1586年至1592年，布鲁诺旅居在德国。对他来说这是一个比较自由的新环境。因为在图卢兹大学、牛津大学、巴黎大学，都是天主教的神学堡垒，而没有其他世界观和科学的自由。然而在德国的一些大学则不然。这里可以容纳不同观点、不同学派的人，在大学院墙之内互相争论、互相发展。
初到德国时，在寻找工作中处处碰壁。在美因茨和威斯巴登，他都找不到工作。因为“坏名声”跑到了他的前头，使他难以立足。后来他又去了马格德堡，稍作停留之后，辗转去了维滕贝格。
在维滕贝格他的运气不错，遇到了他在英国时交谊颇深的老朋友、法学教授阿尔贝里格博士。阿尔贝里格原负有外交使命来谒见萨克森选侯，完成后便留在这里任教授。在他的帮助下，布鲁诺得以在维滕贝格安下身来，并于1586年8月20日被大学录用为哲学教授，讲授亚里士多德《工具篇》及其他哲学课程。
布鲁诺被维滕贝格大学录用以后，在这里他担任了两年的哲学教授。他利用教学中的相对自由，阐述了在牛津和巴黎辩论会中所宣布的思想，批评了逍遥派反对宇宙无限的观点，宣读哥白尼的日心地动说体系。在教学中他花了很多工夫准备，所以他的讲课受到学生的欢迎，课堂里始终座无虚席。许多学生心悦诚服地接受了他的思想。相比之下，神学课情况则不佳，反应冷淡，听课的学生寥寥无几。
在维滕贝格，派别斗争很激烈。一派是卡尔文派哲学家，另一派是路德派神学家。布鲁诺的朋友阿尔贝里格属于路德派。后来，由于老公爵（路德派神学家）去世，老公爵的儿子（卡尔文派）继位，他开始庇护卡尔文派，而敌视布鲁诺所在的路德派，从而迫使布鲁诺不得不离开维滕贝格。1588年3月8日，布鲁诺在维滕贝格大学发表了《告别演说》，颂扬了德国教育的成就，也重申了自己的新的哲学信念。这可以引用《告别演说》中一段话来说明布鲁诺在德国的心情和状况。他说“……你们厚待我，并高度赏识我一直到今天，尽管我在你们这里没有声望、荣誉或影响，尽管我是被骚乱从法国驱逐出来的，尽管我没有任何国君的介绍信，尽管我没有任何挂在外面的勋章作装饰，尽管我没有受你的宗教教义检验过，对我的宗教情况甚至问也不问，而只要求我能表现出一种非敌对的、心情宁静的、倾向于博爱的精神，并能提交一张从事过哲学工作的证明。所以要求我这样做，只是希望我能成为新宫殿的柱石。对于你们来说，有了这一点，就把我作为一个值得尊敬的人，作为一个你们给予殷勤款待的人，载入大学名册，使他被视为最高尚、最有学问的学者之一，准许他不仅去教私立学校，不仅去教独特的不大的小组，而且还可以去教整个大学。对此应该再补充一点：当我过分酷爱自己的见解，并在公开讲授中阐述这样的观点——它们不仅在你们这里未获赞同，而且就是在许多世纪的时间里它们也仿佛是严厉地抽打和驳斥了在所有国家、所有地方都成了惯例的那种哲学——的时候，你没有给哲学设置任何框框，而且你们对这类学说宁取一种合理的温和态度，……这种东西在图卢兹、巴黎和牛津的大学里却引起可怕的喧嚣……”
《告别演说》发表之后不久，布鲁诺从维滕贝格迁移到布拉格，在那里住了6个月。这年秋天，他出版了《论种的研究与赖蒙德·卢里的组合灯》和《反对当代数学家和哲学家的一百六十条论纲》。后一部书是献给鲁道夫二世皇帝的。他在这部书的前言里宣布：宗教是仇恨人类的工具，人间愤恨是教会人士在无知的群众当中点燃的，教会人士窒杀科学知识的并迫害为自由而斗争的思想家们。由于向皇帝献书，布鲁诺得到皇帝的奖赏，赐给他300塔勒（德国旧时银币，1塔勒值3马克）作为离开布拉格的路费。
1589年1月13日他来到赫尔姆斯泰特（不伦瑞克公国）。在赫尔姆斯泰特大学执教一年。在此期间，不伦瑞克老公爵对布鲁诺很友好，给予很多赞助，并予以庇护，使他免遭教会人士的迫害。布鲁诺在教学之余，创作了拉丁文长诗，还研究、发展了宇宙构造的理论。1589年5月3日老尤里公爵去世，在全区哀悼会上，布鲁诺宣读了《悼词》。尽管重视知识的年轻的亨利希·代里公爵仍然很赏识布鲁诺，但由于布鲁诺坚持无神论观点和他对哥白尼学说的维护态度，还是在1589年秋天被当地路德教教派革出了教门。布鲁诺又一次陷入困境。
在赫尔姆施泰特大学，有许多学生是布鲁诺的追随者。其中一位来自纽伦堡的学生名叫耶朗尼姆·白斯勒，是他的得意弟子，后来成为他的亲密助手。白斯勒或是记录布鲁诺授的文章，或是整理记录文稿，辛勤地抄写大量笔札，其中有的是布鲁诺进一步研究时需要的资料，也有布鲁诺过去感兴趣的摘记。他的工作对于布鲁诺完成论著有很大帮助。
1590年上半年，布鲁诺完成了他的诺拉哲学三部曲，即《论单子·数和形状》、《论不可量度者与不可数者》和《论三种最小和限度》，进一步阐述了他的唯物主义观点。
1590年6月，布鲁诺决定离开赫尔姆施泰特前往法兰克福。他已积存了许多文稿，需要到那里去出版。另外，赫尔姆施泰特的政治气氛也很不利，他的敌人不能容忍他的无神论。反对他的阴谋在秘密进行着，再待下去处境危险。