教活动场所，也是完成佛教文化教育的机构。前弘期的桑耶寺建成之后，赤松德赞曾下令在桑耶寺内成立了一所妙法学校，由官方出资迎请印度和藏地的教师，开设《皈依颂》《因果论》《佛教戒律》及梵文和藏文的翻译课程，但因朗达玛灭佛运动，刚兴起的寺院教育也被迫中断。
10世纪后半期，随着藏传佛教的复兴，寺院佛学教育也得以恢复。从11世纪开始，藏传佛教各教派陆续形成，纷纷建立起各自的寺院作为讲修场所，藏传佛教的寺院教育也有了新的发展。
要说明的一点是，除了寺院教育，藏传佛教中还另有其他的佛学教育传统：师徒间秘密地口耳相传，或父子兄弟之间传授，或是前二者相结合的以家庭为核心的教学传承。在早期的宁玛派中，这种佛学教育方式较为普遍，即使到了后来，这也是一直与寺院教育并行的教育传统。萨迦派自建寺以来，在较长时期内，教法都是由昆氏家族的父子或兄弟世代相传。噶举派主要是通过口授耳传进行的，后来逐渐从早期带有私塾性质的教学过渡到了寺院教育。宁玛、萨迦、噶举这三派的佛教教育都比较偏重于密宗的教授，但是噶当派却并不广传密法，它的教学内容以显宗为主，并且形成了藏传佛教学习中观、因明学和辩经的学风。
噶当派的早期佛学理论家、翻译家巴曹·尼玛札（1055——？）倡始了中观论教授。他有很多弟子，其中的四大弟子——藏巴·萨尔博、玛甲·强久益西、达云·丹札和尚唐·萨巴益西迥乃，在卫藏一带建立了中观讲经场。喇嘛恰白森钦·玛甲尊珠在向巴曹·尼玛札学习了中观和集密等经典之后，也在雅隆上下部地区建立了讲经场所，并且在此长期致力于中观的传授，由此，涌现出了赞塘巴·杰哇白等众多弟子，从而弘扬了中观论。
因明学和辩经之学风则兴于桑浦寺。1073年，阿底峡尊者的三大弟子之一，噶当派的高僧俄·勒贝喜饶译师在拉萨以南、聂塘以东的地方（今堆龙德庆县境内）创建了桑浦乃托寺，后简称桑浦寺。桑浦寺建成之后，俄·勒贝喜饶就经常在热振寺与桑浦寺之间进行沟通交流，弘扬阿底峡的教法体系。他翻译和修订过多种关于因明的书籍，在桑浦寺聚众约五百人，讲授《要诀四法》、《道次六颂》等教法，尤其重视因明与辩论。
俄·勒贝喜饶去世后，他的侄子兼弟子，著名的译师俄·罗丹喜饶（1059——1109年）继任桑浦寺住持。他以桑浦寺为中心，在拉萨、桑耶、聂谷那、聂岗土、藏绛喀等地讲经说法，广收弟子，主要传授因明学、慈氏五论和中观等佛教显宗经论。据说他的学僧弟子逐渐增加到了23000多人，其中能宣讲佛法的有2130多人，能阐释经论的有1800多人，可以阐释《量决定论》的有280多人，能讲授《量庄严论》等经典的有55人。在这些人当中，著名的向蔡邦·却吉喇嘛、尚卓垅巴·洛追迥乃、穷·仁钦扎、则·喜饶贝是他的四大心传弟子，他们在俄·罗丹喜饶去世之后，继续弘扬桑浦寺的因明学和辩经学传承。
在向蔡邦·却吉喇嘛主持桑浦寺的期间，学习的人数以猛烈之势继续增长，寺院也得到了扩建。当时，以俄·罗丹喜饶的灵塔为中心，东边是恰巴·曲吉桑格在讲授因明学，南边是嘉强日瓦在讲授般若，而西边是仁钦次臣在讲授《现观庄严论》，北边则是云丹喜饶在讲授律藏。
恰巴·曲吉桑格（1109——1169年）在主持桑浦寺的期间，把因明学的经籍划分出专题，又根据学僧的佛学水平把他们分为五个班级，还创立了辩经的学习制度，让学僧们每天轮流立宗辩难、反复问答。当时的桑浦寺以弘扬因明学及佛经辩论而著称于整个藏传佛教界，掀起了西藏各大寺院学习因明学的高潮，来这里学习的藏区佛教各派学僧非常多。
桑浦寺在般若、中观等方面也有先导作用，它在显宗方面对西藏各派都发生过一定影响。《智者喜宴》对此称颂说：“吉祥的桑浦寺如同雪山，成为西藏文化的源头。”