公元830年，科潘城浩大的工程突然宣告停工，在公元835年，帕伦克的金字塔神庙也停止了施工。公元889年，提卡尔正在建设的寺庙群工程中断了。公元909年，玛雅人最后一个城堡，也停下了已修建过半的石柱。这情形令我们联想到复活节岛采石场上突然停工的情景。
这时候，散居在四面八方的玛雅人，好像不约而同地接到某种指令，他们抛弃了世代为之奋斗追求、辛勤建筑起来的营垒和神庙，离开了肥沃的耕地，向荒芜的深山迁移。
现在我们所能看到的玛雅人的那些具有高度文明的历史文化遗址，就是在公元8世纪至9世纪间，玛雅人自己抛弃的故居。如今的游客倘佯在这精美的石雕和雄伟的构架面前，无不赞叹、惋惜，而专家学者们却陷入了深深的困惑之中。
玛雅人抛弃自己用双手建造起来的繁荣城市，却要转向荒凉的深山老林，这种背弃文明、回归蒙昧的做法，是出于自愿，还是另有其他原因？
史学界对此有着各种解释与猜测。譬如说：外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移。然而，这些假设和猜测都是缺少说服力的。首先，在当时的情况下，南美大陆还不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族。因此，外族侵犯之说就站不住脚。其次，气象专家几经努力，仍然拿不出公元8世纪至9世纪间，南美大陆有过灾难性气候骤变的证据。同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨却依然保存完整的，因此地震灾难之说可以排除。至于瘟疫流行问题，看来很有可能。然而，在玛雅人盘踞的上万平方公里的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的。再说玛雅人的整体迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无耗时如此长久的可能性。
于是，就有了后人的种种猜测……
有人认为玛雅文化的神秘消失是由外星人运用大型太空船集中人力、物力进行突击性的运送来完成的星球大转移。太空船把绝大多数玛雅人运送到外星球后，只有极少数人留守。当这些留守者眼睁睁地看着自己的亲人离家而去、迁往遥远的新天地时，就会注视着天空，发出“啊咿啊咿”的叫喊，似乎在向运送他们亲人的太空船叫道：“等一等呀，带着我啊！”这个猜测倒是与出土文物上玛雅人仰天呼号的形象颇为合拍。根据玛雅人神秘的生活方式和奇诡的科学成就，认为玛雅人的迁移是一种有计划、有目的、有步骤、有安排的向外星球的移民行动，似乎也有一定的合理性。
根据有关资料，有的学者认为，在大西洋中曾有一个大西洲，它经济繁荣，文化发达。可在1万多年前的某一天，它一夜之间沉入了大海，毁灭了。翻开地图我们发现，大西洲的位置离犹卡坦半岛很近。德国科学家莫克认为，玛雅人在公元前8499年6月5日13时开始了他们的新纪元。在玛雅人中流传着这样一句话“世界由5个太阳主宰，一个太阳代表一个纪元”。所以我们认为，若以上材料是真实可靠的话，那么，也许玛雅人会是幸存的大西洲人和美洲当地人的后代。他们深知祖先的毁灭，他们认为在公元后的某一天，又一个纪元将灭亡，所以集体向北迁移。并在之后的某一天，集体跳入大西洋，逃避世界的灭亡。当然，这一说法还有待论证。
20世纪80年代末，一支包括考古学家、动物学家和营养学家在内的共四十五名学者组成的多学科考察队，踏遍了即使是盗墓贼也不敢轻易涉足的，常有美洲虎和响尾蛇出没的危地马拉佩藤雨林地区，用了六年时间对约二百多处玛雅文明遗址进行了考察，结论是：玛雅文明是因争夺财富及权势的血腥内战，自相残杀而毁灭的。
这些学者认为，玛雅人并非是传说中那样热爱和平的民族，相反，在公元300～700年这个全盛期，毗邻城邦的玛雅贵族们一直在进行着恐怖的争权夺利的战争：战卒们用矛和棒作兵器，袭击其他城市，其目的是抓获俘虏，并把他们交给己方祭司，作为向神献祭的礼品。这种祭祀正是玛雅社会崇拜神灵的标志。
玛雅社会一度相当繁荣，农业、手工业以及商业贸易都非常发达，但自公元7世纪中期开始，玛雅社会衰落了。战争永无休止，生灵涂炭，贸易中断，城毁乡灭，最后只有10%的人幸存下来。
公元761年，杜斯·彼拉斯城的王宫覆灭可视为玛雅社会衰落的一个起点。杜斯·彼拉斯是方圆一千五百英里内的中心城邦。它遭到从邻近托玛瑞弟托城来的敌人的攻击，随后是斩草除根的大屠杀。胜利者举行了“终结典礼”，砸烂了王座、神庙和刻板。一些贵族逃到附近的阿瓜迪卡城——这是一个巨大裂缝环绕的天然要塞。他们在那里苟延残喘了四十年，最后还是遭到灭顶之灾。公元800年，阿迪卡已是一座鬼城。公元820年以后，玛雅人舍弃了这片千年间建立了无数城市的佩藤雨林，再也没有返回这片文明的发源地。
据科学家最新研究显示，促使玛雅文明没落的罪魁祸首可能是干旱，而且这种干旱具有某种时间规律性，与太阳活动的周期有关。
太阳活动的周期事实上变动的幅度大约仅有百分之一，但却足以造成玛雅文明的心脏地带——尤卡坦半岛严重的干旱发生。从来自北尤卡坦奇强卡纳普湖采集而来的沉积物中，研究者发现高浓度硫酸钙沉积层周而复始地出现，硫酸钙的成因是大量的水分从地表蒸发后而留下的，相隔的时间大约为两百年，也就是说大约两百年左右尤卡坦半岛上会出现一次严重的干旱，这与目前已知的太阳活动的周期长度为二百零六年非常吻合。
科学家将玛雅文明的发展与太阳活动的周期一起研究比较发现，每次遇到干旱发生，玛雅社会文明的发展便有趋缓的现象。而玛雅人又是非常依赖降雨以及地表水源生活的，长期严重的干旱足以使他们的文明中断并最终灭亡。
每一种说法都似乎很有道理，但正如法国人克罗齐所说，“任何历史都是当代史”，每一种说法也都无可避免地带上了研究者个人的烙印。玛雅文明的消失，不可能只是一种成因的单独作用。撇开外星移民、集体投海等等看起来荒诞不经的推测，农民起义、人口骤降、资源匮乏、地力衰竭、环境恶化、丛林侵蚀等等，这些因素都可能发生作用。至少现在，还没有人揭开玛雅文明终结之谜。