继万俟卨之后，又有御史中丞何铸与殿中侍御史罗汝楫也上疏弹劾岳飞。岳飞知道自己与秦桧和他的亲党很难相容，一再奏请朝廷辞去枢密副使的职位，然而高宗一再不准。最后，高宗了解岳飞去意已决，到了八月初九，才同意他的请求，但高宗仍然授予他武胜定国军节度使的官职，追加少保一职。
虽然岳飞辞去了枢密院的官职，高宗也确实很眷念他，但岳飞更知道跟秦桧和他的亲党们很难容他。因此，他每夜都是辗转反侧，无法入睡。
这时已经到了深秋，岳飞追忆往事，十分感慨。张所、宗泽、李纲、张浚、赵鼎，这些知遇过他的长官，虽然有时难免在思想、看法上有所不同，但他们都是君子，忠于朝廷，一心一意恢复中原，消灭敌人，最后却又都遭到相同的命运，这真是天妒英才！岳飞一时百感交集，就提笔写下《小重山》这首词：
昨夜寒蛩不住鸣。惊回千里梦，已三更。起来独自绕阶行。人悄悄，帘外月胧明。
白首为功名。旧山松竹老，阻归程。欲将心事付瑶琴。知音少，弦断有谁听？
忠义冤逝大理寺
岳飞被削去了兵权，并且辞去了枢密院副使的职位，秦桧本来应该感觉很高兴才是，但是他见高宗对岳飞仍旧是恩宠有加，又赐给他房屋，担心时间一长，岳飞再度被起用，岂不是功亏一篑了？于是秦桧找来张浚商议，怎么才能将岳飞置之死地。
张浚自信地说：“这事情很好办，请太师放心！”于是他派人秘密引诱岳飞的部将，只要能出头状告岳飞的，就给以重赏。但是岳飞深得军心，竟没有一个人理睬他。后得知王贵曾在颖昌之战害怕受到岳云的责罚，而且他的帐下一个士兵偷东西被岳飞撞见，将王贵打了一百杖。他们就派心腹想挑拨王贵与岳飞之间的关系。王贵却觉得岳飞赏罚分明，而且深得人心。但是王贵的一个可致人死罪的机密不幸被张浚知道。张浚就以这个作为要挟，王贵十分害怕，只有服从了。张浚要王贵诬陷岳飞谋叛，王贵跟随岳飞戎马生涯，对岳飞也是敬爱有加，不想污蔑他，就替他找了另一个人——张宪的前军副统制王俊。
张浚派人找到王俊，王俊很痛快地就答应了。张浚又拟了一份文状，叫亲信悄悄给了王俊，让他向都统制王贵告发岳飞。这么一来，就是岳飞的手下自主揭发岳飞的罪状，牵涉出岳飞父子，高宗也不会怀疑了。
王俊本来就对张宪不满，现在有这么好的机会，当然是迫不及待地拿着文状到王贵的地方告发。文状中主要是说，岳飞曾派人秘密向张宪求救。张宪于是和王俊商议，打算把军马移往襄阳，迫使朝廷起用岳飞前去控制，这样就救了岳飞。如果朝廷不肯让岳飞去，张宪就在襄阳拥兵自重。朝廷如果要攻打，他就与金人联系，让金人出兵相助。
九月初七，王贵接到王俊的诬状，虽然知道状中说的没有一个是事实，但为了自保，不得不把文状秘密转交给枢密行府。
九月初八，张浚收捕了张宪，让张宪把岳飞供出来。张宪坚决不承认有过这种事。
张浚就用严刑酷法对张宪逼供，张宪曾经昏死过去好几次，但是还是坚定地咬牙否认。
张浚得不到张宪的口供，而且张宪被打得体无完肤，奄奄一息。没有张宪的口供，怎能抓捕岳飞父子呢？他想了半天，最终还是把心一横，替张宪拟了一份供招，代他画了押，就说张宪已经招供认罪。
十月初，张宪被送到临安大理寺拘押起来。
十月十三，秦桧奏请朝廷召回岳飞父子，拿张宪谋叛的事对质。
高宗本来没有答应。秦桧退出大殿后，却撒谎说高宗已经同意这件事了。
后来，有人把秦桧要陷害岳飞的事告诉了他，提醒岳飞来见高宗的时候要带上辩书。岳飞十分愤怒地说：“如果苍天有眼，绝不会陷忠良于不义；如果遇到不幸的话，还逃避什么呢！”
第二天，秦桧让手下带了一大队禁兵，联合临安知府俞侠围困岳飞的临安居所，进去告诉岳飞说：“皇上有旨要召见你，请你入宫听旨。”
岳飞看了大笑说道：“我的忠心，日月可鉴！”说完就大踏步走了出去。岳亨见这个情景，绝不是进宫听旨的状况，急忙紧紧跟着岳飞。原来自从岳飞解除了兵权之后，岳亨也辞去官职，后又随岳飞到了临安。岳飞劝他另找出路，他却说：“大哥您一生忠君爱国，出生入死，尚且这样，我当官又有什么乐趣呢？”
到了大理寺，岳亨被拦在外边，不能进去，又打听不到消息，只能回府报告。祸从天降，李氏夫人不禁泣不成声，府中的老小也是哭成一片。
岳飞的次女银瓶，年才十三，却十分镇定，写了血书，从墙上取下宝剑，刚要出门，被岳亨看到，于是二人决定一起出府门，为岳飞申冤。刚一出门，就为禁兵阻住，二人与禁兵交战。
岳亨保护着银瓶一路冲杀，最终还是寡不敌众，岳亨被乱刀砍杀，银瓶也投井而死。
岳飞被人带到了大理寺，才知道岳云已经先被逮到。
御史中丞何铸上个月也曾经弹劾过岳飞，本来他以为岳飞有罪。经提审后才发现岳飞并没有造反的意思，而且背上刺有“尽忠报国”四个大字，才知道是受张浚的愚弄，就将实情禀报了上去。秦桧知道何铸已经不能为自己所用了，立刻免去了他的御史中丞一职，改由万俟卨继任，指派周三畏与大理丞李若朴、何彦猷去审岳飞。
万俟卨为出鄂州抚司那口恶气，首先提审岳飞。万俟卨只匆匆问了两句，便挥手带下，严刑拷打张宪和岳云，要他们供出岳飞谋叛朝廷的罪状，但都徒劳无功。
秦桧天天催他们赶快将岳飞的供状拿出来，早日审判，以免夜长梦多。临安城内现在已经是呼声四起，都说岳飞冤枉。韩世忠当面斥责秦桧，要他说出岳飞被捕的实情，秦桧以“莫须有”的理由想搪塞过去。
韩世忠愤怒地说道：“好一个莫须有！莫须有这三字，怎么能让天下心服口服！”
秦桧他们见很多人都为岳飞鸣冤，就抓捕两个代表，把他们严刑拷打，扔进大狱。尽管如此，还是难以堵住人们的嘴。秦桧十分烦恼，如果取不到岳飞谋叛的口供，一旦高宗查问起来，该怎么回答呢？
万俟卨更是焦急，用尽心机，终难入岳飞于罪。忽然有人提醒说：“淮西之战，他奉旨逗留，这难道不是一项大不赦的罪名吗？”
万俟卨如梦初醒，马上让人去岳飞的宅院搜出当时的诰命，私藏起来，销毁证据，又逼迫岳飞原来的部下孙革、于鹏等人证实岳飞确实曾经逗留过。只是书信中往来的日期都很明确，没办法对上。秦桧就让亲信把这些日期弄乱，并企图拿这些质问岳飞，录取口供。
绍兴十年与金兀术的淮西之战，高宗曾经发了十五封手信，催促岳飞出兵援助。而岳飞在接到高宗手信之前，先后于元月中旬与二月初四连上三章，请朝廷同意让他出兵蕲黄，绕到敌人背后两面夹攻。岳飞既然曾经主动上疏请求出兵救援，怎么还会有逗留的事情呢？万俟卨不管那些，因为在信上做了手脚，就什么也不怕，只是一口咬定岳飞当时漠视皇命，故意逗留。
岳飞嗤笑说：“你们这些纯属一派胡言，都不值得我去辩驳。”
万俟卨拍案而起，愤怒地说：“岳飞，你不要逞一时的口快，这里可不是你鄂州的宣抚司，我也不是当年的提点刑狱。”
岳飞说道：“不是又怎么样？”
万俟卨也厉声说道：“我要你从实招来！”
岳飞明白就算他怎么辩驳都无济于事，只能受到小人的侮辱，于是说道：“好吧，拿纸笔来。”
书吏赶忙拿来纸墨笔砚。岳飞奋笔疾书，在上面写下“天日昭昭！天日昭昭！”八个大字，写完之后就闭着眼不说话了。
秦桧见了岳飞所写的八个字，却笑道：“只此八字就够了。”万俟卨也撰了岳飞的自白书，并作成状文，送给秦桧。
当众人在审后定罪之时，李若朴、何彦猷都说岳飞罪不至死，但由于是万俟卨主审，他一意孤行，在状文中写下了一个“斩”字。
秦桧看了万俟卨送来的刑部大理寺判决状文，摇着头叹了口气说：“这恐怕瞒不过皇上。”正在犯愁的时候，忽接到金兀术秘密派人送来的蜡书，上面说：如果想议和的话，就杀了岳飞作为条件。原来，金兀术已经知道了岳飞被捕下狱的事。
秦桧得到这个蜡书，心里有了底，就把岳飞在淮西之战故意逗留的“状书”呈给高宗，高宗不信，后秦桧说金人要以杀了岳飞作为和议的条件。
高宗生气地说：“不和议就算了，我不会下令杀岳飞的！”
秦桧道：“太后的年纪已经很大了，不知道是不是希望自己能过上安定的日子呢？”高宗听了之后沉默不语。
秦桧见高宗动了心，又抢着说：“如果金人的和议没有达成，再把先帝送到汴都复位，又该怎么办呢？”
高宗叹了口气，说道：“岳飞是无辜的，朕不忍心。”
秦桧又上前一步，说：“陛下，小不忍则乱大谋。陛下难道忍心眼睁睁把自己的江山拱手让给别人吗？”
高宗皱着眉头，想了半天，才缓缓说道：“你先把刑部大理寺的状书留下，容朕想想。”
高宗看着岳飞和岳云还有张宪等人的判决状文，百感交集，实在是不知道该怎么办才好了。其实他心里也清楚，这些人明明都是冤枉的，可是……突然，他脑海中闪现了秦桧刚才所说的“小不忍则乱大谋”的话，于是高宗果断地做了决定，他提起笔来写道：“特赐岳飞死罪。张宪、岳云依照军法当斩，将杨沂中监斩……”
于是，绍兴十一年十二月二十九日的除夕，大理寺按照高宗的旨意执行，岳飞享年才39岁，岳云也不过23岁，张宪比岳云稍微大一点而已。
岳飞已经冤死，秦桧令人抄他的家，他的手下在岳飞家搜索了半天，就光找到了高宗所赐金玉犀带数条，还有高宗赐给他的一些物品，查抄其他的大将如张浚、杨沂中等人的时候，都能抄到豪宅和无数家产，珍贵的宝物更是数不胜数，唯独岳飞没有什么资产。高宗好几次要为岳飞在临安建几个住宅，但是岳飞却说：“金人未减，何以家为？”
岳飞的死，实在是千古奇冤。岳飞去世21年后，绍兴三十二年，宋孝宗即位，准备北伐，就下诏为岳飞平反，追谥武穆，改葬在西湖栖霞岭，就是现在的杭州西湖畔“宋岳鄂王墓”。
抗金英雄岳飞虽然被秦桧诬陷杀害了，但他的精忠报国的精神是不可磨灭的。他坚持崇高的民族气节，大义凛然，忠心可鉴。岳飞不愧是我国历史上一位杰出的民族英雄！