1894年，当日本因朝鲜内部发生暴乱，要求清政府按照十年前与日本政府的约定，同时出兵平叛时，清政府就显得很不乐意了。这一方面是因为朝鲜与南部藩属还是不太一样，日本如果占领了朝鲜，就意味着大清国的首都直接暴露在日本的战争范围内，两地距离太近了；另一方面，30年的发展与积累使清政府中清议派、鹰派等态度强硬，以为凭借号称世界第六或第八的北洋海军，灭掉小日本还不是易如反掌。但中国军队根本不是日本军队的对手，中国海军在丰岛海战中吃了一个大亏，损失惨重，紧接着，以淮军为主体的清军在朝鲜陆地上几乎不堪一击，望风而逃，直奔鸭绿江，直奔国内，日本军队一鼓作气，紧追不舍。待到9月17日，中日两国海军又在黄海决战，邓世昌、林永升等壮烈殉国，北洋海军蒙受巨大损失。
严复没有想到中国军队是这样不堪一击，时局竟然在这短短的时间里发生这样的根本转折。根据严复的消息，自朝鲜战火点燃后，告急电报日数十至，李鸿章自知此次危机可能不那么容易化解，于是也精心布局，认真应对。9月12日，命总兵刘盛休铭军十二营开往朝鲜，提供增援。按照计划，刘盛休部将从鸭绿江之大东沟登岸，丁汝昌率“定远”、“镇远”、“济远”、“靖远”、“致远”、“经远”、“来远”等11艘战舰自大连至大东沟，护送铭军前往朝鲜。9月16日，日本舰队司令海军中将伊东祐亨亦率11艘战舰到了大东沟，第二天，双方自中午12时战至下午5时许，日军大胜，清军大败，“致远”、“经远”、“超勇”、“扬威”四舰沉没，广甲亦毁，管带邓世昌等战死，剩余的战舰力尽而退，撤至旅顺。
对于大东沟海战的失败，作为北洋水师学堂总教习，严复当然有自己的关切和判断，他根据随军助战的德国人汉纳根提供的情况，说是北洋军械局张士珩在战前不肯给各舰配置足额的弹药，致使中国战舰到了对打时，根本不能应手，错失战机，否则大东沟之战至少可以击沉日舰7艘或更多。
对于北洋的腐败，严复非常痛心，他在写给友人的信中表示小人之贻误军国大局，也真的不可小视。张士珩是李鸿章的外甥，他之所以敢于贪赃，无疑自认为有这样的后台和大背景。这种事情，如果在平常不出事，也就罢了，一旦到了战时，出了大事故，即便是亲儿子也保不住。所以在战后追究责任时，张士珩被诉盗卖军火罪，非法得利数十万两赃款，而且更可恶的是，张士珩的买家竟然还是日本人。北洋如此腐败，焉有不败之理？这怎能不让严复愤怒？
严复将愤怒的矛头引向李鸿章。他认为，中国之所以在这场战争中一再被动，均源于李鸿章用人有误。最初是听信武断独行的袁世凯，对朝鲜时局、日本谋略，判断有误，致使中日不得不诉诸武力；其次，信其婿张佩纶对淮军内部人际关系的分析，一门心思想让个听话的同乡卫汝贵挑大梁，命其率骑兵、步兵6000人进驻平壤，原本准备在那儿进行一场会战或决战，然而卫汝贵不仅不积极抗敌，反而贪污军粮军饷，致使全军大哗。待到快要与日军进行决战时，卫汝贵竟然一路狂奔逃亡沈阳。第三，严复认为，李鸿章更不应该重用其外甥张士珩，李鸿章对自己的外甥究竟是什么样的德性，不能说一点不知道，对于张士珩的贪婪应该有所了解，这样重用私人，结果张士珩贪赃枉法，致使军火短缺，炮台皆不足以毙敌。李鸿章以自己一生的勋业，徇此四五个私人的情面，从而使国家蒙此大难，李鸿章除了以死谢国，还有什么颜面苟活于这个世界上呢？
由甲午战争前期失败，严复大约彻底改变了对李鸿章的看法，他似乎不再像过去那样对李鸿章有什么期待，所以在战争进行中，他就向陈宝琛提出一个重要建议，希望陈宝琛致信张之洞，劝其抓紧筹款，尽量多地向西方国家订购军火，以便北洋不支、李鸿章不支，张之洞能够迅速取代李鸿章，掌控大局，挽回颓势。严复由愤怒转为失望，由失望开始为国家也为自己寻找退路，准备离开北洋，转投南洋，追随两江总督兼南洋大臣张之洞。
当战争依然在持续进行，严复对战争及其相关事务的演变发展依然给予密切关注，并随时给予点评，只是这种点评并不公开，而是在朋友圈中说说。
严复认为，中日战争发展到今天这种样子，已经远远超出最初的预料，平壤溃败后，东三省已成无险可扼之区。现在东三省将失，门户荡然，京师一无可恃，从各省征集来的新兵毫无训练，与原有的八旗、绿营一样，不过是一群乌合之众。这简直就是拿战争当儿戏，真的不知道这艘中国之船将漂流向何方。
对于朝廷的动向，严复高度关注，但很少认同。严复指出，朝廷在战争尚未发动时，一味听从那些不负责任的主战言论，因而一再责备李鸿章不积极备战，一味主和。现在到了不得不和的时候，朝廷又显得惊慌失措。根据严复的看法，局势之所以弄到现在这样尴尬的局面，主要在于朝廷君臣上下平时对洋务、外交绝不留意，致使临事之顷，如瞽人坠窨井，茫然没有头绪不知出处何在。中国之所以在这场战争中一错再错，处处被动，不是日本人智慧高超，手段狡猾，实中国人谋之不臧，既错误地估计了形势，又错误地制定了计划，战前以为中国真的很强大，自我虚张声势，以为战胜日本易如反掌。战争爆发后，朝廷又是一错再错，所用必非人，所为必非事。而朝廷内部那些空谈高论的人尤其可笑，他们一再弹劾李鸿章，大事小事胡说八道，捕风捉影，无一语中其要害。结果这就使李鸿章更加蔑视天下之无人，推诿挟制，已经没有任何办法对其约束了，李鸿章从此成为朝廷的真正主宰，谓战固我战，和亦我和，假如朝廷真敢对李鸿章动手，那么问题可能更大，中国甚至可能会因此而发生大变故。现在战争愈不可收拾，而李鸿章之意气愈益发舒，愈觉得自己了不起。这在严复看来，才是中国的真正悲剧。一场甲午战争，彻底改变了严复对李鸿章的看法，这显然与其是李鸿章部属的身份很不相称，大约由此亦就注定了其后来的思想进路。
严复比较独特的言论在他的朋友圈子里引起了相当反响，因而究竟中国应该怎么办，似乎大家也都愿意听听严复的不同意见。10月3日中午，李鸿章的翻译兼机要秘书，也是严复的老同学罗丰禄专门跑来谈时事，表示想听听严复对于时局变动的看法。严复说话真的是直来直去，毫不掩饰，他认为在目前情形下，最大的要着就是“治标”，就是救急。他表示，假如他位于一省督抚的话，那么他能做的就是借洋债，募洋将，购洋械，想方设法打败日本，至少也要尽最大限度减少中国的损失。
对于严复的这些说法，罗丰禄表示认同，但马上又说，如果真的这样做，也非李鸿章莫属。罗丰禄对李鸿章虔诚崇拜和高度迷信，所以他无法想象离开李鸿章的中国会怎么样。
与罗丰禄的判断似乎不一样，或者根本相反，严复认为，李鸿章表面上看是洋务新政的领导者，其实他的洋务新政，是不求洋务真才，借洋债则洋人不信，募洋将则对这些洋将的能力根本不知，购洋械则被各种各样的贪官污吏从中侵蚀，所以他们即便能够有救急治标之心，也无挽救危局拯救中国的能力和条件。
战场的连续溃败使朝廷惊慌失措，失败主义思想在朝野持续蔓延，许多人认为中国军队特别是北洋海军既然这样不堪一击，大清国指望着北洋海军重振雄风似乎毫无希望，因而有许多人以为既然迟早都会失败，迟早都要议和，那就不如早和，及时止损，宁愿现在吃点亏，事后认真振作，或许还能失之东隅，收之桑榆。大清或许不致就此沉沦就此陷入万劫不复之境地。
对于这种失败主义情绪，严复给予严厉驳斥，以为所谓事后认真振作的想法不外乎苟延残喘，偷活草间而已。事后振作，恐必难期。为什么这样说呢？因为中国吃亏根本不是从现在开始的，中国从一开始似乎就走上了一条错误的路径，所以在这条错误的路径上，中国不可能有根本改变。严复认同这样的看法：后病深于前病，后著不及前著。这就是中国目前的困境。由此，严复不自觉地想到易代更革之事，想到或许还有更危险的事情发生，有着悠久历史文化传统的中国难道就此发生根本转折，5000余年文化传统难道就此扫地以尽？严复的困惑越来越严重。
按照严复现在的心情，他已经无法继续认同李鸿章在这场战争中的所作所为，他的看法甚至与李鸿章的主张刚好相反，严复甚至意识到自己无法继续在北洋待下去，所以他一再通过陈宝琛了解张之洞的动向，暗示自己对张之洞的好感和仰慕，这显然是准备弃北洋而转投南洋。
随着战局的发展，严复的心情越来越沉重，对李鸿章的批评也越来越严厉。10月25日，日军第一军败宋庆所部刘盛休军，占安东九连城。宋庆率部退守凤凰城，刘盛休所部败走岫岩，凤凰城无险可守。3天后，中国军队继续败退，日军不攻而占凤凰城。11月6日，日军第二军相继攻陷金州、复州。
日军连战告捷，中国军队步步退守，九连、凤凰二城连连陷落，日军在旦暮间轻取金、复二州。中国在战略上越来越被动，而日军则如鱼得水，越战越勇，日军北向则与从东而来的日军合围袭击奉天，南下则直接威胁旅顺口。旅顺口原本为清军重要防地，然而现在其地驻军已被调离，防守显然不足。更重要的是，留守在那儿的清军船坞总办道员、营务总办龚照玙在严复看来原本就是一个市井小人，他不可能为国家为战局不顾一切在那儿坚守。后来的事情证实了严复的判断，龚照玙还没有看到日本人的进攻，但闻金州失守，竟然置诸军于不顾，乘鱼雷快艇仓皇逃亡烟台。严复认为，旅顺不守，则北洋海军不败自废，而且门户既失，堂奥自惊，日军无须长驱就可轻取京师。中国大局到了11月初，实际上已经岌岌可危。
岌岌可危的战局牵动着严复的神经，深化他对中国之所以一败再败而不觉悟的认识。他认为，自中日战争爆发以来，中国的问题日渐暴露，所练军队基本上不能用于实战，要说半年来的战绩，中国军队自开战以来，也只有大东沟一战，还能差强人意，多少维护了中国军人的荣誉。推求厥咎，中国在战场上连连失误，大半皆坐失先着，绸缪之不讲，调度之乖方，李鸿章真的是无法辞其责。这是严复对李鸿章此时的一个基本看法。
但是对于那些乘机弹劾李鸿章的人，严复也无法认同。11月7日，他在友人处得见10月5日张謇、文廷式等科道诸公弹劾李鸿章的一份奏折，其目的就是要将李鸿章赶下台，大致说日本不足为中国患，事势危殆，皆因李鸿章昏庸骄蹇，丧心误国，若将李鸿章罢免转而提升湘楚诸人若刘坤一，则中日之战局必然发生根本转变。对于这样一种盲目的乐观，严复不愿苟同。他的看法是，朝廷怎样处置李鸿章，可能都不算过，因为李鸿章在这场战争中所负的责任实在太大，而张謇和文廷式这样的指责则不足以服其心，且刘坤一究竟是怎样一个人，这是大家都知道，真的让他取代李鸿章负起战争全局的责任，可能还不如李鸿章，其结果不足以夷大难，徒增一曹人献丑而已。
在严复看来，中国在这场战争中一再失误一再惨败的根源不在军事布局和谋略，而在制度在用人，国家多年来习惯了用旧方法旧手段提拔人才，而绝不留神济事之才，在很多情况下和很大程度上，朝廷实行的是一种逆淘汰的人才选拔机制，徒以高爵重柄分授庸奴，而那些拥有真才实学真本事的人，可能因不跑官、不买官、不闹官等原因而沦落草野或民间。于是，当战争爆发了，环顾朝野上下，朝廷内外，22个行省无一可用之人，以此亡国，谁曰不宜？朝廷最近委派恭亲王督办军务，显然是对李鸿章的军事布局有所不满，有所调整，但是京师士大夫对于时务茫然懵然，不知中国问题病根所在，徒自头痛说头，脚痛说脚，没有定见，没有立场。现在虽然我清国不想打了，也打不了了，我欲求和，而日人则以为时机未到，不愿答应。中国只好束手待毙，一筹莫展。中国出路究竟何在？严复还是把所有期望都压在张之洞身上，以为张之洞有总督两江之命，力完气新，极足有为，果其措施得宜，则或许是中国的未来希望，只是张之洞此时也必须谨慎从事，拼命踏踏实实做去，或有望头，不然随风而靡，又是一个过路人。
严复对张之洞的期待有着不可明说的意思，那就是离开北洋转投南洋。这层意思严复没有说破，但他在信中的一再流露和提示，似乎已被陈宝琛所理解，陈宝琛肯定将严复的这层意思向张之洞作了转达，张之洞大约也有一定的表示，所以严复又在回复陈宝琛的信中竭力赞赏张之洞，以为张之洞素为公忠体国之人，想必在未来一定会有一番经纬。但他又谦虚地表示自己爱莫能助，请陈宝琛不要太多地说到自己了。这种暗示其实很明显，就是要让陈宝琛予以引荐。