目前，上海市的合作医疗保险的组织结构体系十分复杂，尤其是关于合作医疗基金管理办公室自身还是“一套人马，两块牌子”，其人员同时也是各级初级卫生保健办公室成员；同时，各级合作医疗管理办公室不仅受同级政府的领导，而且也受上一级合管办的指导与监督或管理但是，区县一级合作医疗管理办公室一般都是挂靠在卫生局内，归卫生局主管，也有的区如浦东新区则已将合管办划归区社会发展局主管。因此，在调研中，发现有些区镇合管办的工作人员或负责人也不能完全弄清楚初级卫生保健办公室同合管办之间存在什么关系，以及现行的运作模式是否还能称之为“民办官助”的性质。对合作医疗基金管理机构的性质与定位问题暂且不论。。从图71可以看出，农村合作医疗保险组织体系包括行政系统、业务系统以及审计监督系统三个部分。撇开审计监督系统的独立性不提，行政系统实际上包括从市到区镇，及至村委会一级的自治组织在内，整个垂直的各级行政机构不仅都参与合作医疗（保险）工作的组织、领导与支持发动，包括出台的正式文件或政策实施细则等，而且，从20世纪90年代中期以来，一直都给予财政补贴（或村级集体经济补助）等形式的资金支持。从有关财政数据可以看出，政府财政资助从90年代以来一直在持续增加具体数据可参照： 世界卫生组织，《上海市嘉定区农村合作医疗改革与发展项目研究技术报告》（2004），第95—96页，第108—109页。。当然，对合作医疗业务运作影响最大的机构是乡镇政府领导下的合管办、村委会以及村卫生室。
不过，业务系统才是合作医疗组织体系的主体部分。这个业务系统实际上也可以分解为医疗服务供给机构、医疗服务的享受或需求方（农民）以及部分为农民提供补偿的合作医疗基金管理机构等三个部分或部门。这三者之间的相互关系才真正构成了合作医疗的核心业务流程。首先，最复杂的部分是医疗服务供给机构，它实际上是一个竞争的众多医疗机构组成的医疗服务行业。村级卫生室负责为农民提供日常的门诊服务，且与农民距离最近，是合作医疗的一个重要基石，而镇级卫生院不仅为农民提供门诊服务，还提供相当数量的住院服务。当然，农民还可以选择去区、市以上的二三级医院就诊或住院。农民的就诊行为或对医疗服务的消费行为将在很大程度上影响甚至决定医疗成本的水平或结构，以及可以补偿的费用水平状况，从而对合作医疗基金的运作状况起到重要的影响尤其是当农民与村卫生室存在合谋情形或者二三级医院利用信息优势为农民提供不必要的医疗服务或价格高昂的进口药品时更是如此。。
其次，农民同合作医疗基金管理办公室机构之间的关系。合管办一方面要动员农民参与合作医疗，并通过村级组织收缴合作医疗个人缴费，另一方面，则要为农民提供及时、优质的费用补偿服务。合管办的筹资能力和资金管理控制水平会影响对农民的补偿程度以及农民在下一年参加合作医疗保险的积极性。
最后，合作医疗管理机构同医疗服务供给方相互之间的关系。目前，由于网络和硬件配套设施不够完善，合管办和二三级医院之间还没有形成合理的结算与合作关系，即两者只是通过作为病人的农民而发生间接的联系，合管办对二三级医院的医疗服务供给行为无法形成有效的监督和控制。医院的不利供给行为在一定程度上不仅加重农民的医疗费用负担，而且也对合作医疗机构控制医疗费用产生了压力。相对而言，合管办可以对镇卫生院，尤其是村卫生室的医疗服务行为进行一定的监控，但是，目前合管办同卫生院之间的关系并不十分明朗，存在的不协调问题也显而易见。