动物检疫是防止动物疫病流行、传播的重要措施之一，是贯彻“预防为主”方针的重要内容。动物检疫处理则是检疫工作中的一个最为重要的环节，只有依据法律法规的规定，对检疫结果进行处理，才能最终达到检疫工作的目的。动物从养殖到屠宰加工成为人们的肉、蛋、奶消费品（或用于其他用途，如观赏动物、演艺动物、伴侣动物等），其间要经过运输、屠宰、销售、贮藏等多个环节。在对每个环节进行动物检疫或检疫监督时，都要进行相应的检疫处理。检疫是处理的前提，处理则是检疫的目的所在。由于动物及其产品在流通过程中所处的环境不同，故其检疫处理的方式和要求也是不一样的。
一、检疫处理的概念及目的
检疫处理就是指对动物及动物产品实施检疫后，根据检疫结果和有关法律、法规及规章等的规定必须采取的一系列处理措施。其目的一是使检疫合格的动物及产品能够合法地进入后续流通环节，畜主（货主）凭检疫合格证明或标识合法经营；二是对检出的染疫动物及动物产品予以控制、销毁或无害化处理，以消灭病原，控制动物疫病的流行，保障养殖业生产安全和人们的身体健康。
二、动物及其产品检疫处理的法律依据
动物检疫处理的法律依据主要有《动物防疫法》、《畜禽病害肉尸及其产品无害化处理规程》（GB16548-1996）、农业部《病死及死因不明动物处置办法（试行）》、《畜禽产品消毒规范》（GB/T 16569-1996）、《动物检疫管理办法》以及《猪瘟检疫技术规范》、《猪高热病处置技术规范》、《高致病性禽流感处置技术规范》等等。
《动物防疫法》规定，在产地检疫、运输检疫、屠宰检疫、市场销售等流通环节中发现国家规定的一、二、三类动物疫病时，应当按疫情类别分别采取以下措施：
1.发生一类动物疫病时，当地县级以上地方人民政府兽医主管部门应当立即派人到现场划定疫点、疫区、受威胁区，调查疫源，并根据疫区范围涉及的行政区域的不同，及时报请本级人民政府或有关行政区域共同（或个自所属）的上一级人民政府对疫区实行封锁。与此同时要及时将疫情逐级上报至农业部。县级以上地方人民政府应立即组织有关部门和单位采取封锁、隔离、扑杀、销毁、消毒、无害化处理、紧急免疫接种等强制性措施，迅速扑灭疫病，并通报毗邻地区。在封锁期间，禁止染疫、疑似染疫和易感染的动物、动物产品流出疫区，禁止非疫区的易感动物进入疫区，并根据扑灭动物疫病的需要对出入疫区的人员、运输工具及有关物品采取消毒和其他限制性措施，防止疫源外流扩散，同时也防止新的疫源传入，使疫情复杂化。
2.发生二类动物疫病时，当地县级以上地方人民政府兽医主管部门应当划定疫点、疫区、受威胁区。县级以上地方人民政府应当根据需要组织有关部门和单位采取隔离、扑杀、销毁、消毒、无害化处理、紧急免疫接种、限制易感染的动物、动物产品及有关物品出入等控制、扑灭措施。
3.发生三类动物疫病时，县级、乡级人民政府应当按照国务院兽医主管部门的规定，组织防治和净化。
4.二类、三类动物疫病呈暴发性流行时，按一类动物疫病发生时处理。
5.发生人畜共患疫病时，卫生主管部门应当组织对疫区易感染的人群进行监测，并采取相应的预防、控制措施。
三、动物及其产品检疫处理的类型
1.对经检疫合格的动物及产品出具规定的检疫证明、加盖验讫印章、佩戴检疫合格标识，使其做为合法进入流通环节的法律凭据。
2.经检疫不合格的动物及其产品，要按照疫病种类和法律法规规定的处理措施，采取隔离、封锁、扑杀、销毁（包括化制、焚烧、深埋）、消毒、急宰、禁宰、无害化处理（包括高温、腌制、产酸等）等措施，严防病原扩散。
3.对疑似染疫的动物进行隔离观察；疑似染疫的动物产品予以封存留验。
4.对于病死的动物，应根据死前情况及尸体特征决定是否对其进行剖检，疑为死于炭疽或某些烈性传染病的，不得解剖尸体，应在耳尖部采血进行细菌学检查。可以解剖的，应进行详细的解剖检查，结合死前情况做出诊断；需要进行试验室诊断的，应注意采集和保存病料。疑为规定的传染病者，应及时向有关部门报告，并采取相应的防控措施。
四、检疫不合格动物及产品的处理方法
（一）销毁
是为了彻底消灭病原微生物而采取的一种强制性措施，主要对象为患有危害较为严重的疫病的动物及其产品和有可能受到病原污染的相关物品。可采取将需要销毁的动物及其产品和相关物品直接投入焚尸炉内焚毁；也可采取在土坑内放置木柴再浇上汽油等燃料，将上述需要销毁的物品集中置于木柴上焚烧至炭化状（此法可用于烈性疫病的销毁处理）；或者在要销毁的物品之上撒上足量的生石灰（如果销毁的物品量较少时，也可泼洒消毒药液）之后再掩埋。挖坑地址应选择远离居民区、河流、水源地、牧场、道路1公里之外的高燥之处，深度2米以上；坑内焚烧时要注意将肉尸完全焚烧至炭化状；处理完后要由当地动物卫生监督机构设立动物卫生检疫处理标志，禁止在销毁地段上挖砂、取土或施工。
（二）无害化处理
是指用化学的、物理的或其他方法消除染疫动物、动物产品及运载工具、垫料、污水、污物及其它有关物品中的病原体，而动物产品及其他物品在处理后还可以利用的处理方法。无害化处理的方法有盐腌、冷冻、产酸、高温、化制和消毒等。盐腌、冷冻、产酸处理一般适用于大型屠宰加工企业。对于绝大多数中小型定点屠宰场（厂、点）来说，最为方便、有效的方法是高温、化制和消毒。
1.高温处理 有普通烧煮和高压蒸煮两种方法。普通烧煮处理法是将病害动物肉尸切成重不超过2kg、厚不超过8cm的块，在普通锅内煮沸2～2.5hs（从水沸腾时算起，水面高于肉块1cm以上，以防止烧煮过程中肉块变硬后浮出水面或水蒸发后肉块暴露于水面之上）。高压蒸煮法是将病害动物的肉尸切成大小同上的肉块，置于密闭的高压锅或高压蒸煮灭菌器内，加水淹没全部肉块（水面和肉块不能高于容器内部高度的3/4，以防肉块和水膨胀堵塞排气孔），在112kPa压力下蒸煮1.5～2hs（自限压阀自动排气时计时）。
2.化制处理 有湿法化制和干法化制两种方法。湿法化制就是用专门的湿化机或高压锅熬制工业用油；干法化制就是用干化设备（如夹层真空锅）在高温高压条件下使染疫动物产品中的油脂析出，同时达到杀灭病原体的目的。但上述方法一般都需要专门的设备，只适用于大型肉类联合加工企业，一般屠宰场可采用土灶炼制法代替，即将需要化制的动物产品切成适当大小的肉块，置于普通锅内，加入适量的水，加热熬制一定时间即可。
3.消毒处理 为了杀灭染疫动物产品（如皮毛、骨角、血液等）以及有关场地、用具、工具等可能带有的病原体而采取的一种处理方法，包括物理消毒法（如湿热法、紫外线法）、化学消毒法（使用各种化学消毒药剂）和生物消毒法（如发酵处理）等。
对于诸如恶性肿瘤、尿毒症、脓毒血症等疾病的动物尸体或动物产品，以及某些有严重病变的组织器官也应视情况进行无害化处理或予以销毁。
五、检疫处理时应注意的事项
1.检疫处理必须要依据法律法规的规定进行，不是可有可无，也不能随意处置。
2.检疫处理必须建立在检疫的基础上。对被检动物及其产品要按照规定的检疫程序、内容和方法进行认真检疫，在综合判断的前提下做出检疫处理决定并采取相应处理措施。不经检疫或虽经检疫但马虎了事就进行检疫处理都是不负责任的行为，可能使染疫动物漏检、错判，造成疫病流行或危及人体健康；也可能把非染疫动物或产品当作染疫动物或产品进行检疫处理，使经营者蒙受不必要的经济损失。所以检疫处理必须要以检疫为基础，慎重进行。
3.染疫动物或动物产品因病原种类、病变范围以及对人、畜危害性之不同，其检疫处理的方式、方法也会有所不同，检疫处理时应根据具体情况灵活掌握。如二、三类动物疫病中有许多寄生虫病，其检疫处理措施就与同类传染病有所不同；猪瘟、口蹄疫同为一类疫病，但由于猪瘟以温和型、非典型性者为多，故发现后采取的措施也没有口蹄疫来得严厉；又如宰后检疫时发现的个别病变脏器，按规定可以进行无害化处理，但由于数量极少，无害化处理反而不便，也可作废弃或销毁处理。
4.进行检疫处理时，应注意个体局部组织器官与整体的关系。如有的病变虽为局部性的，但有可能伴有全身性反应（如肺坏疽病变仅限于肺，但病变组织腐败分解产生的毒素有可能引起毒血症）；有的局部性病变可能会伴有普通病原菌的感染，肉品外观基本正常，但有可能引起人们的食肉中毒（如牛的创伤性网胃心包炎时的沙门氏菌感染）等等，所以在进行检疫处理时要全面考虑。
5.在运输、市场和贮藏等环节的动物卫生监督过程中，对于新鲜肉品、脏器等易腐败变质产品，如需要留验，在夏季高温时应注意肉品成熟、产酸、腐败过程对产品质量的影响，防止肉品腐败变质。如为动物，则应注意隔离观察期间饥饿、缺水等应激因素可能对动物造成的不利影响。
6.在检疫监督过程中，如果由于观察滞留使货主的检疫证明过了有效期的，应当重新为承运人或货主出具相应的检疫、消毒证明。