第一步，采收与采后处理。用于贮藏的花椰菜应在花球茎部的花枝松散前收获，以色泽淡白、组织紧密、大小适中的晚熟品种耐贮性最好。收获时间应选择在天气晴朗、土壤干燥的早晨采收。收获时一般保留2～3轮外叶，以便对内部花球起一定保护作用。花椰菜黑斑病为贮藏中的主要病害，最初使花芽脱色，随后变褐。为控制病害发生，可在采收前2～7天用扑海因1250～2000倍液喷花，也可在入贮前用100毫克/千克的次氯酸钙处理，以便减少贮藏中的霉烂。
青花菜采收前2天不要浇水，采收前用10～20毫克/千克BA（6苄基腺嘌呤）液喷洒花球，也可在采后用保鲜剂（20毫克/千克BA液+0.2%苯甲酸钠液）处理，但要将浮水晾干后才能入库贮藏。
第二步，预冷。花椰菜和青花菜采后经挑选、修整及保鲜处理后应立即放入预冷库预冷。特别是青花菜，为防止变色、变老和延长保鲜期，最关键的措施是采收后尽快处于低温条件下，在20℃～25℃室温放置1～2天，花蕾、花茎就会失绿转黄，所以，最好能在3～6小时内降至1℃～2℃。通过-17℃低温快速预冷的方法，可在5小时内使菜温降至所要求的低温。
第三步，包装。花椰菜和青花菜在包装时，将茎部朝下码在筐中，最上层蔬菜低于筐沿。为减少蒸腾凝聚的水滴落在花球上引起霉烂，也可将花球朝下放。严禁使用竹筐或柳条筐装运，有条件的可直接用聚苯乙烯泡沫箱装载，装箱后立即加盖入库。为延长保鲜期，可使用0.015～0.03毫米厚的聚乙烯薄膜单花球包装，必要时在袋上打2个小孔，能起到良好的自发调气作用。用聚乙烯袋密封，加硅橡胶窗（硅窗法）包装，贮藏效果更佳。
第四步，贮藏运输。贮藏温度要求为0℃～1℃，湿度为90%～95%，因此最好用机械冷藏库贮藏。为了保湿，在库内对没有内包装的产品，堆垛四周，罩上塑料膜，薄膜边沿留有自然开缝，不全封闭。运输要求用冷藏车，温度不宜高于4.5℃，否则小花蕾会很快黄化。对于没有冷藏设备条件贮运的，可于采收后及时在包装箱内加冰块降温，加冰量占箱总体积的1/3～2/5，并尽快运至目的地。
为防止花椰菜和青花菜在贮藏期间有乙烯释出，贮藏管理中应注意适时通风换气，或在顶层留出空间放置乙烯吸收剂。