李时珍虽然经常被这些大家贵族人家请去看病，但他不阿权贵，不受分外之财，一心治病救人，即使是贫困人家有病请他，他都欣然前往。
有一天，李时珍正准备带着庞宪上山采药，刚跨出家门，迎面跑来一年青壮汉拦住了去路，焦急万分地说：“我家女人快不行了，先生，您快救救她吧！”李时珍一问病情，方知这位壮汉的妻子两天前生了个小孩，生产以后大便干络，小便不通畅。肚子胀得难受。昨天傍晚，有一位走方郎中路过他家，他便请这位郎中诊治。这郎中从药壶中倒出一些白色的药末给他，让他分两次用温水冲化了服下。这药看上去像盐那样，便问了一下，这郎中说这不是盐，是芒硝，服下去以后，大小便很快就会通畅的。待郎中走了以后，就按他说的办法冲了一碗给妻子喝下。喝了以后，不但不见大小便通畅，反而肚子胀得更厉害。到半夜，妻子直说心慌口干，全身像火焚一样难受，只是要喝凉水。天快亮时妻子难受得不断在床上翻滚。
李时珍听罢，让庞宪去把药箱拿来，随这壮汉来到他家。这家的房子很陈旧，且又低又矮，屋内显得很昏暗。李时珍进入屋里，见一妇女躺在床上边呻吟边用双手捶着自己的胸口，两腿不停地乱蹬。走近一瞧，发现她的面部和口唇都呈青紫色，呼吸很急促，把过脉后，李时珍问那汉子：“你还有剩下的药吗？”
“有，有，还剩下一半，哪里还敢给她服呀！”这壮汉便把剩下的半包药递给了李时珍。李时珍拿着这药，走到屋门口亮处仔细地看过然后把药倒在地上，让壮汉取火来点着，只见一缕青烟冒起，这药竟燃了起来。“唉！这哪里是芒硝呀，是硝石！”李时珍说着回到屋里，从药箱内取出一丸三钱重的蜜丸放在碗里用温水化开，让这妇女服了。又秤一两生甘草，叫这汉子放在药锅内加水煮。李时珍却在这屋内守着，待那妇女喝下甘草汤后，约莫过了一个时辰，看那妇女慢慢地安静了下来，面部和口唇的青紫色退了下去，才放下心来准备要走。这时壮汉要付诊费和药费，李时珍说：“看你家并不富裕，你妻子刚生了孩子，这钱你留下替她买些吃的吧。”说完就走了。这壮汉千恩万谢，一直用目光把李时珍送远了才进至屋里。
李时珍和庞宪俩人回到家，庞宪就问了，“这郎中怎么会把药搞错的呢？”李时珍对他说：“这两种药从外形上很难区别，而且书本里写得也不清楚，自然容易搞错。”庞宪又问：“这两种药有什么不一样呢？”李时珍回答说“芒硝又叫皮硝，因为它可以用来加工皮草；硝石又叫火硝，它可以用来制造火药。这两种药从外形上很难区别，味道都是苦的，但芒硝遇火不会燃烧，硝石遇火很容易燃烧，而且火焰是蓝色的。刚才用火一试，你不是见到了吗？所以可以断定这是硝石。”“芒硝性寒，硝石性热，这两种药的药性完全不同，一弄错不是要病人的性命吗？这女子如果再晚一点儿，恐怕就不好救了。”又说：“生甘草可以解毒，甘草梢可以通利小便，所以刚才就用了甘草，这是一举两得。这蜜丸可以润肠通便。”庞宪听了很佩服师傅学识的广博，用药的精妙。
李时珍说完后，让庞宪随他到书房，李时珍拿过一本《证类本草》，翻到第三卷消石的一条（古汉语‘消’通‘硝’），指着其中“一名芒消”这几个字给庞宪看：“这是从《名医别录》中引的，说消石又叫芒硝，不是搞乱了吗？”
吃晚饭时，李时珍把这事告诉了父亲李言闻，李言闻叹了口气：“唉！差之毫厘，失之千里呀！”说完自顾自地吃饭了。而李时珍一听“差之毫厘，失之千里”这句话后，头脑里激起了阵阵思潮，他一手端着饭，一手拿着筷子老是发呆。李言闻看到他这样子，用两手指轻轻地敲了敲桌子：“你还在想那件事哪？快吃饭吧！”李时珍这才回过神来，低头扒了几口饭。
吃完晚饭，李时珍便来到书房，拿起《证类本草》细细地阅读。其实这本书已经读了多遍了，但今天他读得特别仔细，并做了不少笔记。他居然一口气把这本书从头到尾又读了一遍。读完后，他轻轻地叹了口气，合上书本，这时，传来了头遍公鸡的啼叫声。
打这天起，李时珍像着了魔一样，一吃完晚饭就往书房跑，并不断地支唤庞宪，一会儿让他拿些柴胡、藿香、金银花进来，一会儿又要黄连、南星、葳蕤，那书桌上凌乱地堆着好几十本书，还有他的读书笔记，平时所做的摘录等。地上像天女散下的花一样，到处是整棵整棵的药材。吴氏夫人好几回要进去打扫，他怎么也不让。弄得一家人都莫名其妙。
这样不知过了多少日子，有一天他终于跟父亲说出了心里话：“爹，我想重新编写一部本草书。”李言闻乍一听，以为是自己听错了呢，问：“你是说重新买一套本草书吧？”
“不！是重新写一部！”李时珍斩钉截铁地答道。
“重新写一部本草书？你知道天下的药物总共有多少种？你书读了不少，难道你不明白？”“最早的《神农本草经》收药365种，后来《名医别录》又收了《神农本草经》中没有的400多种药，唐朝的《新修本草》共有844种，到宋朝的《证类本草》已经有1 558种，你说这有完没完？”
李时珍并不言语，只是将父亲拉进了书房，从地上捡起几根药草，对李言闻说：“这是卷丹，可书上却把它写成百合。”“这是兰花，书上却写成兰草。”“这是南星，又称虎掌，原来是一物，这书上偏偏把它当做两药。”弯下腰去从书桌旁拿起两支药草，一手举着一支说：“这是葳蕤，而这是女萎，这分明是两种不同的药草，这书上又把它们当做一物。”接着他让李言闻在书桌前坐下，把那些笔记、摘录摊放至李言闻面前，指着说：“这是我从书本上抄下的，这里写着紫葳这药，《名医别录》称为‘陵苕’，又称作‘茇华’。而《本草经集注》说是‘瞿麦根’。《新修本草》却说是‘凌霄’，又称‘女葳’。还有这里称‘瞿陵’、‘武威’、‘鬼目’、‘陵时’……”“爹，你搞得清楚吗？”
李言闻听儿子这么一说，也不禁皱起了眉头。李时珍又抽出一些小纸片，递到父亲面前：“这些都是有效的单方，可是书本上都没有。”李言闻接过看了几张，上面写着：“玄胡止胃痛”、“川芎治头痛”、“生半夏末搐鼻治喉痹”等等。其中有一张写的是“三七治诸血”，李言闻问：“三七是什么药？”“三七？对！”李时珍边说，边跑到窗台前拿起一枝茎上长着七片叶子、茎下带着块根的药草，举到李言闻面前：“这就是三七，是夷陵州的老樵夫教我挖的。我亲眼看见这老樵夫砍柴时划破了手，用这块根研成的细末一抹上血就止住了。”“回来后我还查过这些书，哪本书上也没有这种药。”“这么好的药没写进书里去，爹！你说该不该重写？”
这时李言闻的心已经被打动了，他对李时珍说：“写吧！写吧！孩子……好好地写。”“不过这药物实在太多，写的时候纲目可要清楚呀！”
“对！一定要纲目清楚。这书名就叫《本草纲目》怎么样？”
“好！这是个好书名，就叫《本草纲目》！”李言闻说完后，两手支着桌子慢慢地站了起来，并放慢语调说：“你的兄长果珍至今也没有生儿育女，你就将建木过继给他吧。这样你也可少分散些精力。”
这建木是李时珍第四个儿子，也是最小的一个。时珍夫妇也想把这孩子过继给兄长，现今父亲一提，自然答应了。
在以后的一段日子里，李时珍做了些准备，便开始着手编写《本草纲目》。这是明嘉靖三十一年（1552），李时珍三十五岁。