如前所述，莱布尼茨不仅要确立个体的本体论地位，阐明个体何以能成为独立自主的实体，而且要使个体处于和谐的关系之中，阐明宇宙中的个体何以既能独立自主又能彼此和谐有序。现在的问题是，既然构成个体的单子是独立的、封闭的、自主变化的，那么单子之间以及由单子构成的复合物即个体之间怎样才能和谐地存在和变化？为了解决这个问题，莱布尼茨立足于单子的独立自主，并以此为前提对以前的物质论进行了批判改造，建立了他特有的物质论，进而研究了由单子构成的个体内部以及由单子构成的个体之间何以能和谐有序地变化，阐明了他的形而上学的另一条基本原理，即宇宙普遍和谐的原理。
一、原初物质与次级物质
关于原初物质与次级物质的学说是莱布尼茨物质论的主要内容。这个学说是适应论证他的形而上学原理的需要、批判改造以前物质论提出的。
“物质”（或译为“质料”）作为一个哲学概念是由亚里士多德第一次引入哲学的，但哲学物质观可以追溯到西方哲学的始祖泰勒斯。从他那里开始，物质论便与世界的本体问题结下了不解之缘，成为哲学本体论的基本领域之一。在传统西方哲学史上，不管哲学家对物质持何种态度，他们都不能回避这个问题，都必须表明对它的见解。在莱布尼茨以前，哲学家们对物质就像对实体一样有种种不同的看法，可以说有多少哲学家就有多少种观点。不过，从物质与宇宙及其中个体事物的关系的角度看，归纳起来大致有3种主要的物质理论：物质元素论，物质基质论和物质物体论。其中前两种物质论主要是古代哲学家所提出和主张的，后一种物质论则是近代哲学家以近代物理学特别是力学为基础提出的。
物质元素论是一种最古老的哲学理论，其基本观点在于：物质是构成万物的元素或本原，万物由这种物质元素生成，最后又复归于这种元素。但是在对这种元素是什么的问题上，主张这种观点的哲学家看法并不一致。有的认为是水，有的认为是气，有的认为是火，这些是物质元素一元论的观点；还有的人认为是异质的“四根”、种子或同质的原子，这些是物质元素多元论的观点。无论是把元素看作是一元的还是多元的，看作是同质的还是异质的，主张物质元素论的哲学家的共同特点是把构成世界的元素等同于物质，并认为它们是构成万物（包括人的灵魂）的唯一东西。这种彻底的物质统一论，避免了物质与精神、形体与灵魂的对立，但它面临着难题：无法令人信服地说明万物之间特别是物质与精神之间质的差异，无法说明元素何以能生化万物，无法说明物质运动及能动性的根源。对于这种理论，莱布尼茨首先不同意把物质作为构成世界的始基或本原的观点。在他看来，有量的规定性的物质的东西，无论多么小，都是可分的，因而物质不可能是构成世界的最后单位或元素，只有他的那种没有量的规定性的形而上学的点即单子才是世界万物的本原，才是真正的实体。在宇宙万物的构成上，莱布尼茨也持一种元素论的观点，只不过他的元素不是物质元素，而是灵魂元素。这样，物质元素论的物质统一论就被改造成灵魂或单子统一论。这种改造避免了物质元素论的难题。单子没有量的差异，但有质的差异，物质元素论的万物之间质的差异的难题就得到了解决。形体也是由单子构成的，物质元素论的物质与精神之间质的差异问题就被排除。单子的本性在于力，在于能动性，物质元素论面临的物体运动的根源问题也就解决了。
与物质元素论不同，物质基质论不是把物质看作是构成宇宙万物的唯一要素，而是把它看作是构成万物的原始的、没有任何确定性的东西。这种观点可以追溯到米利都学派的阿那克西曼德，后来在柏拉图那里得到发展，而亚里士多德所主张的宇宙万物都是由形式和质料构成的观点是其典型代表。在亚里士多德那里，质料或物质有两种形式。一是作为与形式一起构成个体事物的基质的质料，这种质料在宇宙从低到高的个体事物系列中一般并不是完全无规定性的，而只是相对于它所构成的某一事物而言才是无规定性的。二是作为万物最初基质的“纯质料”。只有这种纯质料才是本身毫无规定的东西，才是一种真正彻底的“无规定者”。在他看来，物质不仅是无规定性的，而且是消极的、被动的、被决定的。它虽然是事物存在不可缺少的基质，但不是某物之所以为该物的本质，因而不是实体。亚里士多德的这种观点为中世纪后期经院哲学家所继承，成为当时占主导地位的物质观。
相对于物质元素论而言，物质基质论由于在被动的物质的本原之外肯定一种能动的形式的本原，因而能说明万物之间质的差异及物质与精神之间质的差异，也能说明万物能动性及生灭变化的根源。但是这种理论本质上是一种质料和形式、物质和精神的二元论，它不仅无法说明质料与形式的关系，而且无法说明质料本身的来源。对于物质基质论，莱布尼茨也进行了批判改造。他在与把物质看作是由单子构成的形体或次级物质不同的意义上，也把物质看作是基质，他称之为原初物质。但与物质基质论不同，他不认为这种基质是宇宙本来就有的，或我们可以设想它应该存在，设想它原本是与形式或灵魂相对立的东西，而认为这种原初物质本身就存在于作为宇宙元素的单子中，它就是单子中的被动性。在他看来，单子有能动性，这就是形式，单子也有被动性，这就是物质或原初物质。莱布尼茨对物质基质论的改造有助于克服这种理论的难题。既然物质或质料是单子本身的一种被动性，而这种被动性也就是单子的不完善性，它就既不是一种独立于形式的东西，也不能说是一种构成实体的要素。这种被动性与能动性不可分，可以说是能动性的被动性。因此，在莱布尼茨这里也就不存在物质和形式的二元对立问题。原初物质是单子的一种被动性，有单子就有这种性质，这样也就不存在物质的最初来源问题。
物质物体论在近代早期的主要代表是笛卡尔和霍布斯，其主要特点是把物质看作是宇宙中的各种个体事物或物体，并认为物体的广延性是物质的根本属性。这种把物质等同于物体的理论，避免了物质基质论所导致的同一个体事物内部形式与质料的关系问题，而且像物质元素论一样使自然界统一于物质。但是，它又以一种新的形式导致了物质元素论的问题。它把物质的根本属性看作是广延性，这样就无法说明万物之间质的差异，无法说明物质运动的根源。这种理论在一定意义上是物质元素论的变形，它实际上是把物质元素论特别是种子论的物质元素个体化，用物体取代了物质元素。一般说来，把物体看作是物质，这是莱布尼茨所同意的，但他与物质物体论者之间存在着三个方面的不同。首先，在他那里，物体与形体大体上是同义的，说物体是物质，对于他来说，等于说个体事物的形体是物质，而且他把这种物质看作是不同于原初物质的次级物质。其次，他不同意把作为次级物质的形体看作是实体。他说：“实际上，物质的确存在，但是它不是实体，因为它是实体的堆集或组合。”对于他来说，单纯的简单实体堆集是次级物质，而只有当简单实体的堆集具有内在统一性时这种堆集 才构成个体实体。如果是这样的个体实体，那它的本性就不在于广延性，而在于能动性，在于力。第三，他不像笛卡尔及霍布斯那样认为物质是纯粹被动的、惰性的，相反在他看来，次级物质虽然相对于灵魂而言是被动的，但它本身是由简单实体构成的，具有能动性。他说：“物质的每个部分都可以设想成一座充满植物的花园，一个充满着鱼的池塘。可是植物的每个枝桠，动物的每个肢体，它们的每一滴体液，也是一个这样的花园或这样的池塘。……因此宇宙中没有任何荒芜的、不毛的、死的东西，根本没有混乱，而只是看起来如此。”通过这样的改造，莱布尼茨就克服了物质物体论无法说明物体运动的根源，而不得不求助第一推动力的难题，而且也没有必要像笛卡尔那样在物体之外再设想一个精神实体，因为在莱布尼茨这里，精神不过是一类个体实体即人的一种内在的根本规定性或统一性。
综上所述，莱布尼茨对以前物质论的改造集中在两个方面：一是把以前物质论看作是构成个体事物的基质的物质，改造成单子中的一种被动性，并称之为原初物质；二是把以前物质论看作是个体实体的物体改造成一种由单子构成的堆集，并称之为次级物质。这种改造是根本性的，通过这种改造，莱布尼茨建立起了他独特的物质理论。这种物质理论对于莱布尼茨的形而上学具有重要的意义，这里我们有必要对它作进一步的阐述和说明。
要说明莱布尼茨关于原初物质与次级物质的物质理论，必须从他对笛卡尔关于物质运动的理论的批评改造谈起。其中最重要的是，他在笛卡尔的理论中引入了力的概念。这个概念的引入，使莱布尼茨的物质理论，并因而使他的整个形而上学完全不同于笛卡尔。所以罗素说，“力学的学说与莱布尼茨哲学的每一部分都有密切的联系———与偶然真理的概念，与作为其所有谓词的源泉的实体概念，与独立的原因系列的复多性，与所有实体的物理本性，与整个能动性、自由和决定理论等都有密切的联系。它是莱布尼茨哲学的中心点，而且他自己也以为如此。”前面已谈到，笛卡尔把物质看作是有广延的物体，物体与空间的广延是相同的，物质或广延中的所有变化最终都可归结为运动。他不仅把运动看作是位置的移动，而且认为世界中的运动的量是守恒的。在他看来，整个物质世界在被创造的那一时刻就接受了一个固定的运动量。这样，运动就是一种确定的东西，而不只是相对于静止而言的。运动不与运动相对立，而只与静止相对立。在莱布尼茨看来，运动只是位置的变化，它并不是属于运动物体的确定性质，而是完全相对于静止而言的。如果两个物体的相对位置改变，我们可以把其中一个看作是运动的，而把另一个看作是静止的。一般说来，静止只不过是无限小的运动，世界上没有什么东西是绝对静止的。因此，物体也就不是完全从绝对静止开始运动，而是从某一运动状态开始运动，无论这种运动的量多么小。现实的运动并不是附加给那种赤裸裸的质量的某种东西，而总是已经存在的运动的逐渐增长或增量。现实运动总是以潜在运动或一种倾向于呈现为现实运动的力为先决条件。在他看来，笛卡尔把现实运动看作是位置的变化是正确的，但忽视了潜在的运动，因而错误地把宇宙中现实的明显运动的总量或任何独立系统的运动总量看作是守恒的。笛卡尔认为每一物体倾向于继续保持现状是正确的，但以为一个物体可以处于绝对静止状态，因而提出一个运动不与另一运动对立而只与静止对立，则是错误的。
莱布尼茨认为，事实上每一事物都倾向于运动，而且如果没有遇到其他事物运动的抵抗倾向，就会运动。这样，被保存的不是现实运动，而是运动的这种内在的倾向或潜在性，莱布尼茨称之为力。由于位置的变化并不能使我们把运动归属于其位置变化的两个物体中的某一个，那么我们称作运动的物体的那个物体之所以如此不是由于它的运动（就其位置变化的意义而言），而是因为在它本身包含了变化的原因，即力或产生运动的能动性。这样，这种守恒的力就不仅是现实的实在性，而且是一种潜在的实在性。它不纯粹是一种运动的能力，纯粹被动的可动性，它也不是现实的明显的运动或一般的能动性。它是这两者之间的某种东西，是一种未得到发展或受限制的活动倾向，在合适的环境下，它才是活动的产生者。他说：“能动的力包含一定的能动性，而且是活动的能力与活动本身之间的中项。它包括努力，并因而不需要帮助而只需要凭自身克服障碍就可以过渡到活动。”这种力要通过它所产生的努力的量来测量。笛卡尔正确地把努力的量看作是要被测量的东西，但他把这种努力设想得太狭窄，把它只看作是现实的运动，而不是力所做的功。莱布尼茨认为，这种努力所产生的动能，就是物体所获得的“活力”（vis viva），他称之为“活动动力”（action motrice）。这种活动动力的公式不是mv，而是mv2。在他看来，这种其量是守恒的运动的力或活力不仅包括运动的量，也包括运动的方向，因为它的尺度是高度，或者说相对于地球表面的位置。笛卡尔的运动量（mv）是纯粹被看作在给定时间内活动着的给定的力的努力，而莱布尼茨的活力（mv2）是被看作通过一个给定距离的活动着的给定的力的努力。笛卡尔不考虑方向，因为他不考虑力的活动所通过的距离。