柑橘入库后，除留好的排气孔、观察孔外，门与门框之间的门缝用胶带纸或胶皮密封。入库一周后输入脱硫的沼气。柑橘对贮藏环境气体改变很敏感，输入沼气的数量，以能抑制柑橘果实的呼吸强度为限。在柑橘入库贮藏前期，输气量可少些。当气温增高时，柑橘呼吸作用加强，可适当加大沼气输入量。受各地温度、湿度不同的影响，输入沼气量和输入沼气间隔时间应视具体情况而定。一般每立方米库容每天通沼气量为10～30升，10天以后，通沼气量逐渐加大到140升，使贮室内的氧气含量在17％左右（可用测氧仪测得）。此时，贮藏室内沼气浓度适中，烂果率低。
在贮藏的前2个月内，每隔10天换气翻果1次。翻动时。检查贮藏状态，挑出腐烂和有伤的果品。以后每隔半月换气翻果1次，以免贮果因长期缺氧“闷死”。低温季节宜在中午换气，高温季节宜在夜间换气。定期用2％的石灰水对贮藏室进行消毒。