第九条分配重点污染物排放总量控制指标，应当遵循公开、公平、公正的原则，并按照科学、统一的标准执行。总量控制指标分配办法由国务院环境保护部门商国务院有关部门制定。
第十条县级以上地方人民政府环境保护部门根据总量控制实施方案，审核本行政区域内向该水体排污的单位的重点污染物排放量，对不超过排放总量控制指标的，发给排污许可证；对超过排放总量控制指标的，限期治理，限期治理期间，发给临时排污许可证。具体办法由国务院环境保护部门制定。
第十一条总量控制实施方案确定的削减污染物排放量的单位，必须按照国务院环境保护部门的规定设置排污口，并安装总量控制的监测设备。
第十二条国家确定的重要江河流域所在地的省、自治区、直辖市人民政府，应当执行国务院批准的省界水体适用的水环境质量标准。
第十三条国家确定的重要江河流域的省界水体的水环境质量状况监测，必须按照国务院环境保护部门制定的水环境质量监测规范执行。
第十四条城市建设管理部门应当根据城市总体规划，组织编制城市排水和污水处理专业规划，并按照规划的要求组织建设城市污水集中处理设施。
第十五条城市污水集中处理设施出水水质，按照国家规定的或者地方规定的污染物排放标准执行。
城市污水集中处理的营运单位，应当对城市污水集中处理设施的出水水质负责。
环境保护部门应当对城市污水集中处理设施的出水水质和水量进行抽测检查。
第十六条被责令限期治理的排污单位，应当向作出限期治理决定的人民政府的环境保护部门提交治理计划，并定期报告治理进度。
作出限期治理决定的人民政府的环境保护部门，应当检查被责令限期治理的排污单位的治理情况，对完成限期治理的项目进行验收。
被责令限期治理的排污单位，必须按期完成治理任务；因不可抗力不能在规定的期限内完成治理任务的，必须在不可抗力情形发生后1个月内，向作出限期治理决定的人民政府的环境保护部门提出延长治理期限申请，由作出限期治理决定的人民政府审查决定。
第十七条环境保护部门和海事、渔政管理机构对管辖范围内向水体排放污染物的单位进行现场检查时，应当出示行政执法证件或者佩戴行政执法标志。
第十八条环境保护部门和海事、渔政管理机构进行现场检查时，根据需要，可以要求被检查单位提供下列情况和资料：
（一）污染物排放情况；
（二）污染物治理设施及其运行、操作和管理情况；
（三）监测仪器、仪表、设备的型号和规格以及检定、校验情况；
（四）采用的监测分析方法和监测记录；
（五）限期治理进展情况；
（六）事故情况及有关记录；
（七）与污染有关的生产工艺、原材料使用的资料；
（八）与水污染防治有关的其他情况和资料。
第十九条企业事业单位造成水污染事故时，必须立即采取措施，停止或者减少排污，并在事故发生后48小时内，向当地环境保护部门作出事故发生的时间、地点、类型和排放污染物的种类、数量、经济损失、人员受害及应急措施等情况的初步报告；事故查清后，应当向当地环境保护部门作出事故发生的原因、过程、危害、采取的措施、处理结果以及事故潜在的危害或者间接危害、社会影响、遗留问题和防范措施等情况的书面报告，并附有关证件。
环境保护部门收到水污染事故的初步报告后，应当立即向本级人民政府和上一级人民政府环境保护部门报告，有关地方人民政府应当组织有关部门对事故发生的原因进行调查并采取措施，减轻或者消除污染。县级以上人民政府环境保护部门应当组织对事故可能影响的水域进行监测，并对事故进行调查处理。
船舶造成水污染事故时，必须立即向就近的海事管理机构报告。造成渔业水体污染事故的，必须立即向事故发生地的渔政管理机构报告。海事或者渔政管理机构接到报告后，应当立即向本级人民政府的环境保护部门通报情况，并及时开展调查处理工作。
水污染事故发生或者可以发生跨行政区域危害或者损害的，事故发生地的县级以上地方人民政府应当及时向受到或者可能受到事故危害或者损害的有关地方人民政府通报事故发生的时间、地点、类型和排放污染物的种类、数量以及需要采取的防范措施等情况。
三防止地表水污染
第二十条跨省、自治区、直辖市的生活饮用水地表水源保护区，由有关省、自治区、直辖市人民政府协商划定；协商不成的，由国务院环境保护部门会同国务院水利、国土资源、卫生、建设等有关部门提出划定方案，报国务院批准。
其他生活饮用水地表水源保护区的划定，由有关市、县人民政府协商提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府环境保护部门会同同级水利、国土资源、卫生、建设等有关部门提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府批准。
生活饮用水地表水源保护区分为一级保护区和二级保护区。
第二十一条生活饮用水地表水源一级保护区内的水质，适用国家《地面水环境质量标准》Ⅱ类标准；二级保护区内的水质，适用国家《地面水环境质量标准》Ⅲ类标准。
第二十二条生活饮用水地表水源一级保护区的保护，依照水污染防治法第二十条的规定执行。
第二十三条禁止在生活饮用水地表水源二级保护区内新建、扩建向水体排放污染物的建设项目。在生活饮用水地表水源二级保护区内改建项目，必须削减灌溉物排放量。
禁止在生活饮用水地表水源二级保护区内超过国家规定的或者地方规定的污染物排放标准排放污染物。
禁止在生活饮用水地表水源二级保护区内设立装卸垃圾、油类及其他有毒有害物品的码头。
第二十四条利用工业废水和城市污水进行灌溉的，县级以上地方人民政府农业行政主管部门应当组织对用于灌溉的水质及灌溉后的土壤、农产品进行定期监测，并采取相应措施，防止污染土壤、地下水和农产品。
第二十五条在内河航行的船舶，应当配置符合国家规定的防污设备，并持有船舶检验部门签发的合格证书。
船舶无防污设备或者防污设备不符合国家规定的，应当限期达到规定的标准。
第二十六条在内河航行的船舶，必须持有海事管理机构规定的防污文书或者记录文书。在内河航行的150总吨以上的油轮和400总吨以上的非油轮，必须持有油类记录本。
第二十七条港口或者码头应当配备含油污水和垃圾的接收与处理设施。接收与处理设施由港口经营单位负责建设、管理和维护。
在内河航行的船舶不得向水体排放废油、残油和垃圾。在内河航行的客运、旅游船舶，必须建立垃圾管理制度。
第二十八条在港口的船舶进行下列作业，必须事先向海事管理机构提出申请，经批准后，在指定的区域内进行。
（一）冲洗载运有毒货物、有粉尘的散装货物的船舶甲板和舱室；
（二）排放压舱、洗舱和机舱污水以及其他残余物质；
（三）使用化学消油剂。
第二十九条船舶在港口或者码头装卸油类及其他有毒有害、腐蚀性、放射性货物时，船方和作业单位必须采取预防措施，防止污染水体。
第三十条船舶发生事故，造成或者可能造成水体污染的，海事管理机构应当组织强制打捞清除或者强制拖航，由此支付的费用由肇事船方承担。
第三十一条造船、修船、拆船、打捞船舶的单位，必须配备防污设备和器材；进行作业时，应当采取预防措施，防止油类、油性混合物和其他弃物污染水体。
四防止地下水污染
第三十二条生活饮用水地下水源保护区，由县级以上地方人民政府环境保护部门会同同级水利、国土资源、卫生、建设等有关行政主管部门，根据饮用水水源地所处的地理位置、水文地质条件、供水量、开采方式和污染源的分布提出划定方案，报本级人民政府批准。
生活饮用地下水源保护的水质，适用国家《地下水质标准》Ⅱ类标准：
第三十三条禁止在生活饮用水地下水源保护区内从事下列活动：
（一）利用污水灌溉；
（二）利用含有毒污染物的污泥作肥料；
（三）使用剧毒和高残留农药；
（四）利用储水层孔隙、裂隙、溶洞及废弃矿坑储存石油、放射性物质、有毒化学品、农药等。
第三十四条开采多层地下水时，对下列含水层应当分层开采，不得混合开采：
（一）半咸水、咸水、卤水层；
（二）已受到污染的含水层；
（三）含有毒有害元素并超过生活饮用水卫生标准的水层；
（四）有医疗价值和特殊经济价值的地下热水、温泉水和矿泉水。
第三十五条揭露和穿透含水层的勘探工程，必须按照有关规范要求，严格做好分层止水和封孔工作。
第三十六条矿井、矿坑排放有毒有害废水，应当在矿床外围设置集水工程，并采取有效措施，防止污染地下水。
第三十七条人工回灌补给地下饮用水的水质，应当符合生活饮用水水源的水质标准，并经县级以上地方人民政府卫生行政主管部门批准。
五法律责任
第三十八条依照水污染防治法第四十六条第一款第（一）项、第（二）项、第（四）项规定处以罚款的，按照下列规定执行：
（一）拒报或者谎报国务院环境保护部门规定的有关污染物排放申报登记事项的，可以处1万元以下的罚款；
（二）拒绝环境保护部门或者海事、渔政管理机构现场检查，或者弄虚作假的，可以处1万元以下的罚款；
（三）不按照国家规定缴纳排污费或者超标排污费的，除追缴排污费或者超标排污费及滞纳金外，可以处应缴数额50%以下的罚款。
第三十九条依照水污染防治法第四十六条第一款第（三）项规定处以罚款的，按照下列规定执行；
（一）向水体排放剧毒废液，或者将含有汞、隔、砷、铬、氰化物、黄磷等可溶性剧毒废渣向水体排放、倾倒或者直接埋入地下的，可以处10万元以下的罚款；
（二）向水体排放、倾倒放射性固体废弃物、油类、酸液、碱液或者含有高、中放射性物质的废水的，可以处5万元以下的罚款；
（三）向水体排放船舶的残油、废油，或者在水体清洗装贮过油类、有毒污染物的车辆和容器的，可以处1万元以下的罚款；
（四）向水体排放、倾倒工业废渣、城市生活垃圾，或者在江河、湖泊、运河、渠道、水库最高水位线以下的滩地和岸坡存贮固体废弃物的，可以处1万元以下的罚款；
（五）向水体倾倒船舶垃圾的，可以处2000元以下的罚款；
（六）企业事业单位利用溶洞排放、倾倒含病原体的污水或者其他废弃物的，可以处2万元以下罚款；利用渗井、渗坑、裂隙排放含有毒污染物的废水的，可以处5万元以下的罚款。