如何实施综合生态系统管理，国际《生物多样性公约》缔约方大会提出了12项原则，即：1. 确定土地、水及其他生命资源管理目标是一种社会选择；2. 管理必须下放到最低的适当层级；3. 生物系统管理者应考虑其活动对邻接的和其他的生态系统的影响；4. 要从经济学的角度来理解和管理生态系统；5. 保护生态系统结构和功能应成为生态系统方式的一个优先管理目标；6. 生态系统的管理必须以其自然功能为界限；7. 必须在适当的时空范围实行综合生态系统管理；8. 根据生态系统时限的变化性和效应的滞后性特点，制定生态系统管理的长远目标；9. 管理必须承认对生态系统的改变是不可避免的；10. 生态系统方式应寻求生物多样性保护与利用间的适当平衡与统一；11. 生态系统方式应该考虑各种信息，包括科学知识、土著民和当地人的知识和习惯；12. 生态系统方式要求所有相关的社会部门和科学部门参与。这12项原则不仅是深奥的理论，更是指导实施综合生态系统管理的行动指南。
§§§第一节 综合生态管理12项原则
《生物多样性公约》是一项保护地球生物多样性的国际性公约，其宗旨是保护濒临灭绝的植物和动物，最大限度地保护地球上的多种多样的生物资源，以造福于当代和子孙后代。2000年《生物多样性公约》缔约方大会第五次会议，提出了有关综合生态系统管理的12项原则。2004年，在《生物多样性公约》缔约方第七次会议上正式通过了这12项原则。
原则之一：确定土地、水及其他生命资源管理目标属于一种社会选择
本原则可理解为目标着眼社会原则，其理由是：
不同社会部门对生态系统的看法都是处于其自身经济、文化和社会的需要；
原住居民和当地社区是非常重要的利益相关者，他们的权利和利益必须得到认可；
文化和生物多样性是生态系统方式的核心构成要素，因而应当纳入生态系统管理的范畴，对社会选择的表述应该尽可能清晰；
生态系统的管理应在公平合理的基础上进行，为人类的生产和生存提供有形或无形的惠益服务。
理由说明：土地、水及其他生命资源管理的目标是通过社会选择确立的，在具有不同视角、利益和意图的利益相关者的谈判和讨价还价中被决定。在这一点上我们必须认识到：
（1）人类社会中不同群体与自然界之间关系的种类和方式是多种多样的，每个群体对其周围世界的看法各不相同，同时都强调自身的经济、文化及社会利益和需要。
（2）社会各有关部门的利益需要得到平等对待，需为他们的不同利益提供因地制宜的或因时制宜的生态环境保护。
（3）要确保子孙后代以及自然界的需要由他人充分代表。
（4）基于这一多样性，在设定特定区域及区域内生命属性资源管理目标时，为各方提供谈判和讨价还价的机会，对于共同目标的设定至关重要。
（5）完善的决策过程应包含以下特点：所有的利益方（特别是原住居民和当地社区）都被纳入这一决策过程；必须清楚决策是如何作出的、决策者是谁；决策者必须对相应的利益群体具有可诉责性；决策的依据必须适当和透明；决策应以跨部门的交流与合作为基础，并推动跨部门的交流与合作；相关各方能够获得准确和及时的消息并能够加以运用，是制定出合理的决策的前提所在。
案例分析：赞比西河流域——为达成共识所进行的对话
赞比西河流域环绕南非开发区1.3平方公里，形成一张密集的由河流支流网以及八个相关国家的相连湿地（安哥拉、纳米比亚、博茨瓦纳、津巴布韦、赞比亚、马拉维、坦桑尼亚、莫桑比克）构成的网。约2600万居民的生活依赖于此流域，他们获利于它的水资源、水电、灌溉、捕渔业以及相关自然资源的巨大财富，包括牧地、野生动植物和旅游业。然而在过去的四十年里，赞比西河下游社区和生态系统均被上游大型水坝的管理所制约。由于莫桑比克是赞比西河流经的最后一个国家，因而受到最严重的影响。莫桑比克人不得不承受上游管理带来的后果。通过消除自然洪泛和增大赞比西河下游枯水季节的流量，卡里巴水坝（建成于1959年），尤其是卡利拉·巴萨水坝（建成于1974年）给成千上万的依靠赞比西河涨落为生的莫桑比克村民带来了巨大灾难。虽然这些水坝为税收作出了重要贡献并支持了经济发展，但是这些都以牺牲其他资源使用者的利益为代价，生计型的捕渔业、种植业和畜牧业都因年度性洪泛而崩溃。捕虾业的收入每年下降1000万~2000万美元，而这一切发生于世界上最贫困的国家之一（其人均收入2000年仅为230美元）。改变洪泛格局影响了水、木材、建材以及药用植物的可获取量，并影响到公共健康和当地居民与河流间的文化关系。
1985年发起的《赞比西河行动计划》，旨在推动对环境有利的水资源管理以及加强该流域的可持续发展。作为赞比西河行动计划的后续，1991年起草了关于共享水系的《南非开发区（SADC）议定书》，并于1994年成立了“流域永久性水委员会”，南非开发区的许多国家都参加了该组织。与此相关的重要举措还包括区域性立法项目、建立统一的水质和水量检测系统、设定检测标准、开展环境教育、制定包括更广泛的利益相关者在内的水资源综合管理计划。莫桑比克举办了一系列研讨会和参与性项目，使得当地的资源使用者的声音和他们的需要能在综合流域管理的目标制定中得到考虑。参与者已经达成共识，要建立赞比西河下游水资源管理的生态可持续性框架以及提高成千上万流域居民的生活水平。这种广泛的对话已经促使各国产生了利用这个不可多得的时机，在各国国内以至南非开发区区域内，为赞比西河的未来而共同行动的政治意愿和承诺。
实施指南：
（1）所有利益相关者（有关当事人，包括原住居民和当地社区）都要参与；
（2）有必要将边界清楚的管辖区域（时间边界和空间边界）作为社会选择的客体对象；
（3）对于那些不能直接代表自己利益的利益相关者（比如子孙后代和自然界），必须确保他们由他人充分代表；
（4）确保所有的利益相关者有平等的有效参与的能力，包括确保他们平等地获得信息及参与决策过程的能力；
（5）确保决策过程对社会中存在的力量之间的不平等作出补偿，以确保那些通常被边缘化的群体（比如妇女、穷人）在参与中不会遭受排斥或压制；
（6）确定每个决策的决策者、该决策如何被采纳（将使用怎样的程序）、决策者进行自由裁量的限度（例如法律中规定的决策标准、决策必须遵循的总的政策方针等）；
（7）确保对利益相关者利益的认可贯穿于决策过程的全部时间范围和空间范围，但在此过程中必须注意，需将已知的利益相关者观点纳入到未来决策中并允许利益相关者高效地贡献于决策过程，以避免造成“利益相关者疲倦”；
（8）如果可能，利用现有的社会机制或建立与现存的或预期的社会条件相兼容的新机制；
（9）确保决策者对相应的利益群体具有公信力；
（10）建设促成利益相关者之间谈判和讨价还价、处理利益相关者冲突的能力，从而达成管理、利用和保护生物资源的决议；
（11）设立相关机制，以确保一旦社会选择被作出，决策将得到长期实施（需制定政策、进行立法以及设立管理机构）。
实施工具（方法）和资源：
可持续生计方式；
由双边合作支持的地方发展方式；
各种各样的团体参与机制；
参与式农村评估；
后果描述方法；
涉及利益相关者的多标准分析；
冲突处理方法；
地理信息系统工具以及其他成像方法使人们看清所处的生态系统；
社区测绘；
战略环境分析，包括利益相关者分析；
交流战略、交流计划和交流工具；
教育社区居民如何理解他们所追求的根本目标与生态系统管理之间的关系；
对研究及监测结果的反馈和确认系统；
民主工具、完善的治理安排；
制度分析工具，商业系统理论，管理理论；
非政府组织、律师及其他代表特殊利益者（确保他们继续代表不属于他们自己的利益）；
异地利益和未来利益的政策定义，确保此两种利益不被忽视。
原则之二：管理必须下放到最低的适当层级
本原则可理解为管理面向基层原则，其理由是：
非集权的体制可能带来更高的效率、更好的效果，并可能更加公平；
管理必须涉及所有的利益相关者，并平衡当地利益与更广泛的公共利益；
管理行为越靠近生态系统，越会涉及责任问题、所有权问题、公信力问题以及对地方知识运用的问题。
理由说明：决策必须由能够代表相关利益群体的人作出，而管理必须由有能力实施这些决策的人执行。在这一点上，必须认识到综合生态系统管理通常涉及很多利益群体。他们彼此可能相容，互补或互相冲突。确保决策层次和管理方式的选择能够恰当地平衡这些群体间的利益至关重要。通常情况下，但并非所有情况下，决策制定行为与管理行为越靠近生态系统，产生的参与性问题、责任问题、所有权问题、公信力问题以及对地方知识的运用将越多，而这对管理的成功与否至关重要。由于具备不同生态系统管理能力的人针对生态系统管理的不同方面具有不同层次的利益需求，因此对于任一地点或任一资源，常常会有多个不同角色的决策者和管理者。地方资源管理者所做的决定通常受制于、甚至服从于超出其控制范围之外的上层机构的环境、社会、经济以及政治方面的程序，因此需要协调不同层级的决策和管理行为。
案例分析：墨西哥有机咖啡生产——“小农场主需要持续支持以成功的建立其机会”
咖啡是南墨西哥的主要经济作物之一。尽管全球每镑咖啡豆的价格已跌至历史最低点使得小农场主不再值得收割该作物，然而有机咖啡的潜力正日益得到重视。有机避光生长的咖啡和可可日益扩大的市场将为中美洲地区带来上亿美元巨额税收，并显著提高小农场主和原住居民的收入。对环境产生有利影响的小咖啡生产者与生物多样性之间的积极关系已得到重视，这将为前者提供更多的谋生机会并有利于后者的保护。为了生物多样性敏感产业的进一步发展，墨西哥南部农业实体的管理就交由经常被组织起来进行合作的小农场主和小生产者承担。然而一些问题阻碍了该产业的进一步发展，其中的主要因素需从其他层面上来理解。例如，有关虫害管理、有机避光生长植物生产的检测系统、生态功能的认识、质量的提高乃至于市场机会的增进等问题的研究都需要来自服务机构、政府机构、研究机构等的关注。 此外，对于有利于传统作物的政策，如杀虫剂补贴，需作出调整以支持有机咖啡产业的发展，鼓励环境友好行为；虽然小生产者在政策的进一步发展中有利益关系，但很显然他们是活动于那个层次的利益相关者与众不同的一个。对环境补偿产生影响的国际贸易问题尚须在其他的适当层面上进行管理。
实施指南：
（1）应该确定利益群体，将管理工作的具体方面分派给能够代表相关利益群体的主体。如果需要，应该将管理决策分层次制定。比如，中央政府可以作出策略性决策，地方政府或地方管理机构可以作出执行性决策，而关于社区成员间的惠益分配决策就由社区自身作出；
（2）决策下放和管理责任可能导致的不利影响应该通过如下方式加以弥补：
确保决策之间的配套和相互关联；
分享信息和专业知识；
确保不同管理主体间的良好沟通；
以易于理解的、统一的形式向社区提供关于决策/管理的总体陈述，以使社区成员与整个管理系统进行有效的互动；
不同层级间相互支持。
（3）有关良治（或善治）①方面的安排至关重要，尤其是必须的主管机关应具有明确的公信力；有权机构或个人应有公信力。
（4）将决策权下放到恰当低的层级， 要求上级机构的授权并营造支持的政策环境，承诺将目前位于过高层级的决策责任下放到恰当低的层级。
（5）为了将决策下放到恰当低的层级，在选择恰当低的决策主体时，以下因素必须考虑：
该主体是否代表了相应的利益群体；
该主体是否作出完成相关功能要求的承诺；
该主体是否具备必要的管理能力；
该主体是否运行与本决策利益有利益冲突的其他功能；
对社会边缘成员的影响（如妇女、边缘的少数民族）。
（6）当功能在层级间进行转移时，必须确保此职责的接受主体有足够的能力去完成这一职责（如资源、机制、权限）， 并且确保在交接中出现的任何风险都能够得到控制。这意味着在必要时需通过能力建设使管理下放得以实现。
（7）制度安排是关键。如果缺少支持和协调决策机构工作的制度安排，那么决策机构的工作就可能是毫无意义的。
实施工具（方法）和资源：
原则之一中的许多工具在这里都是必要的；
对社会中存在的权利结构种类的认识及制度分析的运用；
变化管理工具（如对制度出现的改变进行管理的工具），包括用以非中心化财政和人力资源的工具；
处理制度连贯性之缺失的机制，其中包括准备无误的记录、归纳；
信息共享系统；
确认相关利益群体的机制以及确认真正代表这些利益群体的机构；
制度能力建设；
确定决策任务及管理任务的机制并在此基础上分配任务；
性别分析技术；
种族分析、人权工具；
民主。
原则之三：生态系统管理者应考虑其活动对邻接的和其他的生态系统的（实际的和潜在的）影响
本原则可理解为活动瞻顾生态原则，其理由是：对生态系统的管理通常对其他的生态系统具有未知的或不可预测的影响，因而需要对可能产生的影响进行细致的考察和分析，根据新的机制安排对决策过程中所涉及的制度组织方式在必要的时候作出让步。
理由说明：生态系统不是封闭的，而是开放的，并且经常与其他生态系统相连。这种开放的构造与生态系统间的关联性，使得对生态系统功能的影响极少地局限于某一个影响的发生点或者某一个生态系统。由此必须注意：
管理干预的影响或不予干扰的决策产生的影响不会仅仅局限于该影响点；
生态系统间的影响经常是非线性的，并且可能具有相应的时间滞后性；
针对这些问题的解决来设计管理系统。