亚洲象是《濒危野生动植物种国际贸易公约》严格保护并禁止贸易的物种，是我国一级保护性野生动物。然而目前在我国，野生亚洲象数量仅在250头左右，而这仅存的250头左右的野生亚洲象也面临着严峻的生存危机，其生存的主要威胁来自于其栖息地的逐步丧失。野生亚洲象仅生活在云南省西双版纳、思茅和临沧地区，在过去的数十年中，人类的活动，诸如森林采伐和农业生产，使野象在云南的栖息地大面积减少，同时也引发了当地农民与野象争夺生存空间的矛盾。
2000年7月，为解决思茅地区的人象冲突问题，国际爱护动物基金会于2000年7月与云南省林业厅、思茅市政府合作启动了“中国亚洲象及其栖息地保护项目”。该项目改变以往的采取被动地、仅仅通过提供资金来对野生动物造成损失进行补偿的赔偿机制，转而通过资助当地发展农村社区经济来缓解大象活动给农民带来的压力。国际爱护动物基金会通过给当地社区提供“互助基金”小额扶贫贷款来鼓励村民种植替代农作物，减少在森林中的农业活动，并响应政府的退耕还林政策以保护亚洲象的栖息地。同时该项目还为村民提供农业技术、安全教育、动物保护和栖息地保护方面的知识培训。通过该项目的科研活动确认了大象的食物结构，根据大象对盐的需求在森林中建立人工硝塘，吸引大象远离农田和村庄。同时，基金会还在当地社区村寨和中小学校开展“种明白林”、“绿旗人家”评选等丰富多彩的环境教育活动。
2001年，通过国际爱护动物基金会和当地林业部门的共同努力，思茅市政府在全市范围内颁布了一项新的5年禁猎的通告，有效地推动了该地区对亚洲象和其他野生动物的保护工作。2003年，国际爱护动物基金会与西双版纳国家级自然保护区合作，在西双版纳成立了亚洲象保护项目办公室。2008年岁末至2009年1月，国际爱护动物基金会和西双版纳国家级自然保护区管理局共同合作开展“09年森林与野生动物保护宣传月”活动，这一活动是亚洲象保护项目2008年岁末的“保护宣传月”活动的延续。时至今日，国际爱护动物基金会于2000~2004年、2004~2008年先后在普洱和西双版纳地区开展了亚洲象保护项目的第一期与第二期。现在正在开展亚洲象保护项目的第三期。
亚洲黑熊分布于亚洲的印度、尼泊尔、日本、朝鲜半岛、中南半岛、阿富汗、俄罗斯及中国，被世界自然保护联盟列为易危物种，是中国国家二级重点保护野生动物。受到熊胆、熊掌以及熊的毛皮等制品贸易的威胁，亚洲黑熊的数量迅速减少。
1995年，国际爱护动物基金会通过与中国政府机关和非政府组织的合作努力，关闭了条件最为恶劣的几家熊场。1996年，国际爱护动物基金会在广东番禺为被解救的黑熊建立了黑熊养护场（国际爱护动物基金会番禺黑熊养护中心），这是中国第一家救助受虐亚洲黑熊的专业养护机构，不仅给受虐的黑熊提供了一个避难场所，而且是教育公众善待动物、尊重生命的教育中心。目前有5只黑熊在养护中心安度晚年。国际爱护动物基金会专门成立了中医专家组，并资助中医药科研人员进行熊胆的替代品的研究工作。该基金会还邀请大陆知名的中医药教授和熟谙国家药品监督管理的专家赴伦敦参加第三届国际传统中医药大会，从保护物种多样性和濒危物种动物药管理的角度讲述中国中医药的发展。基金会在“保护濒危物种，弘扬传统中医药”方面的工作已得到国内外众多组织和专家的认可。
国际爱护动物基金会与北京师范大学、北京市野生动物自然保护区管理站于2001年底合作建立了“北京猛禽救助中心”。“北京猛禽救助中心”是北京市林业局认可的“定点猛禽救助中心”，以国际先进的动物福利理念为指导，采用科学专业的救助方法，为受伤、生病与迷途的猛禽提供治疗、护理和康复训练，并在适合的野外栖息地及时放归已康复的猛禽。
2008年，由于猛禽捕食家禽的案件不断增多，国际爱护动物基金会北京猛禽救助中心专门向北京市政府提交了一份《关于北京市加快制定野生动物损失赔偿办法的建议》书，呼吁市政府尽快制定有关野生动物造成损害的补偿办法。同年底，北京市法制办对外公布了《北京市重点保护野生动物造成损失补偿办法（征求意见稿）》，并在网上公开征求意见。
国际爱护动物基金会伴侣动物救助项目通过资助多家国内收容伴侣动物组织，提供兽医服务与绝育手术费用，并对公众开展教育，来推行更加人道的伴侣动物政策。自1993年起，基金会的宠物救助捐款在中国援助了多个伴侣动物救助组织和中心。
20世纪90年代，国际爱护动物基金会开始资助“北京人与动物环保科普中心”，为其提供各种设施、食品、兽医及培训支持。国际爱护动物基金会在为动物救助中心提供持续资金支持的同时，也在积极寻求各种动物救助和安置的模式。
自2003年“幸运土猫”成立之初，国际爱护动物基金会就对其领养计划进行资助。“幸运土猫”通过其庞大的志愿者网络，为救助的动物提供临时救助和收容的家庭，大大提高了被救动物领养成功率。在领养项目实施的4年里，已经为近2000只猫找到了温暖的家，这个基于志愿者网络形成的“群落救护计划”在北京的53个社区开展，有逾千名忠实志愿者的长期支持。
2008年，汶川大地震直接导致大面积动物笼舍坍塌和大量动物死亡。由于缺乏水、饲料、疫苗、笼舍的保障，很多动物还处于危机状态，如果不及时处理，极有可能导致疫情的发生。在这种情况下，曾参加过日本神户大地震和印度洋海啸等多次严重自然灾害后人与动物疫病防控工作的国际爱护动物基金会，发起组织了由北京市小动物医师行业诊疗协会的兽医组成的专业团队奔赴灾区工作，以地毯式的开进方式，挨家挨户为犬只免疫；在开展防疫工作的同时，国际爱护动物基金会团队还为遵道镇兽医部门提供了专业设备、人道捕捉和安置流浪动物的培训。在灾区，国际爱护动物基金会的工作有效防止了狂犬病对灾民健康带来的威胁，同时也避免了大规模犬只捕杀对灾民心理造成的伤害；通过帮助灾区的人和动物，为当地重建提供了有力的支持。
1991年8月，国际爱护动物基金会在香港发起“医生狗”活动。该活动主要是主人带领经过严格的身体检查和性情检查的“医生狗”定期到学校、医院、老人院、幼儿园、孤儿院、康复中心进行探访活动，宣扬爱护动物信息。1998年10月，国际爱护动物基金会首次在北京举办了“医生狗”活动。“医生狗”项目在医疗和教育领域为人和狗的交流和理解创造了机会。“医生狗”的探访不仅是向儿童、残疾人、年迈人士献关怀和爱心，同时也希望通过动物与人的交流活动，提高人们对动物的认识和了解，树立人和人、人和动物之间的和谐、文明的社会风气。
制止野生动物贸易
2007年2月至12月，国际爱护动物基金会对中国国内主要的四家大型在线交易网站进行了监测，共发现了1973件涉及30多种国家一类和二类以及《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录I和II的保护动物及其制品，其中既有虎骨酒、麝香这样的保健品，也有象牙雕刻、虎须、犀牛角、藏原羚角等装饰品及用品，还有懒猴、狐狸、猛禽等活体作为另类宠物的交易。另外，网店以及实体店交替经营，国内、国际贸易兼营，狩猎野生动物及售卖制品联营多种形式并存，网络交易的状况非常复杂。国家濒管办在接到举报之后，联合公安部网监局、海关及国家森林公安局展开了数次执法行动。
2008年1月11日，由国家濒管办牵头在杭州召开了“控制濒危物种网上贸易”的研讨会。国际爱护动物基金会、公安部公共信息网络安全监察局、海关、森林公安局和农业部渔业局以及国内主要在线交易网站的代表共同评估和分析了当前网络贸易的现状，并就网络野生动物贸易发展的趋势进行了对策研究。2008年2月，由中国国家濒危物种进出口管理办公室牵头，联合森林公安、公安部网络安全局以及多家国内主要在线交易网站针对互联网野生动物及其制品贸易的整治工作已取得初步成效。然而，由于网络交易的隐蔽性和高效性，以及配套法规的不完善，打击网络野生动物贸易犯罪还面临很多挑战。
提倡加强保护动物立法
国际爱护动物基金会通过整理汇编国外、港台地区动物福利法和养犬法规，与国内相关的法律和流行病专家合作，组织国内外的签名活动，在中国提倡更高标准的动物福利。中国政府正在与国际爱护动物基金会及其他机构一同起草中国首部动物保护法，目前，中国首部动物保护法正在修订中。
提高公众爱护动物的意识
国际爱护动物基金会与濒危野生动植物种国际贸易公约中国办公室、中国濒危物种科学委员会密切合作，致力于唤起公众对濒危物种贸易的警觉。濒危野生动植物种国际贸易公约中国办公室与国际爱护动物基金会联合印制宣传教育材料，分别张贴在中国各机场的国际出境大厅，用以提高公众，特别是国际旅行者对中国特有物种和生物多样性的保护意识。
国际爱护动物基金会还和中华人民共和国濒危物种进出口管理办公室合作出版了《跨越国境的野生动植物保护行动》与《常见鱼鳖类识别手册》，有力地推动了基层公约执法机关对公约物种贸易的鉴别、管理工作，有利于加强相关部门的高效执法。2008年，国际爱护动物基金会与北京时尚博文图书公司共同推出了《消失的家园》系列丛书。这套丛书的出版目的是使更多的读者了解野生动物所面临的危机以及人类的消费行为给一个个鲜活的生命甚至是整个物种带来的遗憾，从而使更多的人能够自觉地抵制野生动物制品，从自己做起，加入到保护野生动物的队伍中来。
1999年，基金会成功地将“国际爱护动物行动周”活动引入中国。每年10月份，“国际爱护动物行动周”在全国的大、中、小学开展活动。2008年“国际爱护动物行动周”的主题是“海洋中的精灵”，提倡关注各地海洋生物的情况，特别是中国海洋生物的知识，它们所面临的威胁以及如何进行保护。2008年10月4日，“世界动物日”这一天，国际爱护动物基金会和山东大学威海分校海洋学院和威海市环保局，组织威海高新技术开发区田村小学的小学生和海洋学院的大学生志愿者聚集在威海国际海水浴场，参与了“拒绝白色污染，保护蓝色海洋”的海滩塑料垃圾清理活动。