明代外科学之发展，继唐宋之后，有很多创造和革新，这与明代整个医学出现的革新倾向是密切相关的。其特点是治疗领域扩大，外科手术种类增加，外科学家注重外科学之理论研究，特别是围绕着外科医疗技术和学科理论的争论等，都构成了明代外科较长足进步的重要因素。
汪机（1463～1539），字省之，别号石山，安徽祁门人，出身世医，随父学习和行医数十年，成为当代名医，对医学理论问题之研究尤有卓见。他于公元1519年，总结自己对外科学研究心得时，写成《外科理例》一书。从外科学之发展而言，或可誉之为外科理论继往开来的巨著。汪氏十分强调外科疾病治疗的整体观念，创造性提出：“外科必本诸内，知乎内以求乎外，……又诸中然后形诸外，治外遗内，所谓不揣其本而齐其末，殆必己误于人，己尚不知，人误于己，人亦不悟。”外科学在汪氏学术思想影响下，在理论上得到了显著的提高。
薛己，前已提及，他不但是一位多学的内科学家，而且对外科学也有着较深刻的研究。也有人认为他尤精于外科学，这是因为他强调外科医学家必须要有内科学基础，要有医学理论修养。他所主张的外科疾病疮疡诊断治疗也一定要注重本末虚实等辨证论治原则，也是很有科学道理的。薛氏有关外科的著作有《外科发挥》（1528）、《外科经验方》、《外科心法》、《外科枢要》，以及骨科方面的著作《整体类要》等。
王肯堂（1549～1613），字宇泰，江苏金坛人。曾任翰林院官员，因上书抗御倭寇事被降职，后称病还乡，精心于医学研究，以医名于世。积10余年之功，编成包括有杂病、类方、伤寒、外科、儿科、妇科等内容的《六科证治准绳》，在中医发展上有着深刻的影响。王氏在繁忙的医疗实践和紧张的撰著生涯中，还与同道建立了广泛的接触和探讨医学的友谊，并与意大利来我国传教的科学家利玛窦过往较密，这对形成王氏在外科学上的某些学术思想特点，或者不无影响。王肯堂的《外科准绳》（1602），对许多外科疾病的记载和认识水平的提高，给人们以深刻的印象，特别他所记述的许多外科手术，更是令人钦佩。例如炭疽病，王氏在其著作中记载了公元1587年，一妇人售羊毛于市，曾引起了紫泡疔（炭疽病）流行，造成大量死亡的历史。他在总结经验时正确指出：“若因开割瘴死牛、马、猪、羊之毒，或食其肉，致发疔毒。或在手足，或在头面，或在胸腹，……或起紫泡，或起堆核，肿痛，创人发热烦闷，头痛身痛，骨节烦疼。”这就给炭疽病的传染途径、发病局部体证、好发部位以及全身症状和预后作出了很科学的论述。其他如对麻风病以及由外国传入之梅毒、性病等，也都作出了比较确切的论述。他是我国首先记述男性乳腺癌的医学家。在外科手术和医疗技术方面，他所记述的肿瘤摘除术、甲状腺切除术、肛门闭锁症之成型术、耳外伤脱落之缝合再植术、骨伤科整复手法与手术等等，以及这些手术与技术之消毒清洁和护理，内容十分丰富，实属不可多得。该书不但有着文献医史价值，其外科手术和医疗技术对实现中医外科学之现代化也不无参考意义。
以上三位医学家，虽然各自在中医外科学发展上做出了贡献，但他们还都不是外科专门家。以下举几位外科专门家，说明外科在明代的卓越成就。
1604年，外科学家申斗垣撰成，《外科启玄》，他对外科鼻祖——华佗的外科手术未能传世深表惋惜，故以“启玄”为其书名，旨在发掘历代外科手术疗法与医疗技术，以为民造福。他提倡外科疾病的预防和早期治疗，在外科学发展上是富有特点的。例如在叙述筋瘤的治疗时强调“以利刀去之”，不要延误时日。对血瘤，他主张“以利刀割去，银烙匙烧红一烙止血，不再生”，也有早期治疗之意。而在淋巴结结核的治疗上，则明确反对乱施刀针手术，批评手术切除淋巴结核的医生“如割韭相同”，只“取其标而未治其本”。外科手术器械之消毒与否，对外科手术取得成功是至关重要的，申申斗垣《外科启玄》插图氏与同时代的眼科学家博允科对此十分重视。他们强调：煮针一法，《素问》本无，今世用之，有益而无害，故从之。这是外科消毒观念建立的重要一步。申氏还强调：“古有以口吮脓之德，今则以一端留节削去青皮之薄竹筒，药煮十数沸，乘热安疮上，脓满自落法吸脓，如此至脓尽，膏药贴之，以防挤压而有形成胬肉突出久不收口之患。”这既是吸脓法之改进，也是消毒法之新进展。
陈实功（1555～1636），字毓仁，江苏南通人，我国外科学发展史上的著名明外科医学家陈实功医学家。从青年习外科学，凡40余年，学验俱丰，所著《外科正宗》一书，影响十分广泛而深远。陈氏的外科学术思想是很有借鉴意义的。他引述前人的正确立论，即“治外较难于治内，何者？内之症，或不及其外，外之症，则必根于其内也”，反对内科医生轻视外科的错误观点。在临床治疗和研究中，重视医学理论修养，强调治外症必本诸于内的学说，反对外科医生轻视诊断、乱施手术和乱投药物的医匠学风。他对100余种外科常见病症，大都作了比较系统的论述，一般在每一病症之下，首先综述病因病理，再述症状证候，次论诊断及各种治疗方法，然后分析介绍成功或失败的病案，最后为选列处方。在外科手术治疗上，他创造性继承和发扬了截趾术，下颌骨脱臼整复手法，骨结核死骨剔除术，鼻息肉摘除术，咽部异物剔除术，食管、气管吻合术等。例如：气管缝合术，陈氏记述指出：“自刎者，乃迅速之变，须救在早，迟则额冷气绝，必难救矣。初刎时，气未绝，身未冷，急用丝线缝合刀口，……枕高，使刀口不开，外再用绢条，围裹三转，针线缝之。”又如：咽、食管异物剔除术，陈氏创造性发展前人的医疗技术，制造乌龙针巧剔异物。他记述说：“乌龙针治骨哽于咽下难出者，用细铁丝烧软，双头处用黄腊作丸如龙眼大，裹铁丝头上，外用丝棉裹之，推入咽内哽骨处，其骨自然顺下矣，不下再推。”又一种方法如“误吞针刺哽咽疼痛者，用乱麻筋一团，搓龙眼大，以线穿系，留线头在外，汤湿急吞下咽，倾刻扯出，其针头必刺入麻中同出”，再如下颌骨脱臼整复术，陈氏正确指出：“落下颏者，气虚之故，不能收束缚关窍也。令患者平身正坐，用两手托住下颏，左、右两大指入口内，纳槽牙上，端紧下颏，用力向肩下方捺压，开关窍，向脑后送上即投关窍，随用绢条兜于颏头顶上，一小时光景即可解除绢条固定而治愈。”再如鼻息肉，他对其病因、症状，作了比较确切的论述，指出“鼻痔者，由肺气不清，风湿郁滞而成。鼻内息肉结如石榴子，渐大下垂，闭塞孔窍，使气不得宣通。”关于手术治疗方法和步骤，他在“取鼻痔法”下记述了自己的手术器械制法，手术麻醉方法，以及手术方法和术后护理等要点。他强调：“先用茴香散（局部麻醉药）连吹入鼻粘膜两次，次用细铜筋（即铜筷子）二根，在铜筋之一端钻一小孔，用丝线穿小孔内，二根筋间丝线相距五分许，以两根铜筋穿丝线一端直入鼻息肉根基部位，将筋头丝线束鼻痔根，然后绞紧，再向下一拔，其痔自然脱落。置水中观其大小。再用术前配好的胎发灰与象牙末等分，吹入鼻内息肉之根基处创面，其血自止。”这个外科手术虽然并没有什么高、深、难的技巧，但就医疗器械设计、手术麻醉以及手术方法步骤而言，确实是很先进的。对于血栓闭塞性脉管炎所造成的足趾、手指逐步向上蔓延的坏死，陈氏的截趾手术等，也有着很大的进步。陈氏除正确论述了该病的好发部位、症状诊断和药物治疗外，还指出其严重的预后。为了争取较好的治疗效果，他发展了《内经》“急斩之，不则死矣”的结论，强调：“用利刀寻至本节缝中，将患指徐顺取下，血流不止，用金刀如圣散止之。”他认为只要早诊断，早手术治疗，有些“脱疽”是可以治愈的。在他的治疗病案中记有4例，其中3例达到近期治愈。
明代外科学发展除上述成就外，还有许多外治法得到丰富和发展。在外科疾病之专著方面，也出现了不少很有价值的学术论著。其中影响较大的，麻风病专著方面有薛己的《疠疡机要》、沈之问的《解围元薮》；梅毒性病专书有陈司成的《霉疮秘录》等。此外，明代的骨伤科也有较明显的进步。例如大型方书《普济方》，虽不是专著，但因其主编是明太祖第五个儿子——朱，其中“折伤门”反映了当代的骨伤整复治疗水平：如兜颈坐罂复位法、牵头踏肩法治疗颈椎骨折，手牵足蹬法整复肩关节脱臼等，均在前代基础上有了新的改进和提高。
麻醉术是否可靠，对外科手术能否成功，对骨伤科整复手法及整复手术能否成功，都是一个十分重要的因素。中国麻醉术早在汉代已有华佗成功运甩之光辉历史。明代如何呢？举数例以反映其先进水平。首先，在全身麻醉术方面，仅举非外科专业的两位著名医学家运用的经验，或更能说明其时的普遍和水平。李时珍曾应用全身麻醉于外科疮疡手术和艾灸术等，他说：“曼陀罗花（八月采）火麻仁花气（七月采阴干）等分为末，热酒调服三钱，少倾，昏昏如醉，割疮灸火，宜先服此，则不觉苦也。”又如张景岳所记述的“蒙汉药”：“一名铁布衫，少服止痛，多服则蒙汉，方用闹羊花、川乌、自然铜、乳香、……等，热酒调服，乘饮一醉，不片时浑身麻痹。”明代外科学家记述之麻醉法尤多，兹不赘述。值得称道者，明代创造性地应用了局部麻醉术，这是外科麻醉史上的一大进步。例如用于唇裂修补手术之麻醉术，王肯堂记述唇裂修补术之局部麻醉是：“却以麻药抹缺处，以剪刀薄剪去些皮，抹封口药，以线缝合。”王肯堂所用局部麻醉药由什么组成的呢？他在另一处回答了这个问题，他记述说：用川乌、草乌，南星、半夏、川椒为末唾调擦之。唾液调药虽很不卫生，然上述药之局麻效果确是比较可靠的。