胚胎死亡的原因很多，有先天性的、营养性的、中毒性的和病理性的等。
（1）胚胎前期死亡。指1～5天死亡的胚胎。主要原因是种鹑的营养水平及健康状况不良，日粮中缺乏维生素A、维生素D；或种蛋保存不当，感染了细菌，或长途运输中受到高温或剧烈震动，或贮存期超过两周等。
（2）胚胎中期死亡。指12天左右死亡的胚胎。主要原因是种鹑日粮中缺乏维生素B2、维生素D3；脏蛋未消毒；孵化温度过高；通风不良等。
（3）胚胎后期死亡。指14～16天死亡的胚胎。主要原因是通气不良，缺氧闷死；软骨畸形。如胚胎充血，则表明受到高温的影响；小头打嘴，则说明通风换气不良；气室小，是湿度过高。
（4）出壳时死亡。未啄壳或已啄壳但未出壳而死亡。主要原因是种蛋中缺钙；喙部畸形；因高温和湿度过大、过小，造成窒息或黏毛而死亡；或因胎位不正，出壳困难等。