鼠标的分类方法很多，通常按接口形式、内部构造进行分类。
（1）按接口分类。鼠标可以分为COM、PS/2、USB三类，传统的鼠标是COM口连接的，它占用了一个串行通讯口。由于丰富的外设不断涌出和主板频繁的升级，人们逐渐开始使用PS/2鼠标，把本来为数不多的串行通讯口让给其他外设使用。PS/2鼠标是目前市场上的主流产品，作为替代COM鼠标的接班人，目前市场份额已经相当的大，而且种类繁多，造型多样。随着USB接口的兴起，不甘落后的厂家纷纷推出了各自的USB接口鼠标。
（2）按内部构造分类。这是鼠标分类最常用的一种方式，可以分为机械式、光机式、光电式和无线式四大类。
其一，机械式鼠标。机械式鼠标的结构最为简单，由鼠标底部的胶质小球带动X方向滚轴和Y方向滚轴，在滚轴的末端有译码轮，译码轮附有金属导电片与电刷直接接触。鼠标的移动带动小球的滚动，再通过摩擦作用使两个滚轴带动译码轮旋转，接触译码轮的电刷随即产生与二维空间位移相关的脉冲信号。由于电刷直接接触译码轮和鼠标小球与桌面直接摩擦，所以精度有限，电刷和译码轮的磨损也较为厉害，直接影响机械鼠标的寿命。因此，机械式鼠标已基本淘汰而被同样价廉的光机鼠标取而代之。
其二，光机鼠标。就是一种光电和机械相结合的鼠标，是目前市场上最常见的一种鼠标。光机鼠在机械鼠标的基础上，将磨损最厉害的接触式电刷和译码轮改进成为非接触式的LED对射光路元件（主要是由一个发光二极管和一个光栅轮），在转动时可以间隔的通过光束来产生脉冲信号。由于采用的是非接触部件使磨损率下降，从而大大地提高了鼠标的寿命，也能在一定范围内提高鼠标的精度。光机鼠标的外形与机械鼠标没有区别，不打开鼠标的外壳很难分辨。出于这个原因，虽然市面上绝大部分的鼠标都采用了光机结构，但习惯上人们还称其为机械式鼠标。
（3）光电鼠标。光电鼠标通过发光二极管（LED）和光敏管协作来测量鼠标的位移，一般需要一块专用的光电板将LED发出的光束部分反射到光敏接收管，形成高低电平交错的脉冲信号。这种结构可以做出分辨率较高的鼠标，且由于接触部件较少，鼠标的可靠性大大增强，适用于对精度要求较高的场合，不仅手感舒适操控简易，而且实现了免维护，使新一代轨迹球的寿命大大的提高。在笔记本电脑中则广泛采用压力感应板和操纵杆替代传统的小球体，使抗污垢的能力有大幅的增强。
（4）激光鼠标。激光鼠标要比一般的光电鼠标更先进，使用的激光穿透力更强，定位更精确，无论是在手上还是不平的地方都可以使用自如，但惟一的缺憾是不能在玻璃上使用，因为激光鼠标的光是有穿透力的，遇到实物以后光被反射回来，才能形成鼠标移动，玻璃是双面透明介质，光照射到玻璃后无法正常反射回来，所以鼠标就不能工作了。
（5）无线鼠标。这种无线鼠标利用数字、电子、程序语言等原理，内装微型遥控器，以干电池为能源，可以远距离控制光标的移动。由于这种新型无线鼠标与电脑主机之间无需用线连接，操作人员可在一米左右的距离自由遥控，并且不受角度的限制，所以这种鼠标与普通鼠标相比有较明显的优点。