海水富营养化是赤潮发生的物质基础和首要条件。水文气象和海水理化因子的变化是赤潮发生的重要原因。海水养殖的自身污染亦是诱发赤潮的因素之一。
赤潮对海洋生态平衡的破坏。海洋是一种生物与环境、生物与生物之间相互依存、相互制约的复杂生态系统，系统中的物质循环、能量流动都是处于相对稳定、动态平衡的。当赤潮发生时这种平衡遭到干扰和破坏。在植物性赤潮发生初期，由于植物的光合作用，水体会出现高叶绿素a、高溶解氧、高化学耗氧量。这种环境因素的改变，致使一些海洋生物不能正常生长、发育、繁殖，导致一些生物逃避甚至死亡。破坏了原有的生态平衡。
有些赤潮生物分泌赤潮毒素，当鱼、贝类处于有毒赤潮区域内，摄食这些有毒生物，虽不能被毒死，但生物毒素可在体内积累，其含量大大超过食用时人体可接受的水平。这些鱼虾、贝类如果不慎被人食用，就引起人体中毒，严重时可导致死亡。
预防赤潮的措施有：建立完善的赤潮监控体系，及时发现，采取防范措施；控制污染，减缓或扭转海域富营养化。
治理赤潮的措施：喷洒化学药品直接杀死赤潮生物或喷洒絮凝剂，使生物粘在一起，沉降到海底；通过机械设备把含赤潮海水吸到船上进行过滤，把赤潮生物分离；用围栏把赤潮发生区域隔离起来，避免扩散。
海洋污染
海洋污染通常是指人类改变了海洋原来的状态，使海洋生态系统遭到破坏。
有害物质进入海洋环境而造成的污染。可损害生物资源，危害人类健康，妨碍捕鱼和人类在海上的其他活动，损坏海水质量和环境质量等。
海洋污染物依其来源、性质和毒性，可分为以下几类：①石油及其产品（见海洋石油污染）。②金属和酸、碱。包括铬、锰、铁、铜、锌，银、镉、锑、汞、铅等金属，磷、砷等非金属，以及酸和碱等。它们直接危害海洋生物的生存和影响其利用价值。③农药。主要由河流带人海洋。对海洋生物有危害。④放射性物质。主要来自核爆炸、核工业或核舰艇的排污。⑤有机废液和生活污水。由河流带入海洋。极严重的可形成赤潮。⑥热污染和固体废物。主要包括工业冷却水和工程残土、垃圾及疏浚泥等。前者入海后能提高局部海区的水温，使溶解氧的含量降低，影响生物的新陈代谢，甚至使生物群落发生改变；后者可破坏海滨环境和海洋生物的栖息环境。
防止海洋污染的措施主要有：海洋开发与环境保护协调发展，立足于对污染源的治理；对海洋环境深入开展科学研究；健全环境保护法制，加强监测监视和管理；建立海上消除污染的组织；宣传教育；加强国际合作。共同保护海洋环境。
海洋污染的特点是，污染源多、持续性强，扩散范围广，难以控制。海洋污染造成的海水浑浊严重影响海洋植物（浮游植物和海藻）的光合作用，从而影响海域的生产力，对鱼类也有危害。重金属和有毒有机化合物等有毒物质在海域中累积，并通过海洋生物的富集作用，对海洋动物和以此为食的其他动物造成毒害。石油污染在海洋表面形成面积广大的油膜，阻止空气中的氧气向海水中溶解，同时石油的分解也消耗水中的溶解氧，造成海水缺氧，对海洋生物产生危害，并祸及海鸟和人类。由于好氧有机物污染引起的赤潮（海水富营养化的结果），造成海水缺氧，导致海洋生物死亡。海洋污染还会破坏海滨旅游资源。因此，海洋污染已经引起国际社会越来越多的重视。
海洋垃圾是任何在海洋或海岸带内长期存在的人造物体或被丢弃、处置或遗弃的处理过的固体材料。海洋垃圾的产生有多重原因，有来自陆地的，也有来自海上的。在一些特定的海上活动中，如捕鱼、货运、娱乐活动和客运等，将产生相当数量的海洋垃圾。其中，基于海上活动来源的诸如被抛弃的渔网、电线、绳索和塑料袋将可能存在于海底、海水中和漂浮在海面上。这些垃圾也可随洋流或海风输送到其他地方，所以也可在海滩上、海岸边看到这些垃圾。
海洋垃圾可通过缠绕和摄取的方式使人类和其他生命体受伤或死亡。动物因偶然吃进看起来像食物的塑料袋，而可能导致它们饥饿或营养不良。遗弃的渔网可继续捕捉大量的动物，带来的后果是导致被捕捉动物的死亡。船只也能受到漂浮物的损害，从而导致相当可观的修理费用。因此，现在人们认识到海洋垃圾是主要的海洋污染物之一，它将损害海洋和沿岸地区的生态、经济和文化价值。
海洋保护区
面对海洋环境的严重污染，海洋资源过度地开发利用，导致海洋环境及其资源的严重破坏，近30年来，不少沿海国家和地区相继建立起为数众多的各种类型的海洋保护区。
这些保护区根据保护对象的不同，大致可区分为：海洋生态系统保护区、濒危珍稀物种保护区、自然历史遗迹保护区、特殊自然景观保护区以及海洋环境保护区等等。通过海洋保护区能完整地保存自然环境和自然资源的本来面貌；能保护、恢复、发展、引种、繁殖生物资源，能保存生物物种的多样性，能消除和减少人为的不利影响，因此保护区的兴起，为人类保护海洋环境及其资源，开辟了新的途径。
美国1975年开始建立海洋保护区，目前已相继在夏威夷群岛、加利福利亚沿海和佛罗里达群岛周围建立了保护区，总面积约8万平方千米。在保护区内严禁开采石油、天然气和沙石，禁止倾倒废物，船只仅允许在某些指定水道航行，有效地保护了这些海域的环境和资源。美国打算在太平洋中心一处狭长地带建设世界上最大的海洋保护区。这个占地约50万平方千米的地带，将禁止一切采矿和商业捕捞活动。
菲律宾政府为制止渔民采用炸鱼等非法手段捕捞鱼类资源和滥采珊瑚礁资源，于1984年在阿波岛附近海域建立了海洋保护区。几年后，这些资源逐步得到恢复，目前渔业捕捞量已增长了3倍，70％遭到严重破坏的珊瑚礁已得到了有效保护。
目前世界上最大的海洋生态系统保护区要算位于澳大利亚东北部近海的大堡礁保护区。大堡礁是世界上最大的珊瑚礁群，它由2900多个独立礁石和900多个岛屿组成，珊瑚礁南北绵延达2300多千米，东西宽窄不一，最宽处可达150多千米，最狭处仅2千米，总面积约28万平方千米，比英国本土的面积还大。
海洋保护
海洋保护指海洋环境保护，包括海洋资源保护和海洋生态系统保护。
海洋生物环境是一个包括海水、海水中溶解物和悬浮物、海底沉积物及海洋生物在内的复杂系统。海洋中丰富的生物资源、矿产资源、化学资源和动力资源等是人类不可缺少的资源宝库，与人类的生存和发展关系极为密切。如今的海洋再也承受不了日益加重的污染负担，人类不能等到海洋的蓝色消失后，再来控制污染整治海洋。
目前海洋保护的主要目标是保护海洋生物资源，使之不致衰竭，以供人类永续利用。特别要优先保护那些有价值和濒临灭绝危险的海洋生物。据联合国有关部门调查，由于过度捕捞、偶然性的捕杀非目标允许捕杀的海洋生物、海岸滩涂的工程建设、红树林的砍伐、普遍的海洋环境污染，至少使世界上25个最有价值的渔场资源消耗殆尽，鲸，海龟、海牛等许多海生动物面临灭亡的危险。预计随着海洋开发规模的扩大，有可能对海洋生物资源造成更大的破坏。
海洋保护的任务首先要制止对海洋生物资源的过度利用，其次要保护好海洋生物栖息地或生境，特别是它们洄游、产卵、觅食、躲避敌害的海岸，滩涂、河口、珊瑚礁，要防止重金属，农药、石油、有机物和易产生富营养化的营养物质等污染海洋。保持海洋生物资源的再生能力和海水的自然净化能力，维护海洋生态平衡，保证人类对海洋的持续开发和利用。
污染海洋，就是危害人类自已！
保护海洋，就是保护人类自己！