甲状腺功能减退者，也可发生性功能障碍，这是病人血清睾酮水平降低，睾酮代谢为苯胆烷醇酮。
由于使甲状腺素释放激素（TRH）反馈调节，或对内源性TRH的反应增强，血泌乳素增高的原发性甲状腺功能减退者，也可发生勃起功能降低。
（一）甲状腺功能低下男性病人80％性欲减退，40％～50％有不同程度的阳萎。女性病人约80％难以引起性激动。疾病严重时，男性精子生成受到抑制，而女性常有月经量以及月经周期的改变，怀孕妇女则容易流产。有资料表明，TRH对泌乳素分泌有刺激作用。
原发性甲状腺功能低下病人血泌乳素水平明显升高，可对性欲产生抑制作用。泌乳素的过多分泌，也可对促性腺激素的分泌产生影响，进而造成月经失调。还有人观察到，甲状腺功能低下的病人血中性激素结合蛋白减少，血睾酮及雌二醇含量也降低，然而游离睾酮及雌二醇却增加，这一变化与性功能的关系尚不清楚。病人常有神经和精神的抑制性变化，有时表现为明显的抑郁；疾病状态的疲劳、易疲倦均可影响性功能。
对于甲状腺疾患导致的性功能降低，首先要控制原发病，必要时可口服药物（如西地那非）改善阴茎勃起功能，以达到满意的性生活。
（二）甲状腺功能亢进
男性甲状腺功能亢进病人，10％～20％发生性欲亢进时，特别是在病情较轻的病人。若青春期患本病同时性欲亢进，有可能被误诊为精神疾病。
30％～40％的病人性欲减退，40％的病人阳萎。女性病人5％～10％出现性高潮和性激动反应增强，15％有轻度减弱。本病严重时，可引起肝脏、心肌、骨骼肌和神经的损害，有时可引起男性乳房发育，这些合并症有可能对性功能产生影响。甲状腺功能亢进的一个显着特征是引起病人精神情绪的明显变化，这也可能是病人性功能变化的一个原因。本病还可使妇女的月经量和月经周期发生改变。