不少庄稼得病是微生物侵害的缘故。倘若能在真菌、放线菌、细菌等微生物中，找到只引起杂草得病的种类，让他们去对付杂草，那该有多好啊！
这就是以菌除草。在这方面，我国已有成功的实例。
大豆田里的恶性杂草菟丝子，是有名的“吸血鬼”。它们自己不能进行光合作用，专门靠寄生在豆类植株上过日子，而且扩展蔓延的速度极快。据观察，每个生长点一昼夜能生长10厘米左右。它的丝状茎有强烈的再生能力，折断了的茎段，只要存在着一个生长点，就能“东山再起”，发育成一株新的菟丝子。菟丝子危害的结果，可使大豆减产10%—20%；严重危害时，甚至会使成片大豆颗粒不收。
1963年，山东省农业科研部门的技术人员，在大豆菟丝子上发现了一种危害，这是由一种无毛炭疽病菌引起的。“冤家路窄”，这种真菌不危害大豆和其他植物，却专找菟丝子的麻烦。技术人员将这种真菌分离出来并进行培养之后，再把它们喷到健康的菟丝子上，使之迅速得病、死亡。一般采用这种真菌进行防治的效果可达85%以上。于是，人们就把这种真菌制剂命名为“鲁保一号”。
“鲁保一号”真菌的真丝，会穿透菟丝子的表皮，吸取其体内营养。它的真丝不仅生长迅速，还会分泌大量的毒素，破坏菟丝细胞，使之枯萎死亡。
以菌治草在国外也不乏其例。墨西哥的一种牧场菊科杂草，一度曾在夏威夷泛滥成灾，它侵入并占领了牧场的土地，使牛无草可吃。为此，美国于1974年从牙买加引进一种小白尾孢属的真菌，让它们出面扑灭杂草，结果第二年就获得了成功。现在这种真菌已开始工业化生产，供除草之用。在美国南部地区的稻田中，常有一种豆科杂草危害。科学家在本国的阿肯色地区发现一种炭疽菌，加以培养，用于防治这种杂草，效果比有的化学除草剂还好，除草效果达90%以上。这就使当地因这种杂草所造成的损失，由每年550万美元下降280万美元。1981年美国已对这种“活农药”进行商品化生产。
现已查明，微生物除草在很大程度上是病菌所产生的杀草物质在起作用，其中有已知的抗生素，如氯霉素，有些则是未知的一些物质。那么，能否利用病菌来生产除草药品呢？
1976年，日本葵洗等从一种链霉素的分泌物中，筛选出两种除草物质——杀草素A和杀草素B，它们都是选择性除草剂，用于防除稻田里的杂草，效果较为理想。
新近的研究表明，化学除草剂的除草性能，与其分子化学结构中的某些化学基因有关，而在微生物的代谢产物中，也有类似的物质或相同的化学基因。倘若能弄清楚微生物产生的灭草物质的化学结构，采用化学合成法或半合成法，就有可能仿制出新型的除草剂。