孙思邈的现存代表作《备急千金要方》、《千金翼方》，合称为《千金方》，被誉为是我国现存最早的临床实用医学百科全书。《备急千金要方》成书于唐永徽三年（652），该书取材极为丰富，有很高的实用和参考价值。公元681年撰成《千金翼方》。“翼”，乃辅翼之意，即补充《要方》而写成的。写成该书的第二年（即公元682年）就逝世了。这是他晚年医学成就的结晶。
《备急千金要方》共30卷，分232门，含方论5300首。《千金翼方》共30卷，含方论2900余首。孙思邈这两部巨著，问世至今千百年来一直受到历代医家的推崇。早在唐代，王焘初入仕途约在开元八年（720），七月任华原（耀县）县尉，并充京畿按察使判官时，可能最早看到孙思邈的著作。王焘虽出身于官宦家庭，一生沉浮仕途，非专业于医，但“幼多疾病，长好医术，遭逢有道，遂蹑享衢……久知弘文馆图籍方书等，繇是观奥深堂，皆探其秘要”。又据《中国历代名医图传》道：“性至孝，因母有疾，侍奉汤药，毅然立志攻医。”王焘是最早研究孙思邈著作者之一，其着《外台秘要》其方剂多采《千金方》。经宋代林亿等的研究和校正后国家正式出版印行两方。郭思把《千金方》中宝贵而重要、实用而简便的医方精选编纂成《千金宝要》。陈自明撷取有关妇女病的重要医论和医方撰成我国最早的妇产科专着《妇人大全良方》。钱乙对两方十分推崇，在孙氏儿科理论和方药基础上撰成我国第一部儿科专着《小儿药证直诀》。陈直《养老奉亲书》汲取了两方精华“养性”卷，成为老年医学的专著。还有许多医家如王怀隐、朱宏、许叔微、庞安时等无不研究汲取营养。元代不仅刊本《重刻孙真人千金方》，又于元大德十一年由梅溪书院刊印《千金翼方》30卷，医家危亦林编《千金方养生书》一卷。明代不仅多次翻刻两方，就连《千金宝要》至少有六次木刻、石刻。泰昌元年（1621）四川梓州张学懋的《千金宝要补》等著作相继问世，李时珍《本草纲目》等附孙氏《千金方》大量方剂与药物。清代曾至少有八次翻刻印行《千金方》，仅康熙年间曾三次翻刻。张璐对其下工夫研究，着《千金方衍义》30卷。邹汉璜编纂《千金方摘抄》，徐灵胎、陈修园、魏之琇等医家无不对其研究。
孙思邈倡导的针对性疗法，对后世影响深远，直接影响着我国中医药学文化遗产。
孙思邈《千金方》传到朝鲜、日本等国，日本多纪元坚等为《备急千金要方》写的序中道：“晋复以降，医籍浩繁，其存而传于今者，亦复何限？求其何以扶翊长沙，绳尺百世者，盖莫若孙思邈《千金方》者焉。”日本幸岛宗意《倭版书籍考》（1702）卷五“医书之部”的《千金方》载：“据说，医书之舶来于日本，以《千金方》最早。卷首为医学诸论，是后世医门的规范等……”日汉裔丹波康赖编成的日本奠基著作《医心方》（984）30卷，其中直接、间接引用孙思邈《千金方》条文达1273条，共480余处。宫下三郎教授说：“关于《千金方》最早记载，在目前可信的记录中，只有897年早已逝世的藤原佐世《日本国见在书目录》了。他在医方家下第166部书中载有：‘千金方三十一，孙思邈撰。千金方抄一。’可见当时已经有抄本《千金方》了。”在日本流传的很多医药著作，差不多都离不开孙思邈的《千金方》等有关著作，甚至没有《千金方》，就读不到日本的《医心方》等著作。正如宫下三郎说：“对日本影响最大的是唐代孙思邈的著作。汉代张仲景的《伤寒论》在江户时代后半期一个世纪中，虽然也获得高度评价，但若与孙思邈《备急千金要方》的影响相比较，可以说是昌盛一时，就其影响的深远来讲，没有超过孙思邈的著作。”
我国宋代医书局官定本《备急千金要方》现存藏于日本米泽上杉文库，它一直被日本政府视为“国宝”。我国1953年人民卫生出版社和台湾中国医药研究所均据嘉永本影印的版本，通行世界。1974年根据嘉永版，日本每日新闻开发公司，使用土佐制宣纸精工复制，计530套，每套售价1200美元，很快销售一空。《千金方》发行会理事长小山宽二道：“被誉为东方医学圣典的孙思邈《千金要方》其珍贵的北宋本，作为世界一项惟一的文化遗产之一”保存至今，“这确是历史的奇迹”。