堆制发酵时，料量最好在300千克以上，堆太小，不易升温，发酵不透。堆太大，中间缺氧，而且翻堆操作不便。发酵料拌水60％～65％，并加石灰2％将pH值调节在8~8．5。堆高1．2～1．4米，宽1．1～1．5米，长度不限。建好堆后，打孔通气，孔距30厘米，堆正上方打1排，侧面2～3排。
发酵过程中，注意翻堆，每隔1天翻1次。达到规定的发酵时间后，要及时散堆降温、装袋。如果超过规定的发酵时间，不但培养料的养分消耗增加，而且堆温也会下降，导致有害杂菌增多，污染增加，菇的产量降低。
另外，在堆料和翻料时要注意不能将培养料踩实，料堆也不要太宽、太高，除了在料堆上打些通气孔增加通气性外，料堆表面也不要盖得太严，外界空气湿度大的情况下也可少盖或不盖塑料布。如果通气不良，料堆温度迟迟不上来，料堆中心厌氧区扩大，会造成厌养发酵，不利于有益微生物的活动和物质转化，常会伴有酒糟味。
温度较高的季节，料堆四周常有苍蝇、菇蝇等害虫，应喷些高效低毒的农药及时杀灭。发酵时间视温度而定，温度高时，时间可短一些，以7～8天为宜；温度低时，可适当增加天数，并加盖塑料薄膜。
整个培养基原料的发酵的重点是，注意掌握适宜水分，料的含水量控制在55％左右，如果加水过多，超过70％，就会产生厌氧发酵，培养基变酸、变臭、发黄，料温上升缓慢；若含水量低于50％，就会出现“冒烟现象”，产生霉味，严重破坏营养物质。发酵过程是促进有益菌、减少有害菌的过程。有益菌都属嗜热微生物，适宜温度为55℃~68℃，多数有害菌适宜生长的温度为25℃～28℃。发酵剂内含的微生物属好气性，只有在充足的氧气条件下才能大量繁殖，加速物质转化，为白灵菇提高较好的培养料。