1977年3月3日，中央决定华国锋任中共中央党校校长，汪东兴任第一副校长，胡耀邦任常务副校长。在此前曾有一小插曲，起初，叶剑英向华国锋推荐胡耀邦去中央党校主持工作。胡耀邦感到中央当时仍然认为“批邓、反击右倾翻案风”是必要的，出来也无法工作，便推辞了。2月27日，叶剑英约胡耀邦到他家谈话，说：你还是出来工作好，也是帮助我嘛！太重要的部门，他们不放心你去，中央已决定让你主持党校日常工作，去当常务副校长。你要去！凭你的智慧和才干，在那里是可以搞出点名堂来的。满妹：《思念依然无尽：回忆我的父亲胡耀邦》，北京出版社2005年版，第212、214页。
中央党校成立于延安时期，解放后曾一度改名为马克思列宁主义学院，1955年与华北革命大学合并，重新恢复了中央党校的名称。但由于陈伯达、康生长期插手，“文革”前中央党校就是中国政治思想理论界一块纷争不息之地。在这块被不少干部视为险境的地方，杨献珍、王从吾、林枫等历任主持全面工作的校长，没有一个能逃脱悲惨的下场，前车之鉴不远。对胡耀邦的任命，当时并没有引起人们太多的关注，没有人想到他在中央党校这个理论混乱、是非不清的地方，能发挥出什么作用来。
面对“文革”浩劫后的中国，胡耀邦敏锐地认识到：当前中国的首要问题是打破套在中国人民脖子上的两个枷锁：一是打破精神枷锁，从理论上击败“两个凡是”，将人们的思想从极左路线的禁锢中解放出来；二是打破组织枷锁，平反建国以来历次政治运动中的冤假错案，将社会从专制主义的迫害下解放出来。
据胡耀邦家人讲，4月，中央办公厅负责人看望邓小平时，邓小平明确向他们表示：“两个凡是”不行。深知这次谈话精神后，胡耀邦更加坚定了从思想理论上拨乱反正的信心。
为了推进思想理论上的拨乱反正，胡耀邦在中央党校复校过程中首先创办了一个内部刊物，叫做《理论动态》。这个刊物在1977年7月15日问世，第1期发表的文章是《对“继续革命”问题的探讨》。所谓“无产阶级专政下继续革命的理论”，是十年“文革”的指导思想，当时说成是“马克思主义发展史上的第三个里程碑”，评价极高，还作为党的指导思想写进了九大、十大的党章。大家只能不断深入学习，不允许有任何怀疑非议。《理论动态》的这篇文章却对“继续革命问题”提出探讨。这篇文章指出，把无产阶级专政下的革命仅限于上层建筑方面的革命，这是不对的。无产阶级专政下的继续革命，也应当包括经济基础方面的革命和技术革命，即生产力方面的革命。文章说，我们要实现“四个现代化”，不首先抓好科学技术革命是不行的。文章还指出，认为无产阶级专政下的继续革命就是反右，这不是毛泽东思想。有“左”，也有右，应当是有什么反什么。所谓探讨，虽不是从根本上否定，但对其中的某些重要观点提出了不同意见。在当时的背景下，讲这样的话是需要勇气的。
后来，胡耀邦在回忆拨乱反正时说：“理论上的拨乱反正，开始于‘无产阶级专政下继续革命’这一口号。《“继续革命”问题的探讨》，提出社会主义改造基本完成后，继续革命的主要内容应是文化、技术革命，生产力的革命。1977年7月那个时候提出这个论点是不容易的，可以说是理论上拨乱反正的第一个行动。我把这篇文章送小平同志看了，小平同志表示完全同意这一期。这是我和小平同志在理论问题上第一次接触。这篇短文当时就作为《理论动态》创刊第一期发表。”当时，中央办公厅一位同志打电话到理论动态组，传达邓小平的话：“基本同意提出的问题。”这对胡耀邦及理论动态的工作人员是个鼓舞。
胡耀邦将这篇文章看做是理论上拨乱反正的“第一个行动”，这篇文章也是他与邓小平在理论问题上的“第一次接触”。这篇文章是拨乱反正的一个标志。1977年8月召开的十一大，仍然提出坚持无产阶级专政下继续革命，仍然将这个理论写进了党章。十一届三中全会以后才废止了这个口号。可见拨乱反正之艰难。
1977年8月，胡耀邦要求中央党校教师杨逢春、叶扬、陈中撰写关于干部路线的文章。他把这三位请到自己的办公室，和他们谈了两个下午，详细阐述了他的一些思考。胡耀邦指出：
盛平：《胡耀邦思想年谱》（上卷），泰德时代出版有限公司2007年版，第87—89页。
二十年来，我们党的政治生活很不正常，首先是中央政治局的政治生活不正常。一是没有真正的集体领导，二是没有正常的批评和自我批评，使得少数坏人能够从中搬弄是非，诬陷好人。这是我们党执政后遭到的一次长时间的危机。粉碎了“四人帮”，本来有了彻底改变这种不正常状态的有利条件，可以全面恢复党的“八大”确立的政治路线，很可惜，没有及时抓紧利用这个时机。现在，党内很多同志都要求别再放过这个好时机了，但是看来要取得根本好转，还要有个过程。对这样一个过程，不能操之过急，必须一步一步地向前走，但也不能松松垮垮，要尽可能抓紧。
毛主席为什么要发动“文化大革命”？从十年浩劫一开始，我就在思考这个问题。建议大家好好想想这个问题。他说：今后在党校，要真正地广开言路，真正地实行“三不主义”：不抓辫子、不戴帽子、不打棍子。我还要加上一条：不装袋子！切切不可动不动就把一些道听途说或诬蔑陷害人的材料，装进一个同志的档案袋！他说：在革命战争年代，我们的党集中了中华民族最优秀的儿女，国民党固然比不上，任何民主党派也比不上。所以常常能转危为安，最终取得了革命战争的胜利。建国后，又涌进了更多的优秀人才，所以在三年过渡和社会主义建设中也取得了很大成就。他说：从一九五七年开始的二十年来，一个又一个莫名其妙的政治运动，坑害了一批又一批优秀人才，“文化大革命”的十年更是弄得到处都是冤假错案，人人胆战心惊。没被坑害的只能装哑巴，甘当“白痴”；因为“有道难行不如醉，有口难开不如睡”，谈不上还有什么建设社会主义的热情和激情来充分发挥他们的真才实学。那么剩下来的，则多半是些庸才、奴才和鹰犬了！他说：这样的社会，还能谈得上什么突飞猛进？这二十多年在经济上，为什么我们会落在日本、韩国、新加坡后面，甚至连台湾、香港都赶不上？最根本的原因就是把人心搞散了，把是非善恶的界限搞混了，与我们原来的宗旨背道而驰。这些年为什么求神拜佛的人越来越多？就是因为“小民有情而不得申，有冤而不得理，不得不诉之于神”嘛！这是顾炎武说的。做梦也没想到，我们立志改天换地的共产党人，竟也会像历朝历代封建统治者那样，制造出大量的让人有冤无处申的冤假错案！现在要真正拨乱反正，首当其冲的就是要全面落实干部政策，平反冤假错案，把“文化大革命”颠倒了的干部路线是非纠正过来。只有这样，才能把大量被迫害的干部解放出来，才能把压在各阶层人民心头的大大小小的石头都搬掉，才能使全国人民生气勃勃地发挥他们的聪明才智。要真正中兴我们的党和国家，非此莫属！他说：可是时至今日，还有一些同志并不这样看，他们以种种借口轻视甚至阻挠这项工作。因此我们应当从理论上阐明这项工作的正义性与必要性。
你们可以组成一个班子，搞出一个写作方案来。文章的题目可以叫做《把“四人帮”颠倒了的干部路线是非纠正过来》。文章中一定不要忽略一点，那就是党的十一大也提到了干部是我们党的宝贵财富，“四人帮”强加诬陷于人的一切不实之词应予推倒，但直到现在，这项工作仍未能进行。其原因就在于有些同志，特别是组织部门做干部工作的一些同志，对这样一个重大问题还有抵触情绪，这是非常危险的。写作过程中遇到什么问题，可以来找我，不必让秘书安排时间。关于文章写多长，他说：太短了，恐怕引不起多大影响。我与胡绩伟同志说好了，《人民日报》的一个版面有多大，文章的块头就多大。关于多少时间写出来，他说：在力求准确完善的前提下，当然快一点好。因为被迫害的同志和他们的亲属都在眼巴巴地望着哩！初稿写成后，胡耀邦前后修改十七次才最终定稿。
1977年10月7日，《人民日报》在第一版以整版篇幅发表《把“四人帮”颠倒了的干部路线是非纠正过来》一文，由杨逢春、叶扬、陈中三人署名。文章说，落实毛主席的无产阶级政策，特别重要的是要落实党的干部政策。文章揭露“四人帮”对干部进行诬陷迫害、残酷打击的种种事实，尤其是迫害担负各级领导职务的老干部的罪行。文章指出：至今有些同志，特别是做干部工作的同志，由于受“四人帮”流毒的影响，在落实党的干部政策这个大是大非的问题面前，工作很不得力，致使一部分有路线觉悟、有工作能力的干部还没有分配工作，对许多受审查的干部还没有作出正确的结论，一些混进干部队伍的坏人还没有处理。这些都说明，落实党的干部政策仍然是一项严重的战斗任务。文章鲜明地提出：我们要敢字当头，敢于冲破阻力，敢于推倒“四人帮”一伙在审查干部中所做的错误结论。一切强加给干部的诬陷不实之词，一定要推翻，颠倒的干部路线是非一定要纠正。
此时，人们普遍关心的问题就是解放干部、平反冤假错案。而《把“四人帮”颠倒了的干部路线是非纠正过来》一文的发表，有如茫茫冤海升起的一线曙光，使几千万蒙冤受害者看到了自己政治生命复萌的希望。在一个月的时间里，人民日报社就收到了上万封信件和电报，收到的信件装了一麻袋，纷纷表示拥护平反冤假错案。文章发表当天，有的家庭竟然全家人激动得哭了一个晚上。
然而，中央有些人却非常恼火，认为这是制造新的不稳定因素。胡耀邦同来他家谈论这件事的文章作者谈话时明确指出：“看来我们这篇文章(指《把“四人帮”颠倒了的干部路线是非纠正过来》一文)是打响了，凡是蒙冤受苦的人都欢欣鼓舞。可是也有人不高兴，认为我们闯了乱子。这不奇怪。自从我们的党诞生以来，每一个历史阶段都有正确与谬误的重大斗争。有时恰恰是谬误的一方占了上风，这种风还刮得很猛，简直就是十二级台风。但是只要正确的一方沉着应战，坚持不懈地努力，最后总会取得胜利。现在我们也正处在与一股新的十二级台风抗衡的关键时刻。我们既然坚定有力地跨出了第一步，就决不后退，并努力扩大已经打开的突破口。用苏东坡一句名言鼓励在座的同志：古之立大事者，不惟有超世之才，亦必有坚忍不拔之志。希望这些同志都有当仁不让、坚忍不拔之志。”满妹：《思念依然无尽：回忆父亲胡耀邦》，北京出版社2005年版，第256页。
1977年11月27日，《人民日报》在头版头条以醒目的通栏大标题，发表了《毛主席的干部政策必须认真落实》一文；二版仍以此为总题目，选登了五封读者来信，并对各地落实干部政策情况作了连续报道。
凭借着这股劲风，中组部的干部上书中央，强烈要求撤换中组部部长。叶剑英、邓小平等也出面过问此事。12月10日，中共中央决定胡耀邦出任中央组织部部长。