关于传染病，在2000多年前的《内经》一书中已有论述，如：“五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似。”公元7世纪初，《诸病源候论》一书更以时行、戾气、伤寒论述了三种不同类型的传染病，除了指出其相互传染之共性外，并强调预服药以防之。这可以说是我国传染病学史上的一个重要阶段，可惜该书是一部专论疾病病因病理的著作，对其具体的预防方法却略而未载。此后，我国医学家对传染病多局限于伤寒学说之研究，很少强调预防方法，更谈不到如何改进了。到明末，温病学说兴起，但到清代又步入传统的理论制约之下，并不追求病原体之研究。在传统原理基础上发展的传染病学说有所革新创造者，当以明末著名医学家吴又可之贡献最大。
吴又可，名有性，江苏吴县人。我国公元1408～1643年间，共爆发大瘟疫达19次之多，杀伤人命不计其数。在吴氏生活的年代里，传染病流行也很猖獗，据吴又可自己记载1641年的传染病流行就使江苏、河北、浙江、山东等地的群众死者无数。面对这样的灾难，吴又可十分悲愤，他尖锐指出：大批因疫而死者并非死于病，而是死于医，是因为广大医学家对传染病缺乏研究造成的，这一认识是很有道理的。基于这一认识，吴又可专心致力于瘟疫（传染病）之研究，他总结自己治疗传染病之经验，记述个人学习前人理论之心得，并结合平时对传染病病因病理之推究体会，以及对人类传染病和禽、兽传染病异同点的观察所得，编写了一部专著——《瘟疫论》（1642），共2卷。这是我国传染病史上的一颗明星。综观《瘟疫论》，可知吴氏著书完全不同于一般医学家之引经据典，或文献综述，或所谓千古文章一大抄之套式。吴氏之著，对传染病提出了许多新见解，甚至有着改革和创新，他的一些理论认识或者说是传染病学说的一个里程碑。以下我们举几个方面的例子加以说明。
关于传染病的途径：我国以治疗伤寒传染病而著称的医圣张仲景，由于时代的局限，他在公元3世纪时，认为急性热病伤寒之病因和传染病变之途径，是因伤于寒（脾胃……）而发展的，这一认识，来自对疾病发展过程和不同时期的不同证候特征的观察研究而得出的，这种理论一直为我国伤寒学派的医学家所推崇，直到现代。温病学派是不满足伤寒理论而兴起的，在理论上倡导病因和发病途径，是由上焦（心肺）中焦（脾胃）下焦（肝肾）而发展的，认为病因是温邪。认真讲起来其病因和传染途径与伤寒理论并没有根本之不同，只是在治疗方法上大大丰富了。按学派讲，吴又可或者可以归之为温病学派，但在有关传染病病因、传染途径等理论方面，他的学说可以说是独树一帜，而且是最富有科学性的创见。他认为传染病的病因“非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气，即戾气”。在这里他大胆地否定了医圣伤于寒的传统理论，赞赏戾气学说，他虽借用戾气之名，却给戾气以全新的概念。他认为戾气“无象可见，况无声无臭，何能得睹得闻”，那么这种戾气既不能视见，也不能嗅见，不是太玄了吗？不是，吴氏强调：气即是物，物即是气；物者气之化也，气者物之变也。他确切肯定这种戾气是物质，只是我们尚不能看得见闻得着罢了。他的病因学说已经将病原体形容得非常具体了，只是由于显微镜尚未发明未能得到证明。关于传染途径，他所指出的传染病传染途径实际上已有了空气传染和接触传染的思想。他说：戾气之着人，有自天受之，有传染受之。自天受之指的是空气传染。他还说：凡人口鼻之气，通呼天气。这是吴氏自天受之即空气传染的一个绝好的自诠和证明。传染受之指的是接触传染，这是很明白的了。那么传染病是如何传染于人呢？吴氏在上述非寒、非风之后接着强调“瘟疫自口鼻而入”，这一点也是大大超越前人的卓识昭见。人要呼吸，口鼻之气通乎天气，空气传染统于此。人要饮食，病从口入，接触传染，其消化道传染病几乎无不属于此。吴氏的学说是十分正确的，也是很进步的。
关于传染病病原体的特异性：对此问题，吴氏虽然对传染病病原体只是认识到戾气这一物质，并未观察到具体的病原体，然而由于他精深的观察能力和大量实践鉴别经验的积累，他确实对属于传染病病原体特异性等问题，提出了比较正确的理论和认识，实属难能可贵。他在论述这一问题时说：戾气之“偏中于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟、鸭瘟，岂当人疫而已哉”，“然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病”。同是传染病，为什么会有这种现象呢？他又进而强调：这种现象之出现，是由于所感染之戾气有所不同。更重要的是他提出了“万物各有宜忌，宜者益而忌者损，损者制也，故万物各有所制”的论点。这就是说他已认识到造成上述现象的重要因素是：人与动物，牛与羊，鸡与鸭等，相互之间对某些戾气（病原体）各自具有一种制约的因素。他虽然尚不能指出这种制约因素的实质内容，但他从其理论思维经验肯定人与各种动物之间存在着相当普遍的对戾气的不同制约关系。可惜他的这种认识和富有科学性的判断在当时尚未得到实验证明，但它的学说已为当今实验和现代科学研究所证实。
吴又可还首先把戾气与外科之化脓性感染联系起来，这就使得对病原体学说与化脓性感染的细菌的认识大大向前推进了一步。因为，在他之前的医学家解释化脓时，几乎都认为是气血郁滞的关系，或也提到“毒”的概念，但没有一位医学家肯定其与戾气学说相关，也就是以前的医学家多只注重全身经络、气血之不和，鲜有观察和注视局部病原体之存在。吴又可创造性指出：“如疔疮、发背（背部化脓性感染）、痈疽；流注（深部化脓性感染）、流火、丹毒，与夫发斑痘疹（天花、水痘、麻疹等）之类，以为痛痒疮疡，皆属心火，实非火也，亦杂气所为耳。”这一认识也是一次划时代的进步。
上述种种学说，都说明吴又可的洞察能力和敢于创立新说的精神是很高明的。他在传染病和外科化脓性感染上对病原体之形容和认识理论，距离真正病原体的揭示，可以说是只一纸之隔，但终因认识工具——显微镜来创造出来而尚未捅破罢了。这是吴氏学说因客观因素的制约未能被证实的一个重要原因。但我们也不能不注意到我国传染病发展史传统思维方法的制约。吴氏的学说虽然在病原体、传染途径、特异性等等方面已有卓越的见地，但终于因为传统理论之强大束缚，未能得到其后医学家的继承、阐述和发展，实在令人惋惜遗憾。