农业产业化组织的本质是实现农户从事专业化经营的一种交易协调机制，按照农户相互之间或与外部关联企业（或合作服务组织）之间交易的方式不同，农业产业化存在多样化的组织形式。但是，无论哪一种交易的协调机制或组织形式都具有类似的功能，即有效地降低了农户从事专业化生产所面临的交易费用、风险或不确定性，从而不仅获得了农户专业化经济性，而且还有利于实现农业生产的规模经济性。我国农业产业化发展水平还很低，农业产业化组织规模小、实力弱，引导、带动参与农业产业化经营的农户数量还十分有限。首先，各种市场契约型农业产业化组织，如“公司＋农户”之间的利益联结、合作关系还很松散。甚至许多龙头企业自身产权治理结构也存在诸多问题，缺乏效率和市场竞争力，企业效益不断下滑，龙头企业与农户之间的联结关系很不稳定。其次，各种民间合作服务组织发育滞后，面临的外部环境也不宽松。表现在： 一方面，政府至今仍然严格控制着主要农产品粮、棉、油的收购市场，同时对主要农业生产要素坚持国家垄断经营，这样，就排除了农业生产服务组织涉足主要农产品营销和生产要素经营领域的可能，从而严重阻碍了农业合作服务组织的发展。另一方面，由于我国至今没有制订一部合作经济法规，已经建立起来的农民专业合作服务组织也就没有明确的法人地位，其经营活动难以得到法律的保护。最后，农业产业化发展滞后还表现在农业生产一体化程度低。大多数农业企业规模小，技术装备水平普遍比较落后，农产品加工层次低，产业链条短，产品价值增值少。同时，由于农业土地、资本以及劳动力市场发育程度低，各种垂直一体化的农业产业化组织难以发育成长。
中国农村的发展具有极端的复杂性和不平衡性，因而不能用统一的标准、统一的模式、统一的行动去规范、操纵农民对组织作出的选择，而只能顺乎经济发展的客观规律，尊重农民的意愿（温思美，1994）。中国农业产业化在发展过程中，显著的特点是农业产业化组织形式表现出多样性，组织形式及治理机制创新的路径也呈现出复杂性，不同组织形式既具有不同的效率特征，也存在各不相同的问题和缺陷。通过前文对不同农业产业化组织治理机制的效率特征以及创新面临的问题的研究，我们认为，不同的农业产业化组织形式及治理机制存在不同的效率特征和功能差异，具有不同的相对优势和适用范围。因此，各种不同形式的农业产业化组织制度共同存在、共同竞争、共同发展，具有客观的必然性。我们就不能，也不应该人为刻意地安排和设计某一种农业产业化组织形式，而要充分培育发挥市场机制的作用，市场能够有效地甄别低成本、高效率的农业经济组织形式。不同形式的农业产业化组织在市场机制的作用下自发演进的过程就是农业经营组织制度不断创新，高效率的组织制度不断替代低效率的组织制度的过程。
总之，农业产业化微观组织的生成、演进与创新是农业市场化进程的结果，并且依赖于市场制度的发育与完善。