1978年，平反“文化大革命”中的冤假错案的工作开展起来不久，根据形势发展的需要和现实中的情况，复查“反右派”、“反右倾”、“四清”运动中的历史遗留问题很快就提到了议事日程。
1978年4月中央下发了摘掉右派分子帽子的通知。9月，中央明确提出了对错划右派进行复查改正的任务；中央组织部、中央宣传部、中央统战部、公安部、民政部联合成立了办公室，中央组织部内成立了审改办公室专门负责这项工作。
中央组织部在1978年11月下发的关于落实农村基层干部政策的几点意见中，提出了复查“四清”、“反右倾”、“整风整社”等运动中错案的若干政策问题。
1979年7月，中央又下发了关于对被定为右倾机会主义分子的平反、改正问题的通知，按照中央的部署，关于处理“反右倾”运动中的遗留问题，当时主要是由中纪委负责，中央组织部协助做些工作。
过去在群众中，把“文化大革命”、“反右派”、“反右倾”、“四清”运动简称为“四大运动”，实际上全国各地把这些都纳入了落实政策的范围内同时进行。党的十一届三中全会以后，这方面的工作进展很快。但在1979年上半年，工作中也出现了一些苗头性问题，这就是有一些人持否定一切的态度，要求把建国以来历次政治运动中的问题统统翻腾一遍，而且呼声越来越高，来信来访呈猛增的趋势。如何正确、妥善地处理好这个问题，关系到落实干部政策工作能否稳妥健康地进行，也关系到能否稳定大局。
1979年6月中央组织部召开了“落实干部政策工作座谈会”，会上强调了处理“文化大革命”前历史老案的方针和原则，明确提出：“文化大革命”以前的案件，包括1957年反右派，1959年反右倾，还有社会主义教育运动中也有搞错了的。这几方面的案子，该复查的还要复查。……除此之外，还有其他一些案子，不一定再来搞什么平反。三反五反、统购统销、肃反、土改，还有男女关系、贪污腐化、蜕化变质，处理轻一点重一点，没有必要统统翻一遍。至于重要案件完全搞错了的，把人家错开除了党籍，错开除了公职，把内部问题当成敌人处理的，个别案件个别解决。基本事实没有什么变化，就不要再动了。会议强调主要着眼于政治上解决问题，不要在经济问题上过多纠缠。根据会议讨论的意见，确定了以下几点：
第一，历史案件作为正常工作来解决，找上门来的要受理，要具体分析，结论没有错的要进行教育，要跟他们讲清楚，犯了错误改正了很好，党组织可以量才使用。对于错被开除公职、错被定为敌我矛盾的，要认真复查改正。
第二，由现在单位受理为好，因为相隔时间长，变化很大，有的原单位已撤销。
第三，改正后，工作由现在单位解决，就地安排。生活有困难的可以适当补助，不补发工资。
会后，经中央批准，中央组织部下发了《关于文化大革命前一些案件处理意见》，明确提出了处理历史老案的原则、方针以及政策界限。实践证明，这些原则和方针是正确的，对妥善及时地处理好历史遗留问题发挥了重要的作用。
从1981年开始，各省、直辖市、自治区相继把复查工作的重点转到“文化大革命”前其他历史遗留案件的复查工作上来了。
关于错划右派的改正工作。党的十一届三中全会后，这项工作大大加快了步伐。1979年2月，中央组织部和中央统战部召开了全国右派复查改正工作经验交流会，宋任穷和刘澜涛等在会上讲了话，着重阐述了贯彻三中全会精神，实事求是处理历史遗留问题的重大意义，并且第一次提出了“1957年反右派斗争犯了扩大化错误”的问题，强调指出：“改正错划的右派，就是改正我们在反右派斗争中的错误”，“无论哪一级组织或哪一个人批准定案的，凡是错了的都要改正”《宋任穷回忆录(续集)》，解放军出版社1996年版，第93页。。这是一次经验交流会，也是解放思想的促进会。随后，各省、直辖市、自治区，以至地、县都召开了类似的会议。此后，针对这项工作中出现的新情况和突出矛盾，党中央又就错划右派改正后的安置等善后工作的政策问题发出了通知，使反右派斗争中遗留的问题，从政策规定上得到了较彻底的解决。到1981年上半年，这项工作已胜利结束。全国共改正了54万余人的右派问题，占原划右派总数55万人的98%以上。给失去公职的27万人恢复了公职，重新安排了工作或安置了生活，对原来工作安排不当的作了调整；另外，对被划为“中右分子”和“反社会主义分子”的31.5万余人以及受到株连的亲属，也落实了政策。
关于解决地下党历史遗留问题。建国初期，在对地下党组织进行普遍清理的工作中，也存在着一些失误，致使一些干部受到了错误的处理和不公正的对待。1981年7月，中央组织部致函中共福建省委转达胡耀邦关于地下党历史遗留问题“要很好抓一下，公公正正地解决，请先从福建抓起”的指示，要求中共福建省委指定有关部门予以调查了解，并把结果告诉中央组织部，以便共同研究处理办法。中共福建省委对处理地下党的遗留问题非常重视，由省委书记负责，自1981年10月开始，到1984年底，对福建地下党的一些重大历史遗留问题，作出了明确的结论，恢复了地下党原来的革命形象，分清了是非，增强了团结。1982年3月，中央组织部印发了经中央批准的中共云南省委《关于解决云南地下党、“边纵”历史遗留问题的报告》和《关于为郑伯克同志恢复政治名誉的报告》。1982年8月，中央组织部还批准下发了中共陕西省委组织部《关于西北联大地下党组织的情况和有关人员党籍处理意见的报告》。
关于“中原突围”历史遗留问题。1980年8月，一些老干部给党中央写信，反映1946年我中原部队在突破国民党大军重重包围这一特别紧急的情况下，部分部队和地方工作人员由于复员、隐蔽、掉队等原因，造成的历史遗留问题，要求组织上实事求是地妥善解决好。这是涉及湖北、河南、湖南等省，影响较大的问题。胡耀邦对此作了批示，要求加以研究，定出具体实施办法加以解决。中央组织部把胡耀邦的批示和有关材料转发给中共湖北、河南、湖南等省委。此后，湖北、河南、湖南等省按照中央要求，做了许多工作。通过这次复查，共解决了约5万余件隐蔽、掉队人员的遗留问题，纠正了解放初期错误处理的案件，得到了各方面的好评。
关于苏区肃反被错杀人员的历史遗留问题。1930年至1935年，苏区在“左”倾错误路线的影响下，开展了肃清“AB团”、“改组派”、“社会民主党”、“第三党”、“取消派”的运动。苏区肃反中错杀大批人是一桩历史错案。党的六届七中全会《关于若干历史问题的决议》中指出：“由于错误的肃反政策和干部政策中的宗派主义纠缠在一起，使大批优秀的同志受到了错误的处理而被诬害，造成了党内极为痛心的损失”。“一切经过调查确系错误处理而被诬害的同志，应该得到昭雪，恢复党籍，并受到同志的纪念。”但是，建国前没有来得及解决这个问题，建国后，1954年中央就妥善处理这个问题提出了意见，比如江西、福建、湖北等省平反了近2万人，其他省对被错杀的党政军主要领导干部也进行了平反昭雪，但对多数人的问题尚未解决。党的十一届三中全会以后，许多被错杀人员的亲属和一些老同志多次强烈要求解决好这一历史遗留问题。中央有关领导指示由中央组织部和民政部研究提出处理办法。两部经过反复研究，于1983年3月和6月向中央和国务院上报了有关这一问题的处理意见，明确提出了开展这项工作的方针和政策界限。有关省的组织部门与民政部门密切合作，开展了深入细致的复查工作，解决了许多历史遗留问题。
关于对建国以来一些干部审查专题文件规定的清理问题。建国后由于受“左”的思想影响，制定了一些相关文件规定，随着形势的发展和情况变化，有一些已经不适用。对此，中央组织部对这类文件规定作了必要的修改或予以废止，对于因此受到错误处理的干部，给予复查改正，解决了一批多年遗留的问题。
在大规模平反冤假错案的同时，中共中央对过去受阶级斗争扩大化错误的影响而造成的大量历史遗留问题也进行了认真清理，并给予了实事求是的解决。
1979年1月11日，根据党的十一届三中全会原则通过的《农村人民公社工作条例(试行草案)》的有关规定，中共中央特作出决定：
1.凡是多年来遵守政府法令、老实劳动、不做坏事的地主、富农分子以及反革命分子、坏分子，一律摘掉帽子，给予农村人民公社社员的待遇。
2.地主、富农家庭出身的农村人民公社社员，他们本人的成分一律定为公社社员，享有同其他社员一样的待遇。
3.地主、富农家庭出身的社员的子女，他们的家庭出身应一律为社员，不应再作为地主、富农家庭出身。
4.要从党内到党外，组织广大干部和群众认真学习党的政策，做好思想教育工作。
这一决定在全国引起了极大反响，受到了广大人民的热烈拥护。这意味着至少有2000万人将结束30年来倍受歧视的历史，享受到应有的公民权利，开始政治上的新生。全国先后有440多万人由此被摘掉了地主、富农的帽子。这是中共中央在全党工作着重点转移的新形势下采取的一项深得人心的重大决策。
1979年7月13日，中共中央发出通知：对在1959年以来的反右倾运动中，因反映实际情况或在党内提出不同意见，被定为右倾机会主义分子或右倾机会主义错误的，一律予以平反、改正。本人及家属子女的档案中，有关反右倾斗争的材料，一律销毁。凡是一切搞错了的人和事，都必须毫不动摇地加以纠正。这一决定使一大批共产党员卸下了压在心头达20年之久的右倾包袱，获得了政治上、精神上的解放。
1979年11月12日，中共中央批转中央统战部等六部门《关于把原工商业者中的劳动者区别出来问题的请示报告》。按照文件精神，经过一年多的工作，到1981年11月，全国共有70多万名小商、小贩、小手工业者及其他劳动者被从原工商业者中区别出来，恢复了劳动者的成分，从而妥善地解决了这一社会主义改造中遗留下来的历史问题，纠正了当时的错误。
1979年11月12日，中共中央在相关文件中还决定对1963年至1965年期间，一些高等学校定案处理的五六百名所谓反动学生，根据党的实事求是原则和中央关于处理右派问题的精神，进行一次认真的复查，作出了正确处理。
1980年5月15日，中共中央书记处对在“三支两军”中犯错误的干部的处理问题作了重要指示，指出：在“文化大革命”的历史条件下，部队的一些人在“三支两军”中犯错误是难免的。对他们犯错误的原因，要进行历史分析，还要看本人对错误的认识和态度。对待历史问题，只能按政策办，宜粗不宜细，宜宽不宜严。根据这一指示精神，各地均慎重地处理了“三支两军”中遗留的问题，比较妥善地解决了这一人民内部矛盾。
粉碎“四人帮”反革命集团以后，党内外广大群众强烈要求纠正十年内乱的错误，平反冤假错案。全国各地陆续为一些有影响的著名人士如科学家赵九章、熊庆来，乒乓球运动员容国团，艺术家周信芳、郑君里、严凤英、潘天寿、盖叫天，上海市副市长、国际问题专家金仲华等平反昭雪。
但是，由于党的指导思想中仍然是“左”倾错误占统治地位，平反工作主要是限于案情简单，牵涉面不广，不是中央定的一些案件。这期间虽也为“文化大革命”前17年公安工作进行了平反，中央军委为许光达平了反，但总的来说，涉及党和国家重要领导人的功过是非，在全国有影响的大案、要案的复查与平反，因尚涉及政治上的一系列原则问题需要解决，因而还没有提到日程上来，群众对此呼声很强烈。
党的十一届三中全会和全会前的中央工作会议，认真地讨论了“文化大革命”中发生的一些重大政治事件，也讨论了“文化大革命”前遗留下来的某些历史问题，实事求是地为邓小平平反，审查纠正了对彭德怀、陶铸、薄一波、杨尚昆等所作的错误结论，并且为天安门事件、所谓“六十一人叛徒集团”问题、“新疆叛徒集团”问题、“东北叛党集团”问题平反。这一举措为全国平反冤假错案工作的开展创造了前提条件。从此，平反冤假错案的工作得以在更大规模、在更大范围内展开。王洪模、孙大力等：《改革开放的历程》，河南人民出版社1989年版，第152—155页。
为党和国家领导人、军队领导人平反。三中全会为邓小平、彭德怀、陶铸、薄一波、杨尚昆等党和国家领导人平反之后，中央又发出了为贺龙、乌兰夫、彭真、谭震林、陆定一、罗瑞卿、肖劲光、肖华、杨成武、余立金、傅崇碧和党的早期领导人瞿秋白、张闻天、李立三的平反文件。还先后为“文化大革命”前受到错误批判的谭政、习仲勋、黄克诚、邓子恢等平反。党的十一届五中全会为“文化大革命”中最大的冤案刘少奇一案平反。
为党和国家有关部门领导人平反。从1979年到1982年，为周扬、夏衍、田汉、阳翰笙、周小舟、张琴秋、邓拓、廖沫沙、徐冰、张经武、吴溉之、邹大鹏、伍云甫、章汉夫、赖若愚、董昕、冯雪峰、马明芳、王维舟、贾拓夫、张子意、安子文、陈昌浩、李德生、杨献珍等人平反。1980年9月19日，中共中央发出通知，对“文化大革命”中在中央、地方以及军队的报刊、文电上被错误点名批判的同志，宣布一律平反。
对全国各地发生的事件、案件进行复查平反。继为天安门事件等平反之后，又为武汉七二○事件，宁夏青铜峡“反革命暴乱事件”，云南沙甸事件，“三家村”冤案，“新内人党”冤案，“内蒙古二月逆流”冤案等进行了复查和平反。
为被错判的反革命案件，刑事案件，冤杀、错杀案件予以改判或平反。据有关部门不完全统计，“文化大革命”中，以反革命罪判处死刑的有10402人，加上其他案件，共判处死刑23921人，冤杀错杀情况相当严重，特别是以反革命定罪而冤杀错杀的很突出，遇罗克、张志新、史云峰等就是典型事例。对此，各级人民法院做了大量的认真纠正、改判或平反的工作。
为中共中央和国务院的下属部门平反。主要有：撤销了所谓中共中央对外联络部实行“三和一少”、“三降一灭”的错误结论；为所谓“中宣部阎王殿”彻底平反；为全国统战、民族、宗教工作部门摘掉“执行投降主义路线”的帽子；为把原文化部说成是“帝王将相部、才子佳人部、外国死人部”的错案彻底平反；为解放军总政治部被诬为“阎王殿”冤案彻底平反；为把档案工作打成“反党反社会主义黑线”错案彻底平反；撤销了1966年2月部队文艺工作座谈会纪要；撤销了《全国教育工作会议纪要》。
为在历次政治运动中受到迫害的党外人士平反。1979年到1982年，陆续被平反的著名党外人士有：翦伯赞、高崇民、吴晗、马寅初、曾昭伦、费孝通、黄药眠、陶大镛、钱伟长、吴景超等人。还为在“文化大革命”中因受迫害而逝世的黄绍竑、刘王立明、吴晗等人举行了追悼会。还平反了国民党起义投诚人员中的冤假错案，落实了两航起义人员政策，还为454000名国民党起义投诚人员落实了政策。
对“文化大革命”前的冤假错案也进行了清理、纠正。如：为1959年反右倾运动中被定为右倾机会主义分子的同志平反；为1955年的“胡风反革命集团”一案平反；为1958年青海省平叛斗争扩大化而株连的人平反；为全总党组第三次扩大会议被错误处理的同志平反；为“华北山头主义”平反，为潘汉年、杨帆一案平反，等等。在基本解决了建国以来的冤假错案的平反工作后，又集中精力继续对30至40年代的历史遗案进行了实事求是的复查和纠正，平反了一批冤假错案。如关于地下党问题上的错案、根据地的肃反问题、肃托问题上的错案，等等。