（1）粪便的消毒。将粪便堆积起来使其发酵。为使其发酵得更好，可拌入少量铡短的青草或干草，外加盖杂草，并用稀泥严密地封闭起来，因其内部温度可升高到70℃以上，粪便中的一般病原微生物及虫卵均被杀死，这对防治家兔的球虫病，具有特别意义。经生物消毒法消毒过的兔粪，既可作肥料施用，也可投入沼气池中作为沼气原料。
（2）污水的消毒。污水特别是疫区的兔场污水，常含有大量病原微生物，应进行污水的无害化处理——消毒。因而，养兔场都应该有污水无害化处理的设备。污水无害化处理可采用生物学和化学的方法。先使污水在缺氧条件下，较长时间积贮于沉淀池中。一方面可使污水逐渐澄清；另一方面由于厌氧性微生物活动，消耗掉污水中的大量有机质，并使需氧性微生物无法生存。而后再将澄清的液体通过喷洒的方法转入滤过池里。在喷洒过程中又可杀死一部分厌氧微生物，最后将滤出的水用漂白粉消毒（每立方米水用漂白粉8～10克）。