1881年，自称为救世主的伊斯兰教领导者鼓励苏丹阿拉伯诸族叛变。驻苏丹的埃及军队惨遭侵害，首都也面临威胁。在此紧急情况下，当局不得不派遣已引退的前任总督贝克前去救出守备队。1884年3月，贝克害大导进人巴鲁多，成功的镇压了叛军。但是在1885年初，他已经无法再支持下去，1月26日，伊斯兰教徒冲进首都屠杀戈登和许多埃及人、半年间埃及成为伊斯兰的统治领域，后来领导者却突然暴毙，引起全国大乱。
在尼罗河上游的亚米和他手下的埃及。苏丹士兵们，再加上两个欧洲人威尔罕·容克和佳尼·卡加地，和外界完全隔离。他们渐渐撤回亚伯特湖北方的一处相对安全的地方。后来容克在公元1886年经过乌干达王国，出现在开罗，传达了同伴的苦境，当时人们几乎已完全忘了他们的存在。英国的人民非常担心他们的处境，为了把救援物资送给西米，让他们重见文明世界，英国决定派遣一支远征队援救他们。全国为了这支远征队兴起了募捐的热潮，并成立基金会，亨利·史坦利受任为此次远征队的指挥。
史坦利决定从刚果河口出发，穿过中央热带雨到达亚伯特湖，然后经水路前去救援亚米等人。他共率领10个欧洲人、697名雇工和商人提普手下97名分遣队出发。提普此时正走在刚果河上游附近地域，他也答应提供600名雇工，协助史坦利把物资运送到亚米之处。
1887年6月15日，他们到达最后的航行点。在这里史坦利把大半部属及物资交给副官，并将他们留在当地等候提普答应提供的雇工到来，再赶上史坦利。史坦利在6月28日带了4个欧洲人和384个雇工出现，他们预定行程约有880公里，而且都是些未知荒地。
地理环境十分艰险，不亚于亚马逊河流域的森林在这里，交错的树叶遮住了阳光，有时会接连下几天的雨致使温气很重。史坦利等人费力的砍断长春藤及更生的杂草前进。随时得提防小黑人射发毒箭，或是将涂满了毒药的箭埋伏在道路边。他们逐渐进入了一片根本找不到食物的荒地。
越过这片森林共花了5个月的时间。在最后70天，他们失去了180人。不久即走到一个没有被抢劫过的村落，一行人在此停留了13天，大吃大喝。出发后的第12天，到达一片阳光充足的平原，这片绿色的草原和鲜蓝透明般的天空，带给人一股再生的勇气。虽然所有的人都饥肠辘辘，但他们仍在阳光下唱歌跳舞，好不愉快。好景不长，他们很快便遭到袭击，而且一路战到亚伯特湖。169天后，也就是1887年12月13日，他们终于到达目的地。
史坦利把分解搬运过来的船留在森林中，他们现在必须把船寻回，同时也需调查分队的情况。史坦利虽然重新寻回了那艘船，自己却患了急性胃炎，躺在吊床上，被运回亚伯特湖。有关分遣队则仍无半点音讯。
经过数日，亚米来到史坦利面前。他显得健康活泼神采奕奕，看上去似乎不缺乏任何东西。在这多年的孤立生活中，亚米学会了种植农作物及搭盖住屋。他甚至自己兴盖了一所小型的纱厂和造船厂。鸟类和动物的收集品不断增加，他更利用闲暇研究了民族学和鸟的季节性移动。据说他们共贮存了价值6万英镑（约144000美金）的象牙。亚米过着极豪华的生活，他的手下都娶了当地的女人，他们不但不用请求救援，甚至于想长期居住在那片世外桃源。
但是他们需要补给品及弹药。史坦利向他说明不可能把这些东西运过去。而且，伊斯兰的军队正溯行于尼罗河上。亚米是考虑了3个星期，最后很不情愿的带领着随从，家属及财产，跟着史坦利从维多利亚湖经坦噶尼喀湖回到海岸。
史坦利必须先找寻等待守的后援队。他们花了两个多月的时间再度穿越那片可怕的森林，途中又损失了许多人。1888年8月17日，终于碰到了后援队的生还者，方知后援队遭到了可怕的灾祸。致使湿气很重整个大队仅存60名雇工和1名欧洲人。史坦利的副官和一些士兵都已死亡，提普并没遵守诺言送来600雇工，为此还找了一大堆借口洗刷自己的罪责。在一年多的期间里，分队面临死亡和逃亡等灾难，人数渐渐减少。
史坦利在短短14天的时间里集合了500名人员，带着他们所有的装备出发，第三次横越那片森林。1889年4月10日，他便率领了1500名男女儿童所组成的大队，预计走过公里可达海岸。同年12月10日，他们终于到达目的地。
途中，史坦利发现了他一生中最后两个地理上的大发现。从亚伯特湖南岸出发，队伍走到森基利河的谷底，发现这河是从西南方110公里无名之湖流出。史坦利把这湖以英国威尔斯王子之名，命名为爱德华湖。在这湖的东侧，当云雾消失后，一座海拔约有5100米的白色巨型山峰即展现出来。
这个山峰过去曾记载在地图上，是古代希腊人和罗马人称为尼罗河水源的“月之山脉”罗温乍里山。贝克夫妻、亚米、杰酉和史坦利在以前都曾到达此山附近，但却都没有发现这座山脉。罗温乍里山在1906年完成测量工作，做成地图。
虽然古希腊及罗马人对尼罗河水源的观念还算正确，此山流下的雪水流人爱德华湖，再从爱德华湖经亚伯特湖流人白尼罗河。但是尼罗河的真正水源是在此罗温乍里山再往南处。在那里，卡基拉河是从西方流人维多利亚湖。但水量增加时，卡基拉河河水经维多利亚湖可到达维多利亚尼罗河。
史坦利完成重大发现后，即和亚米一行人一起经过了长途苦闷而艰辛的旅程，往海岸走去。据史坦利表示，“每天早晨起床时，使发现100个人不停的悲叹，病人们则绝望的饮泣着，每天都看到这种哭泣绝望的凄音场面，令人心酸”，史坦利几乎完全灰心了。
此时，非洲已经开始了殖民地的时代。在巴克莫约德国司会官邀请史坦利和亚米及其随从们参加一场宴会，会上，亚米不小心从阳台上掉下住进了医院。后来亚米恢复健康，又回到非洲。他在德属东非（现坦桑尼亚）政府获得职位，但是不久即在史坦利瀑布遇害身亡。
史坦利在1890年到达伦敦后即放弃美国国籍，改为英国籍。民众们纷纷赞赏他的伟业，欧洲贵族王侯们更捎来许多祝福。他以49岁之龄便和非洲断绝了关系。此刻他专心准备结婚。翌年，婚礼在伦敦西敏寺盛大举行。他的新娘姐兰·多罗西的父亲是位下议院议员。她是位富有才气的女性。史坦利自己后来也被选为下议院议员，在沙利买了一小片田园，1899年，被封为骑士，1904即与世长辞。
1800年代末期，在东部和中央非州的工地上，当未被发现的地方已无几，在地图上，前人们所留下的少数空白也渐渐被填满。但在现在肯亚的最西北方，也就是汤姆逊走过到维多利亚湖北方的半沙漠地带，全是岩石和灌木、火山所构成的艰险无水地域。只有带了骆驼的游牧民索马利族和马列诸族散居其上。据说在这里，还有一个未知的东非最大湖存在。这个湖全长约300公里，比亚伯特湖更大。
这个湖后来被两位匈牙利贵族泰利契伯爵和路多威利·凡·海内鲁发现。1887年1月23日，他们两人从桑吉巴出发，通过了溢满危险性的马塞族土地，沿着以前汤姆逊所走过的途径前进。夜晚为了防止住民来袭，便施放狼烟。他们在武装的战士部族之间前进，在迫不得已情况下才开枪应战。这些匈牙利人是最先登上越过肯亚山雪线的人，他们登上了4680米的高峰。
在继续前行的途中，他们又经过一座山脉，取名作马修兹山。1888年3月4日，泰利契伯爵和他的伙伴终于发现了那个神秘之湖。此时，所有的辛劳都有了回报。他们以奥地利人公爵鲁道夫之名命名此湖。虽然食物严重缺乏，但他们仍从湖东侧继续前进。后又发现另一小湖，以鲁道夫妻子之名命名为斯特法尼湖。他们在1888年10月24日回到海岸。
湖的正确位置终于被确定，并留下记录。但对非洲的草类、树木、动物、鸟类和金属、山脉等，仍留有许多疑问等待后人发掘，这些工作最后由地理学者、博物学者、科学家和测量技师等完成。1883年，德国探险家斐加首先记录了贯通东非、中非的大山谷。10年后，地理学者约翰·华特·葛雷高利更作了科学性的研究和记录。在肯亚山顶，他记录了许多湖、冰河和峡谷等，并给予取名。
大型兽的狩猎家们也是非洲探险的功臣之一。猎象人“卡拉莫加”贝鲁是最先探险肯尼亚、乌干达的欧洲人。在1800年代末期，对于非洲的探险活动终于告一段落，紧接着上场的是殖民者、行政官及测量技师们。