费用开支范围
规定费用开支范围，按照规定的开支标准和提存比例计算应计的费用，是保证水运成本核算准确性，按照不同的成本核算对象进行成本核算的第一步。船舶运输成本应计入的费用主要有：包括船员和管理部门职工的工资及按工资总额计提的工资附加费；包括船舶在内的生产和管理部门耗用的燃料、物料、低值易耗品、工属具、劳保用品等费用以及外付的装卸费、动力及照明费；按照规定提取的船舶和其他固定资产的基本折旧基金、修理基金及中小修理费用；船舶的港口费、货物装卸费及代理费；船舶海损、机损和运输过程中发生的货损、货差等事故损失的赔偿金；生产和管理部门发生的其他应计入成本的费用。 水运成本核算的准确性，还决定于费用项目分类的合理性。为了研究和分析水运成本变动的情况及其原因，需要按照成本核算不同对象的要求，对费用项目进行合理的分类。最常用的分类方法主要有以下几种。
1.按费用的经济性质分类。根据费用的经济性质，船舶运输生产的营运费用主要包括物化劳动和活劳动两部分消耗所需费用。物化劳动消耗所需费用包括运输生产耗用的燃料、材料、动力的费用，因使用各种固定资产而提取的折旧，以及其他各种物质消耗的支出；活劳动消耗所需费用包括支付给船员和职工的工资及工资附加费。按这种方法分类的各种费用项目为单要素费用，或称营运费用要素，即不论费用发生的地点，也不论成本核算的对象，凡属同一经济性质的费用，均作为一个费用要素的费用。将上述各项费用按费用要素分类组织核算是成本核算的最简单方法，它可以从总体上研究和分析各要素的消耗情况，研究营运费用的构成，就占比重较大的费用要素采取节约费用的措施，争取尽可能大的经济效益。
2.按费用的经济用途分类。根据费用的实际用途和发生地点进行归类，是核算各项不同业务成本的基础。按这种方法划分的各种费用项目称为成本项目。因此这种分类方法又称按成本项目分类。航运企业可以将船舶运输成本分为船舶费用和企业管理费两个成本项目。其中船舶费用指船舶从事客货运输所发生的各项费用，包括船员工资、船员伙食费、工资附加费、燃料费、润料费、材料费、船舶基本折旧、修理基金提存、保险费、港口费、货物费、垫舱物料费、事故损失和其他费用等。不是直接发生于营运船舶从事的运输业务，而属于航运企业经营各项业务共同发生的费用，如职工的工资、办公用房的基本折旧和其他办公费用等归集为企业管理费。营运费用按经济用途分类，可以据以核算企业所经营各类业务的成本，既便于研究分析成本升降的具体原因，寻求节约营运费用的途径，也为制定费率（如运价）提供必要的依据。
3.按费用计入成本核算对象的方法分类。营运费用按计入成本的方法可分为直接费用和间接费用，或称直接成本和间接成本。直接费用指从事某种业务作业时直接发生的，可以直接计入而不需要通过分配方法计入成本核算对象的费用；间接费用指为进行几种业务而共同发生的只有按照规定的分配方法和分配标准，经过分摊才能分别计入各成本核算对象的费用。在以各个营运船舶为对象核算单船成本时，所有的船舶费用均可按照费用发生地点，直接计入每一单船成本，这些都是直接费用，而企业管理费则是经营各营运船舶共同发生的费用，只能通过一定的分配方法，分配计入各单船成本，所以属于间接费用。
营运费用按计入成本核算对象的方法分类的主要目的在于尽可能使各种费用计入应计入的成本核算对象中，以求正确反映成本水平，有的放矢地寻求降低成本的途径。
4.按费用与产品产量的关系分类。营运费用按其发生数额与产品产量的关系可分为固定费用和变动费用，或称固定成本和变动成本。固定费用是指在一定时期内，其数额与产品、产量、航线等没有直接关系的费用；变动费用是指在一定时期内，费用总额与产品、产量、航线等有直接或一定比例关系的各项费用。当核算船舶航次成本时，船舶固定费用包括船员工资、船员伙食费、航行津贴、工资附加费、润料费、材料费、船舶基本折旧费、修理基金提存、保险费和其他与产品、产量（客货周转量）无直接关系的费用，而船舶变动费用包括燃料费、港口费、货物费、垫舱物料费等。划分固定费用和变动费用既有利于成本分析，也便于在航次租船中就具体航次估算运价。此外，还易于探索降低成本的方向和途径。比如固定费用与产量等因素变动的关系不大，因此，降低这部分费用，主要应该在节约支出的绝对量方面采取措施；变动费用因与产量的变动有直接关系，因此，降低这部分费用，主要应从提高船舶和港口的工作效率方面着手，同时采取措施降低各种消耗定额。
港口费
港口费是指船舶进出港口和在港作业、停留所要支付的一切费用，又称港口使费。船舶和货物进出港口和在港内停留，因通过港口水域和航道，使用港口泊位、机械、仓库、堆场和其他设施，委托港口或其他业务机构进行装卸、理货、堆存和保管业务以及其他各种服务，要向港口管理机构和其他业务服务机构支付费用，并向港口所在地的政府或地方当局缴付税捐。港口费是船舶进行货物运输过程中不可少的支出，是运输成本的重要组成部分，在船舶运输总成本中占有相当大的比重。采取措施减少港口费的支出，是降低船舶运输成本，提高船舶营运效益的主要途径之一。
港口费的费目繁多。不同国家，甚至一国的不同港口，或同一港口的不同码头，因为费用分别由提供不同劳务的机构征收，而收费规定又不同，所以费目名称不尽相同，计费办法也各异。但是按费用的性质，港口费的费目主要有五个方面：①各个国家对进出国境的外籍船舶征收的具有关税性质的船舶吨税。②为保持港口水域、航道经常畅通，使船舶能安全进出港口和装卸货物，而向使用港口水域、航道、设备的船舶和进出港口的进出口货物征收的港务费。这种费用不是按提供的劳务或服务计收。而是按当地主管机关的规定计收，因而又称规费。③港口有关机构因向船舶或货物提供装卸货物或理货的劳务，或向船舶或货物提供与装卸货物密切相关的其他劳务，或向船舶提供领航、移泊、拖船、泊位、系解缆，或向货物提供库场、堆存等劳务或设备而收取的装货费、卸货费、理货费、验舱费、熏舱费、平舱费、绑扎费、起货机工力费、领航费、移泊费、拖船费、系解缆费、停泊费、货物堆存费等。④船舶代理人接受委托，代办船舶进出港口的申报手续，代揽货载，联系安排船舶在港内各项作业和其他业务，而向委托人计收的代理费（见船舶代理）。⑤港口有关机构提供其他杂项作业的劳务和出租港务船、车辆、机械设备等，向委托人或使用人收取的使用服务费。
中华人民共和国成立以前，港口费的费目和计费办法非常混乱。中华人民共和国成立后，交通部立即着手港口费收制度的改革，费目和计费办法逐步趋向统一和简化。当前，我国港口的港口费按交通部颁布的《航行国际航线船舶及国外进出口货物海港费收规则》、《航行国内航线船舶及国内进出口货物海港费收规则》和《长江港口费收规则》计收。前者适用于全国对外贸易的港口，后两者适用于沿海和长江的交通部直属港口。地方水运主管部门根据本地区的情况，另订有地方沿海或内河港口的港口费收规则。我国现行的港口费收规则费目简明，计算方法简便。除船舶吨税按海关规定计收，代理费和理货费分别按照外轮代理公司和外轮理货公司规定的费目和计费办法计收外，《航行国际航线船舶及国外进出口货物海港费收规则》规定的费目只有领航费、移泊费、系解缆费、船舶港务费、货物港务费、停泊费、装卸费、开关舱费、起货机工力费，以及属于使用服务费的租用港口船舶、机械、设备和其他杂项费用等。另外，对国际过境货物，则以包干费的形式，计收包括在中转港发生的装卸、搬运、港内驳运、堆存等费用在内的转口费。
水运运价
水路客货运输产品（旅客或货物的位移）的单位价格或收费标准。水运运价按运输对象可分为客运运价和货物运价。前者通常以每一旅客为单位，按不同的乘船等级和航线，以运价表的形式公布；后者则因货物种类繁多、积载因数（每一吨货物在货舱中正常堆积时所占的空间或舱容）不等、价值高低悬殊、运输条件和港口条件不同，以及国际航运市场情况复杂等原因，除要将货物适当归类，按不同距离或不同航线和不同的计费单位（容积吨、重量吨或从价运价），规定每一运费吨（按每一种货物的重量或体积计算运费的单位，又称计费吨）的运价外，还须针对各种情况，规定具体的运费计算规则。因此，通常所说的水运货物运价，既指每一运费吨的运价，也包括所规定的运费计算规则。水运货物运价还可按运输区间分为沿海运价、内河运价和远洋运价。在我国，则分为沿海运价、长江运价、地方内河运价和远洋运价，前三者属国内水运货物运输的运价，后者为国际水运货物运价。
国内水运货物运价
在我国，国内水运货物运价是国家规定的计划价格。计算运费的根据是《中华人民共和国交通部直属水运企业货物运价规则》或各省市、自治区水运主管部门制定的适用于所属企业，船舶的运价规则。
我国国内水运货物运价是级差运价和递远递减的距离运价相结合的运价。级差运价有利于体现国家的运价政策。为了促进工农业生产，改善人民生活和简化运费计算，根据货物的性质、用途、价值、积载因数、运输和装卸条件，以及运输成本、企业积累和与其他运输方式的比价，将可以使用同一运价水平的货物加以适当归类，按运价的高低，将货物分别归属于各运价等级，属于同一运价等级的货物，使用同一运价。递远递减的距离运价反映了运输成本递远递减的规律，将基本运价分为固定不变的停泊基价和随运输距离延长而递远递减的航行基价。为了简化计算运费的手续，通常都以货运运价表的形式，表示各运价等级在各运输距离区段的递远递减的距离运价。运价表中，将运输距离划分为若干个区段，以每个区段的中值代表各该距离区段的距离，按规定的停泊基价和递远递减的航行基价，算出在各距离区段范围内运输每货运单位货物的运价。在采用级差运价和递远递减的距离运价相结合的运价条件下，只要在运价本中查明起运港和目的港间的距离，以及货物的运价等级，再在运价表相应的运价等级和相应的运输距离区段项下查出各该货物的运价，然后乘以各该货物的计费单位数，即可计算出应计收的运费。
国际水运货物运价
远洋运输船舶承运货物，除定期租船按照租期长短和约定的租价计收租金外，承运人或船舶所有人或船舶经营人以班轮运输方式或航次租船方式承运货物，均按承运货物的种类、数量、航线和规定（或约定）的运价计收运费。班轮运价和航次租船运价的制定方法与表现形式不同，油船运输虽然大多采用航次租船方式，但其运价的制定方法和形式却不同于一般航次租船。
班轮运价
班轮运输是按照船公司或班轮公会制定并事先公布的运价和计费规则计收运费的。远洋运输的班轮运价主要采用级差运价和航线运价相结合的运价。船公司或班轮公会通常都根据不同货物对运费的负担能力、运输成本和竞争情况，将货物划分为若干运价等级，为每条航线规定不同运价等级货物的运价。在同一航线上，各个基本港口之间，同一运价等级货物的运输，都适用同一运价。至于航线上运往基本港口以外的其他港口的货物运输，或超出正常情况，属于特定条件下的货物运输，则在基本运价之外，另要加收附加费，如转船附加费、直航附加费或其他种类附加费。
航次租船运价航次租船运输是按照船舶所有人（即出租人）和承租人之间在租船合同中约定的运价和装运货物的数量计算运费的。有时也以一个运费总额包干。航次租船运价常决定于租船市场上运力的供给和需求关系，而其升降幅度则常受货物对运费的负担能力和运输成本的限制。一般说来，航次租船的运价水平以货物对运费的负担能力为上限，以船舶运输成本为下限，随着租船市场上供求关系的变化而上下浮动。但是，当租船市场受经济危机影响，长期供过于求，运价持续下降时，只要各该航次的营运损失低于停航损失，船舶所有人有时也不得不接受低于运输成本的运价。
国际油船运价
油船航次租船合同中，关于运价通常都是以船舶所有人和承租人同意的，由某一国际航运组织或经纪人组织制定的油船费率表所规定的费率为基准，按租船市场行情确定增减的百分比，以指数或增减百分数来表示的。当前国际油船租船市场上，广泛使用的费率表是伦敦国际油船费率表协会和纽约油船经纪人和代理人协会共同制定的《世界油船（基本）费率表》。
《世界油船（基本）费率表》由基本费率、附加差额、延滞费率和其他条款等四部分组成。费率表中所罗列的各航线的基本费率，实际上是一艘标准化油船以其标准的船舶规范、标准的营运条件和营运费用，运输一吨油类货物的运输成本。附加差额则是在基本费率外，为了补偿船舶所有人因通过运河或其他原因所增加的费用支出而增收的附加费。关于延滞费率，费率表一方面规定了装货和卸货时间共为72小时，另一方面则按船舶载重吨位从6500吨至399999吨划分为106个组，分别为每组船舶规定不同的延滞费率，以补偿不同吨位船舶因延滞所蒙受的不同程度的船期损失。至于其他条款，则属于有关油船在港口所发生部分费用分担的规定。
当船舶所有人和租船人约定以《世界油船（基本）费率表》为基准商定油船航次租船运价时，不仅表示双方已同意以这一费率表中的基本费率为基准，确定双方同意的运价，而且也表示同意对有关装卸时间、延滞费、在一些港口所发生港口费的分担等，也都按费率表的规定执行。