宋代的医事制度较唐代又有了很大的改进，变得更加完善。宋代把医药行政与医药业务相分离。太常寺除太医局(专管医疗、教学)外，另设翰林医官院，掌管医之政令，包括对军旅、官衙、学校派遣医官，管理医药事宜，从而结束了唐代太医署兼管医政、医疗与教学的局面，提高了办事效率。宋政府在地方各州郡、军队内部都设有医疗机构，并开办了一批慈善救济组织，如安济坊、福田院、慈幼局、漏泽局等，使医疗机构向社会化方向发展。宋政府还对药品管理和药品贸易实行国家垄断制度，国家成立了“尚药局”“熟药所”“民局”等机构，统一管理药品价格，制定国家处方，实行医药统一，维护正常的药品生产、供应与使用秩序。同时，还颁布了一系列医药律令，如饮食卫生律令、卫生保健律令、婚姻律令、保护婴童律令等等，以法律手段规范医药卫生事业。
明清两代的医事制度，虽然在具体医事机构的设置、医药人员的配备等方面，有别于唐宋时期，但基本模式大体沿用宋制，并在更注重实效的基础上有所发展有所创新。
中医学理论之阴阳五行学说
阴阳五行学说是阴阳学说和五行学说之总称，它是我国古人用以认识和解释自然的一种宇宙观和方法论，是我国古代朴素的唯物论和自发的辩证法，阴阳五行学说渗透到中医学的各个领域，贯穿在中医学理论体系的多个方面，成为中医学独特理论体系的哲学基础和指导思想。
中医学根据阴阳学说，说明了以下几个问题。
1．说明人体的组织结构。人体是一个整体，可以用阴、阳两个范畴来加以概括和说明。一般而言，人体上部属阳，下部属阴，外侧属阳，内侧属阴，在体内则六腑属阳，五脏属阴，五脏之中，居于上部的心、肺属阳，居于下部的肝、肾属阴。具体到每一脏腑，又有阴阳之分，如心有心阴、心阳；肾有肾阴、肾阳等等。总之，人体上下，内外各组织结构之间，以及每一组织结构本身，不论关系如何复杂，均可用阴、阳概括说明。即所谓“人生有形，不离阴阳”。
2．说明人体的生理活动，人体在正常生理活动中，功能(阳)与物质(阴)之间，相互滋生，相互为用。生理功能以物质为基础，无阴精则元以产生阳气，而营养物质的化生，都必须依赖生理功能的活动，否则亦无从化生阴精，所以保持阴阳的相对平衡，才能保持人体的正常生理活动。正所谓“阴平阳秘，精神乃治”。
3．说明人体的病理变化。“阴平阳秘”，即人体与外界环境的整体统一和机体内在环境的平衡协调，是人体赖以生存的共性。这种平衡一旦遭到破坏，就会使阴阳任何一方出现偏盛或偏衰，“阳虚则外寒，阴虚则内热，阳盛则外热，阴盛则内寒”则人体的生理状态就转化为病理状态。
4．用于疾病的诊断。疾病发生、发展的根本原因是阴阳失调。
因此，任何病症，尽管临床表现千变万化，却都可以用“阴证”和“阳证”加以概括。正确的诊断，首先须分清阴阳，方能抓住疾病的本质，执简驭繁。如：“四诊”之望诊中，色泽鲜明者属阳，晦暗者属阴；闻诊中，声音洪亮者属阳，低微断续者属阴；切诊中，脉搏浮、速、大、浩、实者属阳，沉、迟、小、涩、虚者属阴。故而“善诊者，察色按脉，先别阴阳。”
5．用于疾病的治疗。既然阴阳失调是导致各种疾病的内在基本因素，所以治疗的原则必然是从调整阴阳出发，补偏救弊，促使阴平阳秘，恢复阴阳的正常状态，正如《素问·至真要大论》说：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”
6．用于指导预防。人体内部的阴阳变化如能保持与天地间阴阳变化协调一致，则可防病延年。春夏季节要善于保养阳气以为秋冬之用，秋冬季节要善于保养阴液以为春夏之用，乃防病摄生之根本。
一年之中，若能顺其四时，调其阴阳，可使人体健康，增强预防疾病的能力；反之，若不能区别四时，把握阳阴，便会导致疾病发生。
中医学根据五行学说，说明了这样几个问题。
1．说明脏腑的生理功能与相互关系。以五行属性来概括五脏的生理特征，用相生相克来说明脏腑的生理关系。肝喜条达，有疏泄之功能，而木有生发的特性，故以肝属木；心具温煦之作用，而火具阳热的特征，故以心属火；脾为生化之源，而土有生化万物之特征，故以脾属土，肺主肃降，而金有清肃、收敛之特性，故以肺属金；肾具主水、藏精之功能，而水有润下之特征，故以肾属水。肾(水)之精以养肝，胖(木)藏血以济心，心(火)之热以温牌，脾(土)化生水备精微以充肺，肺(金)清肃下行以助肾水，五脏因而相互滋生。肺气清肃下降，可以抑制肝木上亢；肝的条达可以疏泄脾土的壅郁；脾的运化可以制止肾水的泛滥；肾的滋润可以防止心火的炽烈，心的阳热可以制约肺金清肃太过，这即五脏相互制约的关系。
2．说明脏腑间的病理影响。一脏受病，可以传至他脏，他脏有病，也可能影响本脏。肝病可以传脾(木乘土)，脾病也可传肝(土侮木)，肝脾亦可同病(木郁土虚或土壅木郁)；肝病也可传心(母病传手)、传肺(木侮金)、传肾(子病传母)。肝病如此，其他脏器病变赤可这样，皆可用五行生克乘侮的道理说明它们之间在病理上的相互影响。
3．用于诊断和治疗。人体是一个有机整体，内脏功能活动及其相互关系的异常变化，必然反映到体表相应的组织器官，出现色泽、声音、形态、脉象等谙方面的异常变化。临床诊断时，可综合望、闻、问、切四诊所得到的材料，根据五行的所属及其生克乘侮的变化规律来推断病情。如：面呈青色，喜食酸味，脉见弦象，可诊断为肝病，面呈赤色，口吐苦，脉象洪，可诊断为心火亢盛，等等。疾病的发生发展，常与内脏生克关系异常有关，故而治疗之时，除对病变的本脏进行处理外，还应虑及其他有关的脏腑，并调整其关系，以达治疗之目的。具体方法有培土生金、壮水制火等等。
从产生时间来看，先有阴阳后有五行。然而在实际运用过程中，阴阳之中包括五行而五行之中又分阴阳，所以二者是一个整体。中医学的阴阳五行学说，贯穿于分析、研究、归纳、解释人体的生理活动和病理变化，指导临床诊断、治疗和预防的每一方面，不啻是中医学的指导思想和理论基石。
中医学理论之藏象学说
“藏象”一词，始见于《黄帝内经》。藏是指隐藏于人体内的脏腑器官，即内脏，象是征象和形象，也就悬于脏腑的生理活动及病理变化所反映于外的征象。“象，形象也，脏藏于内，形见于外，故曰藏象”，藏象学说是研究人体各脏腑组织、器官生理功能、病理变化及其相互联系，以及机体与外界环境相互关系的学说，是中医理论体系的核心，辩证施治的基础。
藏象学说根据人体内脏的形态和一般功能，将它们分为五脏(心、肝、脾、肺、肾)、六腑(胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦)和奇恒之腑(脑、髓、骨、脉、胆、女子胸)三大类。赃、腑是化生精、气、血、津液，促进新陈代谢，维持生命活动的主要器官。而所谓“奇恒之腑”，形多中空，与腑相近，内藏精气又类于脏，它似脏非脏，似腑非腑，异乎平常的脏腑，故而得名。之外，精、气、血、津液等乃构成人体的基本物质，其生成、运行和输布，必须通过脏腑功能活动方可完成，而脏腑的各种功能活动，又无不以精、气、血、津液等作为物质基础。这些物质的相互化生、相互转化的过程，则是通过气化作用最终实现的。
所以，藏象学说的基本内容包括两个部分：一是脏腑组织的生理功能、病理变化及其相互关系；二是精、气、血、津液的生理病理及其与脏腑的关系。
藏象学说认为：人体是以脏腑为基础、以五脏为中心、以心为主导，通过经络联系相应的六腑、五体、五官、九窍、五华、五志等，而形成在组织结构、生理功能、病理变化上都紧密相关的统一整体。藏象学说中的腔腑，虽与现代人体解剖学脏器的名称相同，但在生理、病理韵含义上却并不完全相同。
中医学理论之经脉学说
经络学说，是研究人体经络系统的生理功能、病理变化及其与脏腑相互关系的学说，是中医学理论体系的重要组成部分。
经络是经脉和络脉的总称。《医学人门》说：“经者，径也；经之旁出者为络”，说明经脉是经络系统直行的主干，多循行于人体的探部，而格脉则是网络的意思，是经络横行的分支，错综联络于经脉之间，遍布周身广泛循行于人体较浅部分。
经脉分为十二正经和奇经八脉两大类，为经络系统的主要部分十二正经即手、足三阴经(太阴、少阴、厥阴)与手、足三阳经(太阳、少阳、阳明)的合称。奇经八脉包括督脉、任脉、冲脉、带脉、阴跷脉、阳跷脉、阴维脉和阳维脉。络脉分为别络、浮络和孙络三种。别络较大，共有十五，即十二络脉与督、任二脉各有一支别络，再加上脾之大络，合为十五别络；络脉之浮于浅表部位者称为浮络，络脉中最小的则称为孙络。
经络的作用主要表现在以下五个方面：生理、病理、诊断、治疗、预防。在生理方面，经络可以联络脏腑、沟通全身；运行气血，协调阴阳；输布正气，抵御病邪。在病理方面，经络是病邪的传变途径，可反映内脏病变于体表。在诊断方面，可结合经络的循行及其所属的脏腑以作为诊断疾病的依据。在治疗方面，经络学说被广泛应用，特别是在针灸和药物治疗方面，有重要的指导作用。在预防方面，临床可用调理经络的方法预防疾病。
总之，人的生命活动，不离气血；而气血之行，不离经络。经络学说长期以来指导着中医的临床实践。
中医学理论之正邪学说
中医学认为，疾病的发生是致病因素作用于人体之后，使正常的生理活动遭到了破坏，导致脏腑经络、阴阳气血功能失调而造成的。
疾病的发生与发展，关系到“正”“邪”两个方面。“正”即“正气”，指人体自身的功能活动，表现为适应自然环境变化的调节机能和对致病因素的防御能力；“邪”或称“邪气”，泛指一切致病因素。“正”
是构成人体发病的内在因素，“邪”是构成人体发病的外在因素。正与邪在发病当中的地位，正处主导，因为邪气致病，必须在正气不足或下降的情况下才起作用。致病的原因虽由于邪，但发病与否的关键却在于正。正气的兴衰不仅是发病的关键，而且在疾病之后的发展变化和转归预后中，始终起着决定性的作用。总之，疾病的发生和演变，就是邪正斗争、互为消长进退的结果。
致病的因素是多方面的，如气候的异常、情感的改变和饮食劳倦所伤等等，都能在一定条件下诱使人发病。另外，在疾病过程中，还有某些病理产物如痰饮、淤血，又可以反过来成为某些疾病的致病因素。
不同的致病因素，各有其不同的性质和特点，因而也就产生了各种不同的临床表现。中医推求病因的方法，主要是从纷乱复杂的症状和体征中，观察研究，分析归纳，以推求病因。这种循果求因的方法，称为“审证求因”或“辩证求因”，所以认识各种因素的性质和特点，也主要是掌握它们所致病症的临床表现。
中医学理论之病理机转学说
病机，即疾病发生、发展、变化与转归等病变过程的机理，又称“病理机转”。中医的病机学说是阐明疾病过程中人体素质与致病因素的相互作用，以及人体结构、物质代谢、机能代谢诸方面的病理变化状态的理论。
中医病机学说的认识特征，是从整体观的角度认识疾病；其方法论特征，是从人体机能变化入手，通过观察外在表现以探求体内脏腑的生理状态和病理变化。其主要内容，包括发病原理与基本病理两个方面。
发病原理，即疾病发生的基本规律或最根本的道理。疾病的发生可以归结到一点，就是人体的正常生理活动在某种程度上的破坏。
在正常情况下，人体内部脏腑组织之间，以及人体与外界环境之间，都是处在不断适应的过程中，从而维持着相对的动态平衡，这是机体保持正常生理活动的基础。当这种动态平衡状态因某种原因遭到破坏，而机体又不能自行调节恢复平衡时，人体就会发生疾病。
疾病的发生、发展、变化与转归，主要取决于患病机体的体质强弱和致病因素的性质两个方面。由于体质差异与感邪各别，因而演变出临床上各种各样的病理变化。尽管病症的种类繁多，病情纷繁错杂，病理机能因不同的病症又有各自的特异性，但就疾病的最一般的病理过程而言，总不外乎邪正盛衰、阴阳失调和升降失常等几个病变规律。
中医学理论之防重于治、辨证论治的治防原则
预防，就是采取一定的措施，防止疾病的发生与发展。中医学早巳树立了预防为主的保健观点。《黄帝内经》指出：“不治已病，治未病；不治已乱，治未乱”，就极为生动地提出了防重于治的思想。所谓“治未病”，实际上包括未病先治和既病防变两个方面。未病之前，做好各种预防工作，以防止疾病的发生，为未病先防；对疾病早期发现、早期治疗，以控制疾病的发展与转变，为既病防变。
指导临床治疗方法及处方用药之依据的治疗疾病的基本法则，即治则。而在治则指导下对具体的病症所确立的具体治疗方法，即治法。
中医的治则是从整体观念和辩证论治的宗旨出发，在复杂的疾病现象中，把握疾病本质来确定的，具体说来有治病求本、标本缓急、正治反治、扶正祛邪、同疾异治、异病同治、调整阴阳、因时因地因人制宜等。
中医认识、治疗疾病，强调不但要辨病，而且尤须辩证，才能正确施治，例如感冒，见发热、恶寒、头身疼痛等症状，病属在表。但由于致病因素和机体反应性的不同，又常表现为内寒感冒和内热感冒两种不同的证。只有将是属风寒抑或是属风热辨别清楚，才能确定是用辛温解表抑攻是辛凉解表的方法，给以适当的治疗，由此可见，辩证论治既区别于见痰治痰、见热退热、头痛医头、脚痛医脚的局部对症疗法，又区别于那种不分主次，不分阶段、一方一药对一病的治疗方法。
辨证论治辩证地看待病和证的关系，既看到同一种病可以包括几种不同的证，又看到不同的病在其发展过程中又可能出现同一种证。因此，在临床治疗时，往往采取“同病异治”或“异病同治”的方法。还以感冒为例，由于发病的季节不同，治疗也就不同，暑季感冒，由于感受暑湿邪气，故治疗时常须用一些芳香化浊药物，以祛暑湿，这与其他季节的感冒治法就不一样。又如麻疹，因病变发展阶段不同，治疗方法也各有不同于初起时麻疹未透宜发表透疹，中期肺热明显夕常须清肺，而后期则余热来尽，肺胃阴伤，故须以养阴清热为主。
上述情况均属“同病异治”。而譬如久痢脱肛，子宫下垂等，本为不同之病，但若均表魂为中气下陷证，就皆可用升提中气的方法治疗之。这属“异病同治”。总之，中医治病主要的不是着眼于“病症的异同，而是着眼于病机的区别，所谓“证同治亦同，证异治亦异”，实质上是由于“证”的概念中包含着病机在内的缘故，这种针对疾病发展过程中不同质的矛盾用不同的方法去解决的法则，就是辩证论治的精髓所在。