新《企业所得税法》第六章的内容是“特别纳税调整”，该章共八条。
特别纳税调整是相对于一般纳税调整而言的。企业的财务会计核算，依据的是会计准则，所计算出来的所得额（利润），可能与根据所得税法所计算的所得额不一致，因此所进行的利润调整，属于一般纳税调整。
特别纳税调整规定的目标，旨在反避税。企业出于避税的目的，在成本费用核算上进行了处理，这种处理的目的是为了减少利润或者转移利润。一般情况下企业不会无谓地将利润转移给与自己毫无关系的企业，而是转移给与自己有着各种形式密切关系的企业（关联企业），从而实现关联企业整体利润最大化的目标。特别纳税调整规定就是通过种种反避税条款，调整关联企业的所得额，保障政府税收收入。当然，特别纳税调整还可以促进企业之间的公平竞争，从而有助于公正的市场经济秩序的形成。
与《企业所得税暂行条例》、《外商投资企业和外国企业所得税法》相比，新企业所得税法的内容更加详细，吸收了国内外反避税的经验，在强调独立交易原则的基础上，引进了预约定价安排制度、受控外国企业规则、反资本弱化规定等，税务征管因此更具有可操作性。
第一节关联企业的业务往来
（一）新法规定与解读
第四十一条企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。企业与其关联方共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务发生的成本，在计算应纳税所得额时应当按照独立交易原则进行分摊。
本条规定涉及的重要术语主要有关联方和独立交易原则。
关联方包括关联企业、关联组织和关联个人，即一切与企业有着密切关系的经济主体。关联企业是指有下列关系之一的公司、企业、其他经济组织：在资金、经营、购销等方面，存在直接或者间接的拥有或者控制关系；直接或间接地同为第三方所拥有或者控制；其他在利益上相关联的关系。
“拥有或控制”是判断企业之间是否构成关联企业关系的重要因素。各国对“拥有或控制”的具体规定有一定的差异，但基本原则差别不大。
《国家税务总局关于修订〈关联企业间业务往来税务管理规程〉的通知》（国税发[2004]143号）规定：企业与另一公司、企业和其他经济组织（以下统称另一企业）有下列之一关系的，即构成关联企业：1. 相互间直接或间接持有其中一方的股份总和达到25%或以上的；2. 直接或间接同为第三者所拥有或控制股份达到25%或以上的；3. 企业与另一企业之间借贷资金占企业自有资金50%或以上，或企业借贷资金总额的10%或以上是由另一企业担保的；4. 企业的董事或经理等高级管理人员一半以上或有一名以上（含一名）常务董事是由另一企业所委派的；5. 企业的生产经营活动必须由另一企业提供的特许权利（包括工业产权、专业技术等）才能正常进行的；6. 企业生产经营购进的原材料、零部件等（包括价格及交易条件等）是由另一企业所供应并控制的；7. 企业生产的产品或商品的销售（包括价格及交易条件等）是由另一企业所控制的；
8. 对企业生产经营、交易具有实际控制、或在利益上具有相关联的其他关系，包括家族、亲属关系等。
独立交易原则（arm’s-length standard）亦称公平独立原则、公平交易原则、正常交易原则等，是指完全独立的无关联关系的企业或个人，依据市场条件下所采用的计价标准或价格来处理其相互之间的收入和费用分配的原则。独立交易原则已被多数国家或地区所接受，成为税务当局处理关联企业间收入和费用分配的指导原则。
新企业所得税法对企业和关联方之间容易按照非独立交易原则进行操作的无形资产开发受让以及劳务提供接受等作了规定。
关联企业应该参照独立企业进行核算。例如，无形资产受让的价格（用于计算税收的价格），应该与企业将无形资产售给非关联企业一致。
现实中，税务机关可能参照市场，选择可比非受控价格法、可比利润法、利润分割法等方法，来调整关联企业之间的交易价格。
可比非受控价格法以非关联企业间同样或类似交易的价格为标准，来判定价格是否受控。可比利润法以非关联企业同样或类似交易的利润为参照，来判定利润是否受到操纵。利润分割法以成本费用等为基础，在关联企业之间进行利润分摊。
关联企业经常用到的避税方法是转让定价。各国税法一般都有反转让定价条款。按照通常的理解，税法有规定的，违反了就算逃税，为何又有通过转让定价避税一说？原因是，在市场经济条件下，企业有商品和服务的自主定价权。税务当局如果认为价格不符合税法要求，可以对价格进行合理调整，而企业自主定价的权利与此无关，不能以此说明企业在逃税。
所谓转让定价，是指关联企业之间为了实现关联企业的整体利益最大化，所采取的区别于正常交易价格的定价办法，来决定企业之间内部交易的价格、报酬的收取或费用的分摊。转让定价通常是由不同的关联企业所面临的税收负担有差别所引起的。不同国家税率的差异，会导致关联企业将利润留在低税率国。在同一国家，正在享受税收优惠待遇的企业可能比没有得到税收优惠待遇的企业分配到更多的利润。
（二）旧法规定
《中华人民共和国企业所得税暂行条例》
第十条纳税人与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用。不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税所得额的，税务机关有权进行合理调整。
《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》第十三条外商投资企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用。不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的所得额的，税务机关有权进行合理调整。
（三）新旧法条对比
1. 新企业所得税法扩大了独立交易原则的适用范围，将旧税法中仅限定于关联企业之间因业务往来而收取或者支付价款、费用的情况，扩大到关联企业之间的一切业务往来。
2. 新企业所得税将原税法中税务机关有权进行“合理调整”的表述修改为有权按照“合理方法”调整，这是对税务机关所适用的调整方法进行的概括性规定，强调调整的合理性来自于方法的合理性。
3. 新企业所得税法增加了一款内容，明确规定了企业与关联方在无形资产及劳务方面发生的成本应按照独立交易的原则进行分摊，增强了税法对无形资产及劳务关联交易避税的调整力度。
第二节预约定价安排
（一）新法规定
第四十二条企业可以向税务机关提出与其关联方之间业务往来的定价原则和计算方法，税务机关与企业协商、确认后，达成预约定价安排。
（二）旧法规定
该条为新企业所得税法新增的内容，原税法中没有相关规定。
（三）新法解读
本规定涉及的重要术语是预约定价安排。预约定价安排是纳税人与其关联方在关联交易发生之前，向税务机关提出申请，主管税务机关和纳税人之间通过事先制定一系列合理的标准（包括关联交易所适用的转让定价原则和计算方法等），来解决和确定未来一个固定时期内关联交易的定价及相应的税收问题，是国际通行的一种转让定价调整方法。
预约定价安排，给企业和投资者一个确定性的预期，避免了涉税风险。国际间的预约定价安排还可以有效避免对企业和投资者的双重征税。
国际间的预约定价安排根据所涉及的国家数量不同，可以分为双边和多边预约定价。双边或多边预约定价需要经过两国或多国税务主管当局相互磋商程序并取得共识，可有效避免单边预约定价无法彻底消除的国际重复征税问题。1987年，日本率先采用预约定价税制，其后发展迅速，美国、加拿大、新西兰、澳大利亚、墨西哥、韩国、巴西、英国、法国、荷兰、德国等国均已引入。1995年经济合作与发展组织转让定价报告的公布更是加速了预约定价税制的推广。2005年9月9日，中国首例双边预约定价安排税企双方签字仪式在深圳市地方税务局举行。受国家税务总局委托，深圳市地方税务局与东芝复印机（深圳）有限公司正式签署了该安排。该例双边预约定价得到中日两国税务主管当局的批准。
从企业和投资者的角度来看，新企业所得税法的上述规定，可以增强企业和投资者的纳税确定性预期。旧的内外资企业所得税制都规定，关联企业之间的业务往来，不按照独立企业业务往来进行会计核算的，税务机关有权进行合理调整。“税务机关有权进行合理调整”给企业和投资者带来某种程度的不确定性预期，构成企业和投资者的税务风险。新企业所得税法引入了预约定价安排，将企业和投资者的税务风险降低到最少。
国家税务总局2004年发布的《关联企业间业务往来预约定价实施规定（试行）》中对企业同主管税务机关就关联企业之间达成预约定价安排的程序和规则作出了明确规定，将其分为六个阶段：1. 预备会谈；
2. 正式申请；
3. 审核与评估；
4. 磋商；
5. 签订安排；
6. 执行监控。
第三节关联业务往来报告与核定征收
（一）新法规定与解读
第四十三条企业向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表时，应当就其与关联方之间的业务往来，附送年度关联业务往来报告表。
税务机关在进行关联业务调查时，企业及其关联方，以及与关联业务调查有关的其他企业，应当按照规定提供相关资料。
第四十四条企业不提供与其关联方之间业务往来资料，或者提供虚假、不完整资料，未能真实反映其关联业务往来情况的，税务机关有权依法核定其应纳税所得额。
第四十三条规定了企业具有配合税务机关进行税收征收管理的义务。企业与关联方之间的业务往来，是否符合独立交易原则，税务机关需要大量的基础资料。能够准确提供并且能以最小的成本提供这些基础资料的无疑是企业，因此，许多国家的相关法律都规定企业的此项义务。年度关联业务往来报告表系统反映企业与关联方的业务往来情况，有助于税务机关了解企业的经营活动。
当然，企业提供基础资料只是税务机关征管信息来源的一个重要渠道。主管税务机关之间的密切合作，相互提供征管信息，也是税收征管信息来源的一条途径。在涉及跨国关联企业的业务往来情况调查时，往往还要通过国际税收情报交换，来获得更多的信息。
本条款除了企业提供年度关联业务未来报告表的常规性要求之外，还要求企业在税务机关进行调查时，配合提供相关资料。对企业来说，提供相关资料既是义务，也可能在充分提供相关资料的同时，保护企业的利益。