沼液浸种能够产生较好的效果，可能有以下几个方面原因：（1）沼液中营养物质丰富。沼气发酵液中含有大量腐殖酸、各种维生素、氨基酸和多种植物激素等，这些生物活性物质易于被种子吸收，能有效地激活种子胚乳中的酶原，增强酶的活性，从而进一步激活种子胚，促进发芽和刺激生长，对提高秧苗素质起着十分重要的作用。有实验结果表明，沼液浸种能促进幼苗体内的糖代谢，增加可溶性总糖的含量，大大提高叶绿素含量，促进植株的光合作用，提高淀粉酶活力和硝酸还原酶活性，增强同化利用氮素的能力。沼气发酵液中的微量元素分布合理、种类齐全，并能与其活性物质相互协调，为种子的生长代谢提供必要的基础。所以经沼气发酵液浸泡的种子，成秧率高、秧苗素质好。
（2）沼液具有抑菌和杀菌作用。沼液是沼气发酵后的产物，厌氧过程本身就能杀灭各种病原菌和虫卵。因此，沼液不带病菌和虫卵，而且沼气发酵微生物代谢产生了一些生物活性物质，使沼液具有抑菌和杀菌的作用。另外，沼液中的铵离子等物质也具有杀死有害病菌或抑制有害菌的能力。正是由于减少了病菌的危害，所以提高了种子的发芽率、成苗率和秧苗的质量。
（3）沼液浸种的温度效应。水稻种子的萌发和新陈代谢在10℃～13℃的条件下最为适宜，在2～4月份，正常沼气池中的沼液温度通常适合这一要求。因此，沼液浸种提供了种子萌发和新陈代谢的环境温度基础。