其实，物理电子部门的主任奥达瑞克也不想接手这项任务，他认为调查这东西需要花费大量的时间，而通过罗伯特森小组的结果就可以看得出来，这个计划根本就没有什么值得进行研究的价值，所以根本就是“无事可做”。他只派出了一名分析家来负责整理这些关于UFO的资料和卷宗，因为奥达瑞克觉得，不光是他，海军和陆军同样对UFO没有多大的兴趣。但查德威尔和他的情报官员却一直对UFO放心不下，因为UFO现象还在被海外不断地关注着，而且据说苏联正在研究如何让飞碟在未来战争中成为武器。
对于美国的领导人来说20世纪50年代中期的苏联已经成为了他们最危险的对手，苏联在导弹以及核武器方面的进步简直令人不敢相信：1949年研制出原子弹，1953年8月，成功研制出氢弹，此时距离美国成功引爆氢弹仅仅过了9个月。因此，美国的基础空军基地很容易遭受到苏联的远程攻击！美国本来就已经对苏联的远程打击非常担心，而UFO现象又令美国政府更加不安。
还不仅如此，中东和阿富汗关于UFO的诸多报道也令美国心生疑虑。美国认为苏联在这一领域进步神速，同时英国和加拿大正在进行飞碟实验的事情也被中情局知晓，因此美国担心苏联也在暗中制造相同的设备。
1955年10月，更加糟糕的事情出现了，美国参议员理查德·罗素在苏联乘坐火车的时候看到了飞碟的影像，事后罗素也针对这一影像进行了大量的调查与询问。之后，中央情报局作出结论：“罗素所见并不能证明苏联已经研制出飞碟。”
中央情报局科学部门负责人对此事件同样持怀疑态度，他提出质疑：如果苏联真的有飞碟的话，那为什么还要生产传统式飞机？
中情局的U－2高空侦察机在1954年11月进入了高科技阶段，因此，一旦U－2飞机开始进行飞行试验的话，商用飞机的飞行员就会开始报告空中有大量的UFO出现。因为早期的U－2高空侦察机是银色的，它反射太阳光，所以站在地面上的人看起来飞机就像是火球一样，很像不明飞行物。
所以，在“蓝皮书计划”当中，将许多的UFO现象都归结于U－2高空侦察机，但是为了保密，他们不得不试图将它和一些自然现象联系在一起，好用于解释这些UFO现象。
在20世纪50年代末到60年代，有半数以上的UFO报道最终都被归结于载人侦察机，所以，也就大大减少了民众的恐慌。很好地保护了高度机密的安全计划。由此，空军给公众作出了很多不实的解释，通过这些做法，空军不能解释的UFO报告的百分比从1955年的5%下降到了1956年的4%。
同时，公众要求对罗伯特森小组的报告进行解密。1956年，该小组的成员名单被公之于众，国家航空现象调查委员会、航空现象研究组织这样的民间团体也开始要求美国政府公开罗伯特森小组的调查报告，空军在这些压力之下，想用中央情报局官员的手来解密这份报告。然而，情报管理处仍没有将这些情报进行解密，并且不愿意透露中情局与罗伯特森小组的关系。中央情报局对小组的报告加以删改，将中情局的所有内容进行删除，以减少UFO争论中可能出现的心理斗争。
然而，要求政府公开更多UFO信息的呼声却是越来越高。1958年3月8日，在接受哥伦比亚广播电台采访的时候，凯撒豪宣称美国中央情报局不但负责罗伯特森小组，并且也介入了对UFO现象的调查。一时间，从凯撒豪到化学工程师大卫森都收到了许多信件。人们纷纷要求将罗伯特森小组的全部报告进行公开，并针对中央情报局是否也参与了UFO现象的调查进行论证。大卫森相信，真正负责UFO现象分析工作以及负责调查美国近十年所有的UFO现象调查工作的并不是美国的空军，而是中央情报局。之所以大卫森还不知道此时他比自己料想的更加接近事实，是因为U－2高空侦察机和黑鸟飞机的资料还没有被公开。然而，中央情报局依然没有公开他们在UFO现象调查中所扮演的角色，也拒绝解密完整的报告。虽然空军代表们聚会讨论过如果以后凯撒豪和大卫森再提出要求的话他们究竟应该怎样处理，但中央情报局就是不解密。
到了20世纪50年代，发生了两个非常着名的UFO事件，一个是无线电广播磁带的录音，而另一个则是关于一张飞碟的照片。在两个相当着名的UFO案例中，大卫森和凯撒豪的行为使得公众对中央情报局更加不信任。“广播代码事件”源于1955年，芝加哥的两个姐妹米尔德里德和玛瑞·梅尔在《航天杂志》上讲述了她们的经历，其中还对广播录音进行了辨认，录下节目之后，一些电台的接线员也声称他们听到了“太空信息”，科学信息处对此事非常关注，他们要求科学联络部将这份录音找出来。
政府对此事体现出了浓厚兴趣，联络部的官员德维尔特·沃尔克迅速就与两姐妹取得了联系，这使两姐妹非常惊讶，而中央情报局为了获取磁带录音，也谎称见过这一场景，沃尔克向总部发出电报：如果有香槟酒的话，我们真应该好好地庆祝一番！可是，他们最终发现，这盘神秘的磁带不过是美国电台的莫尔斯电码而已。
大卫森通过与两姐妹的交谈，认为沃尔克是空军基地的情报员。他曾向沃尔克询问过关于那盘磁带的情况，但沃尔克却说：虽然已经交到有关部门进行评定，但是还没有得出相关的结论。这样的结果让大卫森非常不满，由此他怀疑沃尔克有可能是一名真正的情报员，于是便给国防委员会情报处写信，对沃尔克的身份进行询问并要求告知电码的讯息，中情局为了掩饰沃尔克的身份就回复说另一机构正在对那盘磁带进行分析，在那之后空军会给大卫森回信。8月5日，空军回信给大卫森，声称沃尔克一直以来都是空军，而那盘磁带是由另一个政府机构部门负责分析的，这就证实了那份录音真的只是美国电台发出的莫尔斯电码。
然而，就在短短几个月之后发生的另一件小事使得人们更加怀疑中情局在UFO现象当中所扮演的角色，情报局的保密措施反而使事情弄巧成拙，1958年少校凯撒豪就中情局有意让目击者向公众隐瞒事实真相的举动进行了指责。1957年11月，科学情报处联络部让摄影师梅荷拿出1952年在克利夫兰所拍摄的UFO的照片。一名联络处的官员与梅荷取得了联系并且拿到了几张照片去分析，1957年12月12日，另一名联络处的工作人员黑森将这五张照片返还，但并没有作出任何的评论。梅荷请情报处的人员对照片进行评价，因为他开办了一个电视节目，向公众简要介绍有关于UFO的情况。在节目中他提到，美国的情报组织对照片进行了相关的组织检查，并且对此也产生了浓厚的兴趣。虽然黑森并不建议他这样做，但是黑森同时又声明，梅荷是美国的公民，他有权利决定他自己想做什么。
随后，凯撒豪和梅荷取得了联系，梅荷将中央情报局和照片的事全部告诉了他。于是，凯撒豪请中央情报局用书面的形式证实黑森是其成员，并凭借此事揭露中央情报局在UFO事件中所扮演的角色。虽然联络处承认了与中央情报局合作，但是，中央情报局却一直拒绝承认。因此，要求中央情报局公开UFO信息的呼声再一次响起。虽然中央情报局对于UFO现象的兴趣已经慢慢消退，但他们仍然继续监控着这些有关于不明飞行物的现象。情报局的官员感觉到，他们需要更加灵通的消息网。到了20世纪60年代初期，凯撒豪和大卫森这样的UFO研究者继续对中央情报局进行着批评与指责，并一再要求中央情报局对UFO的信息进行公开。大卫森宣称：从1951年开始，中央情报局就开始利用制造UFO事件作为冷战当中心理战争的工具。虽然公众一再要求美国国会召开意见听取会，但是关于UFO的消息，却依然没有公开多少。
1964年，白宫讨论了关于UFO的信息和报告，以及当UFO现象有了最新进展的时候应该如何进行处理。在此之后，国防委员会情报处请求中央情报局对UFO的评价进行更新，根据这个请求，科学情报处联络部从美国国家航空现象调查委员会那里获得了很多最新的UFO的实例和相关的报道。由于凯撒豪已经不再那么积极，中央情报局会见了该组织的负责人理查·豪尔，豪尔向该官员提供了关于UFO的最新资料。中情局的官员在看过了这些资料以后，发现UFO现象并没有发生太大的变化，到现在为止仍然没有证据能够证明UFO，或者说不明飞行物就是那些所谓的天外来客，并且给美国的国家安全造成了严重的威胁。与此同时，公众向空军施加压力，要求空军成立一个特别的调查委员会，对“蓝皮书计划”进行审查，但是，调查结果依然表明：“UFO现象不会威胁到国家的安全，并没有一个UFO现象能够表明已经出现了超越人类科学技术的特征。”委员会建议让一个大学来对该计划进行协调和负责，以便全国研究UFO计划，并能给出确定的结论。
1966年，美国军方也举行了简短的听证会，并得到了完全相同的结论，表示直到目前为止，仍然没有相关证据能够表明外星人曾经来到过地球，并且声称大多数关于UFO的现象都已经得到了合理的解释。1966年7月，空军再次请求中央情报局对罗伯特森小组的调查报告以及针对该报告所进行的调查和分析进行解密，可是，中央情报局却又一次拒绝了。科学情报处副处长卡尔·韦伯曾经给空军写信表示：我们最担心的是不能得到中情局支持小组的更多信息。韦伯在信中提到公众已经有了一个删改过的版本，他的这种反应根本就是目光短浅，而且十分欠考虑，因为他只关注了罗伯特森小组在13年前所作的报告和当时中央情报局在UFO中所扮演的角色。
而事实上中央情报局并不知道在1966年6月6日，一位来自亚利桑纳大学的大气物理学家詹姆斯·麦克唐纳德已经在代顿市空军基地看到过杜瑞德对罗伯特森小组进程的报告。然而，就在他返回基地去抄写这份文件的时候，美国空军却声称这份报告其实是中央情报局的保密文件，所以他无权查阅。于是，麦克唐纳德就公开声称中央情报局才是真正的秘密指挥者，他们隐藏在空军的背后，这只不过是他们为了掩盖UFO事件所运用的一种手段而已。他要求对罗伯特森小组和杜瑞德的报告进行完全公开。
迫于压力，美国空军在1966年8月正式对外宣布，他们目前正在与一所大学取得联系，以便对UFO现象进行更加深入的调查。由于这个新计划的开启，美国政府关于隐瞒UFO现象所引起的开支将会减少。10月7日，科罗拉多大学与美国空军一起进行了长达18个月的UFO研究工作，并且作出判定：虽然针对外星人到底有没有这个问题到现在为止还不能确定，但是也不排除外星人存在的可能性。美国空军准将爱德华·尔乐和空军研究发展处的托马斯·拉查弗德也加入到了这项计划当中。
1967年2月，吉尔乐与国家情报局的照片分析中心主任卢达尔取得了联系，希望能够为康顿委员会在检测UFO照片上提供技术指导与帮助，并提供周到的服务。并且卢达尔与国防委员会情报处的杰克·史密斯达成协议，决定进行合作，但要以隔着一层玻璃的方式。并且双方都要保持低调，他们不参与委员会的任何结论，而且国家照片分析中心也不参与委员会的工作。
1967年5月，康顿和他的小组成员再次在照片分析中心会面。这次他们听取了针对在俄亥俄州拍摄的一些UFO照片所作出的分析。通过对这些现象进行的分析和解释，他们再一次感受到了这项科学技术的先进性与优越性。在这之后，康顿评论道：“这是第一次能够经得住调查的关于UFO现象的分析。”
在这之后，他们还对委员会的计划进行了讨论，并且向全美国的公民征集有关于UFO的照片，还公布了一套他们认为非常有效的关于如何拍摄到UFO现象的办法。此外，中央情报局的官员还同意康顿委员会对删减的杜瑞德的报告进行公开。
1969年4月，康顿委员会对他们的学术报告进行了公开的发表，最终，报告得出的结论是：过去21年以来对UFO所进行的相关研究表明，没有任何的确凿证据能够证明UFO就是“天外来客”，就是所谓的外星人。因此，针对这一现象，也不再有任何调查研究的价值。这份报告向空军建议停止对“蓝皮书计划”的相关研究。并且，在这份报告中，也没有提及中央情报局在康顿的调查中所参与的活动，国家科学院对此结论也表示赞同：在过去的21年里的确没有任何的证据能够证明有关于UFO现象的调查是可以优先进行考虑的事情。报告在最后声称：根据目前现有的知识水平，UFO不太可能是外星人的交通工具。
于是，经过康顿和国家委员会的再三建议，空军部长罗伯特·西斯曼终于在1969年12月17日宣布终止“蓝皮书计划”。