2002年国务院做出《关于深化改革加快发展民族教育的决定》，召开第5次全国民族教育工作会议，推出了新的扶持政策：国家实施西部地区“两基”攻坚计划，深化农村义务教育经费保障机制，改革首先在西部实施；“两免一补”（免杂费、免书本费、补助寄宿生生活费）政策率先在西部地区实施，农村义务教育阶段学杂费全部免除；实施东部地区对口支援西部地区学校工程，各项助学政策重点向民族地区贫困家庭学生倾斜；内地西藏班、新疆高中班办学规模逐步扩大，各级各类学校民族团结教育进一步加强。
2005年12月，国家民委和教育部联合召开全国民族院校工作会议，制定了《关于进一步办好民族院校，加快民族高等教育发展的意见》。目前，全国已初步形成了以13所民族院校为主体，以民族学科为特色，学科门类较为齐全的高等民族教育体系。民族地区已初步建立起以独立设置的各级各类职业学校为主体，其他教育机构共同参与的，多渠道、多规格、多形式的培养和培训中初级实用人才的民族职业技术教育网络。
这些扶持政策成效显著，到2009年，少数民族在校生达到2239万人，比2002年增长9.6%，高中阶段和高等院校少数民族在校生达到188万和88万，分别比2002年增长71%和75%。