（1）原料处理一般分为四道工序。
豆饼粉碎。豆饼粉碎是为润水、蒸熟创造条件的重要工序。一般认为原料粉碎越细，表面积越大，曲霉繁殖接触面就越大，在发酵过程中分解效果就越好，可以提高原料利用率；但是碎度过细，润水时容易结块，对制曲、发酵、浸出、淋油都不利，反而影响原料的正常利用。所以细碎程度必须适当控制，只要大部分达到米粒大小就行。
润水。润水是使原料中含有一定的水分，以利于蛋白质的适度变性和淀粉的充分糊化，并为米曲霉的生长繁殖提供一定水分。常用原料配比为豆饼∶麸皮=100∶（50～70），加水量通常按熟料所含水分（化验值）控制在45％～50%之间（夏季控制高线，冬季控制低线，春、秋季控制中线）。如使用冷榨豆饼，要先行干蒸，使蛋白质凝固，防止结块，然后加水润料。润水时要求水、料分布均匀，使水分充分渗入料粒内部。
蒸料。蒸料是使原料中的蛋白质适度变性及淀粉糊化，成为容易为酶作用的状态。此外，还可以通过加热蒸煮，杀灭附在原料表面的微生物，以利于米曲霉的生长。用旋转式蒸煮锅蒸料，应先排放进气管中的冷凝水，原料冷榨豆饼经干蒸、润水后，开放排气阀排除冷气，以免锅内形成假压，影响蒸料效果。至排气管开始喷出蒸汽时，关闭排气阀，待压力升至29千帕时，再一次排放冷气，压力表降到零位，然后按要求升压，蒸料压力一般控制在78～147千帕左右，维持15～30分钟。在蒸煮过程中，蒸锅应不断转动。蒸料完毕后，立即排气，降压至零，然后关闭排气阀，开动水泵用水力喷射器进行减压冷却。锅内品温迅速冷至需要的程度（约50℃），即可开锅出料。
其他原料的处理。使用小麦、玉米、碎米或高粱作为制曲原料时，一般应先经炒焙，使淀粉糊化及部分糖化，杀死原料表面的微生物，增加色泽和香气，也可以将上述原料直接磨细后，进行液化、糖化，用于发酵。以其他种子饼粕作为原料的处理方法与豆饼大致相同。米糠饼可经细碎作为麸皮的代用品。
（2）制曲。当前国内大都采用厚层通风制曲。原料经蒸熟出锅，在输送过程中打碎小团块，然后接入种曲。种曲在使用前可与适量新鲜麸皮（最好先经干热处理）充分拌匀，种曲用量为原料总质量的0.3％左右，接种温度以40℃左右（夏季35℃～40℃，冬季40℃～45℃）为好，并注意搞好卫生。曲料接种后移入曲池，厚度一般为20～30厘米，堆积疏松平整，并及时检查通风，调节品温至28℃～30℃，静止培养6小时（其间隔1～2小时，通风l～2分钟，以利孢子发芽），品温即可升至37℃左右，开始通风降温。以后根据需要，间歇或持续通风，并采取循环通风或换气方式控制品温，使品温不高于35℃。入池11～12小时左右，品温上升很快，此时由于菌丝结胀，通风阻力增大，料层温度出现下低上高现象，并有超过35℃的趋势，此时应即进行第一次翻曲。以后再隔4～5小时，根据品温上升及曲料收缩情况，进行第二次翻曲。此后继续保持品温在35℃左右，如曲料又收缩裂缝，品温相差悬殊时，还要采取1～2次铲曲措施（或以翻代铲）。入池18小时以后，曲料开始生孢子，仍应维持品温32℃～35℃，至孢子逐渐出现嫩黄绿色，即可出曲。如制曲温度掌握略低一点，制曲时间可延长至35～40小时，对提高酱油质量有好处。制曲过程中，要加强温度、湿度及通风管理，不断巡回观察，定时检记品温、室温、湿度及通风情况。
（3）发酵。①食盐水配制。根据经验，100千克水中溶解食盐1.5千克左右，可以配成1波美的盐水，食盐在水中溶解后，以波美比重计测定盐水浓度。②制醅。将准备好的1l～12波美的盐水（根据实际需要确定，一般发酵周期长，盐水浓度高些），加热至50℃～55℃，再将成曲和盐水充分拌匀后入池。拌盐水时要随时注意掌握水量大小，通常在醅料入池最初的15～20厘米厚的醅层时，应控制盐水量略少，以后逐步加大水量，至拌完后以能剩余部分盐水为宜。最后将此盐水均匀淋于醅面，待盐水全部吸入料内，再在醅面封盐。盐层厚约3～5厘米，并在池面加盖。成曲拌加的盐水量要求为原料总质量的65％～100％为好。成曲应及时拌加盐水入池，以防久堆造成“烧曲”。在拌盐水前应先化验成曲水分，再计量加入盐水，以保证酱配的水分含量稳定。入池后，酱醅品温要求为42℃～50℃，发酵8天左右，酱醅基本成熟。为了增加风味，通常延长发酵期为12～15天。发酵温度如进行分段控制，则前期为40℃～48℃，中期为44℃～46℃，后期为36℃～40℃。分段控制有利于成品风味的提高，但成品色泽较浅，发酵期间要有专人负责管理，按时检验记录温度，如发现不正常现象，要及时采取必要的措施纠正。固态低盐发酵的操作要特别注意盐水浓度和控制制醅用盐水的温度，制醅盐水量要求底少面多，并恰当地掌握发酵温度。
（4）浸出。浸出是指在酱醅成熟后利用浸泡及过滤的方式将其可溶性物质溶出。浸出包括浸泡、过滤两个工序。
第一，浸泡。浸泡按生产各种等级酱油的要求，酱醅成熟后，可先加入二淋油浸泡（预热至70℃～80℃），加入二淋油时，醅面应铺垫一层竹席，作为“缓冲物”。二淋油用量通常应根据计划产量增加25%～30%。加二淋油完毕，仍盖紧容器，防止散热。2小时后，酱醅上浮（如醅块上浮不散或底部有黏块，均为发酵不良，影响出油）。浸泡时间一般要求20小时左右，品温在60℃以上。延长浸泡时间，提熟浸泡温度，对提高出品率和加深成品色泽有利。如为移池浸出，必须保持酱醅疏松，必要时可以加入部分谷糠拌匀，以利浸滤。
第二，过滤。在大生产中，根据设备容量的具体条件，可分别采取间歇过滤和连续过滤两种形式。酱醅经浸泡后，生头淋油可以从容器的假底下放出，溶加食盐，待头油将完（注意醅面不要露出液面），关闭阀门，再加入预热至80℃～85℃的三淋油，浸泡8～10小时，滤出二淋油（备下次浸醅用）；然后再加入热水（也可以用自来水）浸泡2小时左右，滤出三淋油备用。总之，头淋油是产品，二淋油套出头淋油，三淋油套出二淋油，最后用清水套出三淋油，这种循环套淋的方法，称为间歇过滤法。但有的工厂由于设备不够，也有采用连续过滤法的。即当头淋油将滤光，醅面尚未露出液面时，及时加入热三淋油，浸泡1小时后，放淋二淋油；又如法滤出三淋油。如此操作，从头淋油到三淋油总共仅需8小时左右。滤完后及时出渣，并清洗假底及容器。三淋油不及时使用，必须立即加盐，以防腐败。在过滤工序中，酱醅发黏、料层过厚、拌曲盐水太多、浸泡温度过低、浸泡油的质量过高等因素，都会直接影响淋油速度和出品率，所以，必须引起重视。