蝎子各体节由背板和腹板组成，各节有节间膜相连，能自由伸缩。体腔内有消化、呼吸、循环、排泄、神经、感觉器官、生殖等系统和内分泌腺，各有其不同的生理功能。
（1）消化系统。蝎子的消化系统主要由消化管和唾液腺组成。消化管分前肠、中肠和后肠3个部分。食道下方有团葡萄状的唾液腺，蝎子进食时，唾液腺能分泌消化酶，并将其吐出体外，在体外将食物消化成肉糊状，而后吮吸入前肠。中肠位于前腹部中央，肠壁的上皮细胞可分泌消化液，促进食物分解。中肠是蝎子消化食物和吸收营养的主要器官。后肠位于后腹部中央，是食物残渣排出体外的通道。
（2）呼吸系统。蝎子的每一个肺节孔里有一书肺，是蝎子特有的呼吸器官。位于第3~6节前腹节的呼吸孔（书肺孔）内，每节1对，共4对。书肺具有1个坚韧的囊，它是由腹侧壁内陷形成的。囊壁褶成叶片状，叶片相叠形成书状构造。叶片内有几丁质构成的短棒，是叶片的支持物，使叶片形状较为固定，并且互相分开。末褶部分形成的空间叫做前庭，前庭与叶片间的空隙相连续，前庭经裂缝状的书肺孔与外界相通连。外界空气经书肺孔→前庭→叶片间空隙。血液在叶片内流动，空气在叶片间空隙内，两者可以进行气体交换。
在前庭背侧囊壁上有肌肉纤维，当肌肉收缩时，前庭的体积增大，空气进入前庭；当肌肉舒张时，前庭体积缩小，空气被压出来。
（3）循环系统。蝎子的循环系统由1条管状的心脏及一系列血管、血腔构成。内脏充塞在血腔内，把血腔分成了许多间隙，称为血窦。在蝎子的前腹部，可见到蝎子的背板下面有1条乳白色管子有规律地搏动，这就是蝎子的心脏。蝎子的心脏呈管状，共分7个心室，每室有1对开口叫做心孔。能使血液由围心腔回心。在心孔处有瓣膜，能防止血液倒流。心脏向前分出较大的前动脉，该动脉将血液供应给头胸部；心脏向后分出较小的尾动脉。将血液供应给后腹部；心脏向两侧分出9对腹侧动脉，供血给前腹部。心跳相当快，每分钟60~150次。
心脏壁由3层组成：最外层为上皮层，内腔面为内皮层，两者之间为肌肉层。肌肉层由两层肌纤维组成。肌肉负责心脏的收缩，悬韧带的拉力能使得心脏扩张。
（4）排泄系统。蝎子的排泄系统由2对马氏管及1对基节腺组成。马氏管呈细长的管状结构，壁薄管细，其直径仅100微米左右，管的末端有小分支。马氏管的游离端为盲端，另一端开口于中肠和后肠连接处，管内皮细胞分泌鸟尿酸至管腔中，将其送至肠腔中，再经后肠混入粪便，由肛门排出体外。基节腺位于头胸部两侧，为1个薄壁的圆形囊，它经过1个弯曲的管，最后开口于第3对步足基节的后方，其开口称为排泄孔。马氏管从血液中吸收各种代谢产物，将其送至腺腔内，经弯曲管，由排泄孔排出体外。
（5）生殖系统。蝎生殖系统的四周皆被消化腺的盲囊所包围。生殖器官的开口（生殖孔）位于前腹部第1节的腹面，外有生殖厣覆盖。
雄蝎生殖系统位于前肠中部和肠腺之间，有精巢1对，呈梯形管状。精巢各连一细长的输精管，管的末端通入膨大的贮精囊，再通入生殖腔。贮精囊能分泌黏液，黏液把精液包起来，形成1个略呈棒状、长约1厘米的精荚。
雌蝎生殖系统位于前腹部与中肠腺体之间，为两套梯形的卵巢管，每套管通入1个短的输卵管，每一输卵管膨大形成一小的受精囊，两边的受精囊汇合形成一单个的生殖腔，生殖腔开口于体外，上有生殖厣掩盖着。
（6）神经系统。蝎子的神经系统有明显的神经索及7个未愈合的神经球。蝎的神经系统主要由脑、咽下神经节和神经索等组成。蝎的脑虽然不发达，但通过视觉神经、触角神经和围咽神经分别对眼、步足、栉状板、唾液腺等发生作用。蝎的眼有侧眼、中眼，能在黑暗无光处行走和捕捉小动物。蝎全身布满触毛，以附肢表面为最多。腹部每个环节相连处的凹陷裂缝上面覆盖有一层薄膜，表皮下有感觉细胞和毛状物突起，这些都是敏锐的感觉器官。因此，蝎对噪声、震动都十分敏感。蝎的栉状器有丰富的神经末梢，司触觉。能识别异性，兼有与身体保持平衡等功能。
（7）感觉器官。蝎子的感觉器官包括眼、触毛、栉齿突和狭缝器官。
蝎子有1对中眼和3对侧眼，但视觉迟钝、畏光，基本上没有搜寻、跟踪、追捕及远距离发现目标的能力，但能在黑夜中行走和捕食。
蝎子触毛全身表面遍布，在附肢表面最多，毛基部膨大形成球状，镶入由表皮形成的凹陷内，其表皮下有感觉细胞和毛状突起，这些都是十分灵敏的感觉器官。其中有一种细长形的触毛可以预先触知轻微的空气震动和声波，因此，蝎子的生长繁育和噪声、震动都有十分密切的关系。
蝎子的栉齿突有丰富的末梢神经，有化学感受器，有触觉、识别异性和维持身体平衡的功能。
狭缝器官中有一种可能是化学感受器。它的构造如下：在表皮上有裂缝状凹陷，上面被一薄膜所掩盖，在皮层中有感觉细胞，它伸出毛状突起，伸向上方与盖在狭缝器官上面的薄膜下表面接触，实验证明这种感官具有嗅觉作用。
另一种狭缝器官具有听觉功能及运动功能。运动功能可对外骨骼中张力的改变起反应。
（8）内分泌腺。由无管腺体组成，其分泌物（激素）直接进入血液。分泌物对蝎子的代谢、生长发育和生殖等重要生理机能起调节或抑制作用。