孵化率的高低，除了与雌、雄泥鳅成熟度有关之外，还与水质、水温、溶氧、水深、光照等因素有关。
（1）水质。孵化用水尤其是用孵化缸、孵化环道进行孵化的水要求清洁、透明度高，不含泥沙、无污染，不可有敌害进入，pH值7左右，溶氧高。河水、水库水、井水、澄清过滤后的鱼塘水及曝气后的自来水、地下水等均可作为孵化用水。
（2）水温。最适孵化水温为25℃～28℃，过低过高均会影响孵化率及成活率，会增加畸形率和死亡率。为避免胚胎因水温波动引起死亡，孵化用水温度差不宜超过±3℃。如是井水和地下水等，应预先贮放在池中，曝气增氧，并使水温和孵化用水接近。
（3）光照。因泥鳅属底栖鱼类，喜在阴暗遮蔽环境生活，所以孵化环境应有遮阳设施，这也可避免阳光直射而引起的畸变和死亡。
（4）溶氧。在胚胎发育过程中，受精卵对溶氧变化较为敏感。尤其在出膜前期，对溶氧要求更高。生产实践证明，采用预先充气增氧后进行浅水、微流水的孵化效果比深水、静水要好。但在增氧流水时应避免鱼巢上受精卵脱落堆集粘上泥沙而影响孵化率。所以黏着孵化时要求水深20～25厘米，尽量少挪动鱼巢，以免受精卵大量脱落。为充分利用脱落的受精卵，提高孵化率，可采用纱框承卵方法，承接脱落受精卵后进行纱框飘浮孵化。为保证孵化时受精卵对水中溶氧的需求，孵化密度不能太高。如有流水则可提高孵化密度。
（5）控制水量。在正常孵化过程中，水流的控制一般采用“慢—快—慢”的方式。在孵化缸中，卵刚入缸时水流只需能调节到将受精卵翻动到水面中央，大约20分钟能使全部水体更换一次。孵化环道中则以可见到卵冲至水面为准，即流速控制在0.1米/秒，大约每30分钟可使水体更换一次。胚胎出膜前后，必须加大水流量，孵化缸要增加到每15分钟使全部水体更换一次；孵化环道水流速提高到0.2米/秒，大约每20分钟可使水体作一次交换。当全部孵出后，水流应适当减缓，并及时清除水中卵膜。当泥鳅苗能平游时水流应再减小，以免幼弱的鳅苗耗力过大。
（6）清洗除污。在孵化缸、孵化环道中应经常洗刷滤网，清除污物。出膜阶段及时清除过滤网上的卵膜和污物。
（7）及时取出鱼巢。泥鳅苗孵出后往往先躲在鱼巢中，游动不活跃，之后渐渐游离鱼巢。这时可把鱼巢荡涤出鱼苗，取出鱼巢，洗净卵膜，除去丝须太少的部分，重新消毒扎把，以作再用。