印加帝国文化发祥地在的的喀喀湖畔，虽然在高达四千公尺的高原中，但具有丰富的水量，有着先进的水利系统，阳光充足，农产丰盛，国家富饶。在这里，印加人胼手胝足，辛勤经营，以最进步的方法建筑了漂亮宏伟的宫殿，并且日出而作，日落而息，男耕女织，这是一个多么安祥的部落。印加人信奉太阳教，接受太阳神统治帝国的说法。他们还有进步的政治制度，能够推动完善的法律来治理百姓，绝不以严刑峻法苛难。
以农立国的印加人，早在公元前四百年就知道集约栽培法，他们栽培玉米的技术是高超而无人能与之比拟的。此外，印加人在纺织品的生产技术上，更有伟大的突破，各色各样的织法以及各种形态的精致图案，都具巧夺天工的技巧。
首都库斯科（在今秘鲁南部）有巨大的太阳神庙，庙中墙壁是用黄金片镶嵌的，中间一个金制圆球，代表太阳；旁边有几百条金制线条，代表太阳的光芒。壁上金光闪闪，豪华非常。从首都到全国各地，包括现在的秘鲁、玻利维亚、厄瓜多尔全部，以及哥伦比亚南部和智利的北部、中部，都有宽广的驿道相通。
由于发掘了金矿，在帝国庄严的宫殿建筑上，四处均镶着金饰品，灿烂耀目，光彩辉煌，但这也同时为其本身带来了不幸的灾难。印加人已大量使用青铜器，但是他们还不知道炼铁，不会使用火器和马。
印加人没有文字记录，人们普遍使用的记录符号是“结绳文字”，即用不同颜色、不同距离、不同大小的绳结来记事、记数。
在印加帝国到了多拿卡巴克王统治时，造成了印加无以伦比的盛世。多拿卡巴克王死后，把印加帝国分为两部分，传与瓦斯卡尔和阿达瓦尔巴两个儿子统治，于是在1532年，兄弟反目，互不相让和战争种下了自取灭亡的祸因。
“他们在太平洋上，乘坐浮水的大房子，掷出快如闪电、声如雷霆的火团，渐渐靠近了。”正如预言所说，猫眼、尖鼻、红发、白皙的皮肤、蓄着胡须的天使回来了，印第安人甚至没有抵抗，便献出一座空城逃逸了。
其实，他们错了，这一批被误认为神祗的人，是西班牙征服者皮萨罗和他率领的舰队，由三只帆船和一百八十名士兵组成，还带着两门大炮和五十匹战马。皮萨罗直指印加国的心脏地区。
皮萨罗深知必须擒获印加帝国的皇帝，方可掳获更多的金银财宝，于是皮萨罗和同来的西班牙籍神父商量后，邀请阿达瓦尔巴——印加皇帝前来卡萨玛尔卡镇，接受天使的蒙召。阿达瓦尔巴带着两千名壮士，手无寸铁地诚心接受召见，谁知竟然遭受监禁的命运。皮萨罗囚禁了皇帝，便将所有珍宝集中，并冷酷地杀死国王，以除后患。
贪得无厌的皮萨罗在杀死国王后，率兵前往印加首都库斯科，企图搜寻更多的宝藏，然而令人惊讶的是，在库斯科城中，无论是宫殿、神庙都空无一物，连称为“太阳的尼姑庵”中的百位美女亦不知去向，整个库斯科城成了一个死的世界。
究竟印加帝国的人们以及财富，何以霎时之间消失的无影无踪？至今仍令历史学家们费思难解。有一种说法是印加人民自知抵抗不过刀剑锐利、心思狠毒的西班牙人，于是用竹筏载满国王的木乃伊和国内所有的金银财宝，经向上天祈祷过后，把这些昂贵的宝物沉到两百五十公尺深的喀喀湖中。然而仔细思考，印加人拥有七万骑精锐，难道不敢和一百八十名西班牙人做殊死战，而任由皮萨罗横行霸道？却私下做大迁移，逃向不为世人知晓的高山中，这似乎说不通。
然而今日许多考古学家在绵延的安第斯山脉中，陆续发掘到许多印加帝国的遗迹，证明印加人确实曾经抛弃辛苦经营的帝国，而在蛮荒的山地中再建王国。
在玛殊比殊地方，考古学家丙海姆发现了一个洞穴，两边排着雕凿极工整的石块，可能为一陵墓。陵墓上是一座半圆形建筑物，外墙顺着岩石的天然形势建造，契合的巨石间插不进一张纸。墙是用纹理精细的纯白花岗岩方石砌成，匠心独具，颇有艺术价值。在这山上的墓穴中的骨骸，女性占绝大多数，从其中贵重的明器也表示她们是重要的人物，是否当年“太阳的尼姑庵”中的美女被送到这里，继续为印加帝国祈祷呢？
由于印加人民没有发明文字记载，使得遗留下来的问题更具神秘性。又有一班学者根据印加人的记录，大胆推测当时印加帝国虽然拥有高度文明，但却被突袭而来的恐怖瘟疫，横扫全国。
然而就算是发生瘟疫，难道当时的西班牙人具有免疫力？即使印加人认命了，纷纷向瘟疫低头，垂首等死，试想一千多万的人口，如何能消灭殆尽？
遗留下来的谜，疑云重重，仿佛替古代印加帝国的神秘灭亡增添点点色彩，有没有可能在西班牙人入侵印加帝国后，另一位国王瓦斯卡尔率领着数以百万的印加人深入蛮荒的安第斯山中，以无比坚毅的信念与勇气，在整座山上建筑藏身的栖息之所。于是一座座宏伟的建筑物在隐秘的丛林中再现，当他们养精蓄锐，打算再度恢复当年的印加势力时，一场大瘟疫侵袭，残存的印加人无力再重新振奋势力，只得继续逗留在丛林中，埋葬死者，消灭遗迹。为了避免再度引起纷争，他们销毁了高度的文明，企图掩饰当年印加帝国的强盛……然后以最简单的方式，聚集部落为生，形成今日印第安人的祖先呢？
众说纷纭，有待历史学家、考古学家们集思广益，为它寻求一个正确的解释。