畸形菇降低产品等级，甚至失去商品价值，影响栽培者经济效益，这个问题普遍存在。畸形菇的发生，究其原因归纳起来，是培养环境条件与白灵菇生理生化要求不相适应。关键在于出菇期温、湿、光、气协调不好，在管理技术上操作失误等。下面进行具体分析出现畸形菇的原因：
（1）房棚结构不合理。现有白灵菇栽培场所，有室内菇房和野外菇棚，建造简陋，结构不合理。有的菇房门窗单向，有的通风口开在墙体上半部，致使室内空气不流通；有的塑料大棚两旁虽设有通风口，但通风口都是朝着菌墙两端；也有的虽然开有通风口，但为了保温，始终没打开。由于棚内空气不流通，造成严重缺氧，致使好气性的白灵菇变成畸形。
（2）菌墙垒叠欠妥。其表现是菌袋进棚垒墙太高，10袋一码，超过1米；有的菌墙之间填入黏性土壤，不透气；有的填土后浇水不足偏干；有的菌墙码垛过于密集，中间不填土；有的垒墙时，袋头割膜不得法，入墙部分只割1／3太少，而露外一端反而割膜，菌丝体露空不保湿。这些子实体生长发育必然受到抑制。比如北方菌袋叠墙，袋内填土水分不足，进入寒冬加温催蕾时水分偏干，菌袋内的含水量小，使菌丝体脱水，出现菌盖不展或萎缩状态的畸形菇，而黏性土壤板结，透气性差，对菌丝体不能起调节作用，反而阻碍正常的生理生殖。
（3）先天性营养缺陷。有3种表现：①配方中原辅料棉籽壳、麦麸陈年受潮霉变，养分降解，配方中含氮物质麦麸用量偏少，菌丝生长前期无不良反应，到长菇期不能满足要求。②培养基酸败。③菌袋内水分蒸发菌丝体脱水。这些属于先天性营养不良，所以产出菇盖波边状或不展盖、色偏黄不白的变异菇。
（4）预产期把握不准。常因栽培者求菇心切，菌丝生理没成熟就进入人为催蕾，造成早产畸形。
（5）催蕾技术没到位。菌丝生理成熟后还需要0℃～13℃低温刺激10～15天，这期间还要进行5～7天的10℃以上温差刺激，才能促使原基发生分化成菇蕾，这是白灵菇与众不同的一个特性。栽培者常因没掌握这个独特种性，低温蹲菌期不足，温差刺激不够，与生殖期理化要求不协调，导致子实体发育受到抵制而变形。有的在12月上旬进棚催蕾时，为了保温，缺少通风，棚内严重缺氧，结果催出的尽是菇柄长达20厘米，菇盖紧握不展，尽是“拳头菇”。
（6）疏蕾未引起重视。有人看到菇蕾丛生喜出望外，明知菇蕾太密，却舍不得摘掉，有人担心摘一个蕾会连累其他；也有人留蕾太多。由于忽视疏蕾，出菇互相拥挤，因此出现孪生蝴蝶形，侧向倾长牛舌状、驼背菇等变异体态。
（7）长菇期管理不善。菇蕾出现后逐步分化成子实体，在长菇期间常因温、光、气调节不好，导致菇体发育倚斜侧长，或驼背或盖面凹陷，或斑点麻脸、色变，以及采收过迟、菇体超大、不符合等级。